PDB-3nx3: Crystal structure of acetylornithine aminotransferase (argD) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nx3

タイトル

Crystal structure of acetylornithine aminotransferase (argD) from Campylobacter jejuni

要素

Acetylornithine aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / 3-Layer(aba) Sandwich / acetylornithine aminotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylornithine transaminase / N2-acetyl-L-ornithine:2-oxoglutarate 5-aminotransferase activity / arginine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nx3.cif.gz	176.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nx3.ent.gz	144.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nx3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/3nx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/3nx3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ord-d 5i92-2 4add-1 2e54-1 4adb-1 3wy7-1 4jey-d 1oat-1 4add-2 3wy7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90574

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetylornithine aminotransferase

B: Acetylornithine aminotransferase

ヘテロ分子

88.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.11, 66.16, 214.34
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acetylornithine aminotransferase / ACOAT 分子量: 44169.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: argD, Cj0227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9PIR7, acetylornithine transaminase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.03 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG3350, 200mM magnesium chloride, 100mM Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日 / 詳細: BERYLLIUM LENS
放射	モノクロメーター: C(111) DIAMOND LAUE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→29.4 Å / Num. obs: 73891 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 4.3 / 冗長度: 8.74 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21.34
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / R_merge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 4.62 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		data processing
PHENIX	1.6.2_432	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1961	3406	5.01 %
R_work	0.1531	-	-
obs	0.1552	68039	99.35 %
all	-	74252	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.349 Å² / k_sol: 0.383 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2978 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.1993 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.9015 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5959	0	4	804	6767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6144
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	8259
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.82	2325
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	911
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1064

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8643	0.2623	329	0.205	6211	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8643-1.939	0.2356	333	0.1774	6303	X-RAY DIFFRACTION	98
1.939-2.0272	0.2213	335	0.162	6386	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0272-2.1341	0.2052	339	0.1526	6410	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1341-2.2677	0.1902	338	0.1463	6405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2677-2.4427	0.211	340	0.1506	6484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4427-2.6884	0.203	341	0.1549	6483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6884-3.0771	0.1917	342	0.1552	6488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0771-3.8754	0.1679	347	0.1383	6602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8754-29.4228	0.1881	362	0.1511	6861	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3108	-0.0705	-0.1974	0.6967	0.0702	0.4378	0.0104	-0.034	-0.0018	-0.0608	-0.005	-0.0542	-0.1017	0.0204	-0.0021	0.051	0.0012	0.0109	0.0616	-0.0006	0.0707	1.7899	-3.0799	-40.8929
2	0.3145	0.2176	0.4397	0.5829	0.1391	0.6777	-0.1068	-0.1061	-0.1289	0.1319	0.0583	-0.1272	0.0877	0.1066	0.0332	0.1338	0.0224	0.0193	0.1351	0.0238	0.1091	1.1705	-23.8423	-23.9248
3	0.7575	-0.1521	-0.1117	1.0398	-0.4146	1.0636	-0.011	-0.0182	-0.0232	0.0185	0.0372	0.121	0.0635	-0.1028	-0.0165	0.0602	-0.0083	0.0274	0.0708	-0.0063	0.084	-6.1556	-24.0897	-35.3401
4	0.8143	-0.0832	-0.3685	0.9151	0.1993	0.6171	-0.0341	0.0021	-0.0886	-0.108	0.0084	-0.1228	0.0041	0.0602	0.0253	0.0627	0.0136	0.0407	0.0442	0.0049	0.0802	11.9387	-16.8889	-51.588
5	0.6693	-0.4305	-0.1336	0.8457	-0.0077	1.3229	-0.0064	-0.0662	0.0655	0.0528	-0.0001	-0.061	-0.1963	0.0098	0.0074	0.0906	-0.0102	-0.0036	0.0767	-0.0181	0.0934	1.5243	6.4349	-29.0529
6	0.5997	0.4649	0.4714	0.5203	0.3072	0.4965	0.0256	-0.2532	-0.0181	0.2085	-0.1098	-0.0197	0.0935	-0.0784	0.0606	0.1374	0.0065	-0.01	0.1944	0.0279	0.0896	3.5647	-14.6687	-12.8458
7	0.8585	-0.0047	0.2348	1.5035	-0.7765	0.77	0.0929	-0.1951	0.0239	0.2681	-0.157	-0.2136	-0.0994	0.2106	0.072	0.1705	-0.0201	-0.0654	0.2151	-0.0065	0.0917	10.4715	-3.1055	-9.9715
8	1.3243	-0.0245	0.8707	0.697	0.0092	1.2399	-0.0889	-0.5396	0.2094	0.2284	-0.0056	0.06	-0.2756	-0.2864	0.0853	0.2068	0.0598	0.0335	0.1971	-0.0968	0.1092	-8.516	12.8828	-12.6905

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 16:102)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 103:161)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 162:280)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 281:395)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 16:102)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 103:161)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 162:280)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 281:395)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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