[日本語] English
万見
- PDB-3nx4: Crystal structure of the yhdH oxidoreductase from Salmonella ente... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nx4
タイトルCrystal structure of the yhdH oxidoreductase from Salmonella enterica in complex with NADP
要素Putative oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


acryloyl-CoA reductase (NADPH) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acrylyl-CoA reductase AcuI / : / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain ...Acrylyl-CoA reductase AcuI / : / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Peterson, S. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the yhdH oxidoreductase from Salmonella enterica in complex with NADP
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Peterson, S. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A.
履歴
登録2010年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0884
ポリマ－69,6012
非ポリマー1,4872
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.218, 122.364, 64.912
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 121.1, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Putative oxidoreductase


分子量: 34800.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: yhdH, STM3376 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q7CPM2
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 200mM Ammonium Citrate, 10mM NADP, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月25日 / 詳細: beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 54356 / Num. obs: 51747 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 26.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.976.50.5462.5645670.98483.8
1.97-2.057.10.3934.1747661.01888.3
2.05-2.147.60.3145.7849571.06292
2.14-2.258.30.2557.8951561.01195
2.25-2.399.40.2381053070.98997.7
2.39-2.5810.50.21412.8353610.98898.5
2.58-2.8410.90.15517.485353198.8
2.84-3.25110.1119.2553860.98299.1
3.25-4.0910.90.07822.0254221.01799.3
4.09-5010.50.07123.1154720.98999.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→37.042 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8373 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.44 / σ(I): 2.56 / 位相誤差: 23.08 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1908 1994 3.87 %random
Rwork0.1547 ---
obs0.1561 51577 95.11 %-
all-54229 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.308 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 258.92 Å2 / Biso mean: 46.0728 Å2 / Biso min: 15.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6038 Å2-0 Å218.6204 Å2
2---6.5856 Å2-0 Å2
3---1.9818 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.042 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4838 0 96 404 5338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075047
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.126872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073784
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.531832
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.96790.29672270.266343554530453883.6
1.9679-2.04670.26812370.224945554739474588.1
2.0467-2.13980.23142480.189147694961496491.9
2.1398-2.25260.21362560.166349185115512294.8
2.2526-2.39370.20012650.159850945299530497.6
2.3937-2.57850.20972680.1651495356536198.4
2.5785-2.83790.19662670.154651295335534298.7
2.8379-3.24840.18892680.149551605368536499.1
3.2484-4.09180.15282710.131352055413541599.4
4.0918-37.04930.17522730.142252495461546399.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2193-0.01190.06350.33030.07640.84860.4290.44920.1069-0.5605-0.3714-0.0397-0.2287-0.7127-0.00780.58810.28840.00240.55660.06570.313321.753150.6581-10.522
20.5836-0.08740.18580.69540.32950.3180.40140.17050.3959-0.091-0.1689-0.2332-0.2388-0.36020.00710.41930.23470.05640.43890.11710.285220.769754.8867-4.1814
30.9322-0.1891-0.75480.8112-0.19181.47330.10150.0710.1259-0.1098-0.0492-0.1744-0.0615-0.1774-0.00090.20320.05580.00290.17870.0160.209132.116740.64645.8148
40.8442-0.3019-0.80581.2227-0.39411.38030.10520.15760.0229-0.254-0.1041-0.11980.0755-0.32790.00570.2490.0352-0.0150.241-0.00910.19329.03534.16585.7172
52.1125-0.1434-1.1280.15360.33311.057-0.50320.1134-1.23970.152-0.1311-0.00530.9578-0.1772-0.14930.6533-0.17130.23420.2302-0.1790.641414.4517-0.505534.1869
60.2575-0.010.10860.05140.0070.1086-0.2850.0236-0.6782-0.0072-0.102-0.11070.62460.165500.5016-0.00570.17070.2644-0.04890.51719.79613.810337.5596
71.4527-0.1032-0.55910.5339-1.08622.4288-0.11450.1512-0.13110.20380.12610.05130.1732-0.4763-0.00210.1483-0.06590.00120.2709-0.04560.217410.11420.997931.2158
81.00440.19-1.33380.4092-0.27671.9325-0.06090.3084-0.06950.03030.03780.07480.1321-0.5447-00.1798-0.0906-0.03330.3557-0.03670.21949.643321.50524.1639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:54)A1 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 55:73)A55 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 74:205)A74 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 206:324)A206 - 324
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:54)B1 - 54
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 55:73)B55 - 73
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 74:205)B74 - 205
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 206:324)B206 - 324

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る