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万見
- PDB-3nwt: Crystal structure of the N-terminal domain of the yeast telomere-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nwt
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of the yeast telomere-binding and telomerase regulatory protein Cdc13
要素Cell division control protein 13
キーワードCELL CYCLE / oligonucleotide/oligosaccharide binding fold - OB fold / single stranded telomeric DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


CST complex / ribonucleoprotein complex localization / telomerase inhibitor activity / translation elongation factor binding / regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear telomere cap complex / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomere maintenance via telomerase ...CST complex / ribonucleoprotein complex localization / telomerase inhibitor activity / translation elongation factor binding / regulation of telomere maintenance via telomerase / nuclear telomere cap complex / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / chromosome, telomeric region / cell cycle / cell division / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2380 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #800 / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2380 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #800 / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, OB2 domain / Cell division control protein 13, N-terminal / Cdc13, OB4 dimerization domain / Cell division control protein 13 N-terminus / Cdc13 OB4 dimerization domain / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mitchell, M.T. / Smith, J.S. / Mason, M. / Harper, S. / Speicher, D.W. / Johnson, F.B. / Skordalakes, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2010
タイトル: Cdc13 N-terminal dimerization, DNA binding, and telomere length regulation.
著者: Mitchell, M.T. / Smith, J.S. / Mason, M. / Harper, S. / Speicher, D.W. / Johnson, F.B. / Skordalakes, E.
履歴
登録2010年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1591
ポリマ－25,1591
非ポリマー00
水77543
1
A: Cell division control protein 13

A: Cell division control protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3182
ポリマ－50,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.990, 70.200, 53.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cell division control protein 13


分子量: 25158.828 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 13-227) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC13, YDL220C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32797
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M potassium chloride, 0.1 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 10% w/v polyethylene glycol 8,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月10日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SIRAS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 6391 / Num. obs: 6168 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.416 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SOLVE位相決定
ELVES精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 33.522 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27185 305 4.7 %RANDOM
Rwork0.2287 ---
obs0.23071 6168 95.54 %-
all-6391 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.215 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å20 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1552 0 0 43 1595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2791.9782116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5475186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.10524.34276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.49415309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9321510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3560.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5021.5969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87921531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.763667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2294.5585
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 16 -
Rwork0.312 447 -
obs--98.51 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.9603 Å / Origin y: 19.9498 Å / Origin z: 9.2749 Å
111213212223313233
T0.0096 Å20.0465 Å20.0589 Å2-0.0418 Å2-0.0444 Å2--0.0569 Å2
L3.8 °20.3336 °2-0.3167 °2-5.9318 °20.8873 °2--5.8245 °2
S-0.0441 Å °-0.1899 Å °-0.1785 Å °0.2042 Å °0.2051 Å °-0.2182 Å °0.4636 Å °0.2887 Å °-0.161 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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