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- PDB-3nx3: Crystal structure of acetylornithine aminotransferase (argD) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nx3
タイトルCrystal structure of acetylornithine aminotransferase (argD) from Campylobacter jejuni
要素Acetylornithine aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / 3-Layer(aba) Sandwich / acetylornithine aminotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylornithine transaminase / N2-acetyl-L-ornithine:2-oxoglutarate 5-aminotransferase activity / L-arginine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetylornithine/Succinylornithine transaminase family / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Acetylornithine/Succinylornithine transaminase family / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylornithine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylornithine aminotransferase
B: Acetylornithine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4376
ポリマ－88,3402
非ポリマー974
水14,484804
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area27930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.11, 66.16, 214.34
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acetylornithine aminotransferase / ACOAT


分子量: 44169.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: argD, Cj0227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9PIR7, acetylornithine transaminase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 200mM magnesium chloride, 100mM Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日 / 詳細: BERYLLIUM LENS
放射モノクロメーター: C(111) DIAMOND LAUE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→29.4 Å / Num. obs: 73891 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 4.3 / 冗長度: 8.74 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21.34
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 4.62 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1961 3406 5.01 %
Rwork0.1531 --
obs0.1552 68039 99.35 %
all-74252 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.349 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2978 Å2-0 Å20 Å2
2---2.1993 Å2-0 Å2
3---0.9015 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5959 0 4 804 6767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.048259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.822325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077911
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.86430.26233290.2056211X-RAY DIFFRACTION97
1.8643-1.9390.23563330.17746303X-RAY DIFFRACTION98
1.939-2.02720.22133350.1626386X-RAY DIFFRACTION99
2.0272-2.13410.20523390.15266410X-RAY DIFFRACTION99
2.1341-2.26770.19023380.14636405X-RAY DIFFRACTION100
2.2677-2.44270.2113400.15066484X-RAY DIFFRACTION100
2.4427-2.68840.2033410.15496483X-RAY DIFFRACTION100
2.6884-3.07710.19173420.15526488X-RAY DIFFRACTION100
3.0771-3.87540.16793470.13836602X-RAY DIFFRACTION100
3.8754-29.42280.18813620.15116861X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3108-0.0705-0.19740.69670.07020.43780.0104-0.034-0.0018-0.0608-0.005-0.0542-0.10170.0204-0.00210.0510.00120.01090.0616-0.00060.07071.7899-3.0799-40.8929
20.31450.21760.43970.58290.13910.6777-0.1068-0.1061-0.12890.13190.0583-0.12720.08770.10660.03320.13380.02240.01930.13510.02380.10911.1705-23.8423-23.9248
30.7575-0.1521-0.11171.0398-0.41461.0636-0.011-0.0182-0.02320.01850.03720.1210.0635-0.1028-0.01650.0602-0.00830.02740.0708-0.00630.084-6.1556-24.0897-35.3401
40.8143-0.0832-0.36850.91510.19930.6171-0.03410.0021-0.0886-0.1080.0084-0.12280.00410.06020.02530.06270.01360.04070.04420.00490.080211.9387-16.8889-51.588
50.6693-0.4305-0.13360.8457-0.00771.3229-0.0064-0.06620.06550.0528-0.0001-0.061-0.19630.00980.00740.0906-0.0102-0.00360.0767-0.01810.09341.52436.4349-29.0529
60.59970.46490.47140.52030.30720.49650.0256-0.2532-0.01810.2085-0.1098-0.01970.0935-0.07840.06060.13740.0065-0.010.19440.02790.08963.5647-14.6687-12.8458
70.8585-0.00470.23481.5035-0.77650.770.0929-0.19510.02390.2681-0.157-0.2136-0.09940.21060.0720.1705-0.0201-0.06540.2151-0.00650.091710.4715-3.1055-9.9715
81.3243-0.02450.87070.6970.00921.2399-0.0889-0.53960.20940.2284-0.00560.06-0.2756-0.28640.08530.20680.05980.03350.1971-0.09680.1092-8.51612.8828-12.6905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 16:102)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 103:161)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 162:280)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 281:395)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 16:102)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 103:161)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 162:280)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 281:395)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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