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万見
- PDB-3nwi: The Soluble Domain Structure of the ZntB Zn2+ Efflux System -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nwi
タイトルThe Soluble Domain Structure of the ZntB Zn2+ Efflux System
要素Zinc transport protein zntB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha-beta-alpha / zinc efflux transporter / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalt ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Zinc transport protein ZntB / Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle ...Zinc transport protein ZntB / Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc transport protein ZntB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Wan, Q. / Dealwis, C.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Soluble Domain Structure of the ZntB Zn2+ Efflux System
著者: Wan, Q. / Gorzelle, B. / Fairman, J.W. / Fuente, M. / Homammed, F. / Dealwis, C. / Maguire, M.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年2月17日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc transport protein zntB
B: Zinc transport protein zntB
C: Zinc transport protein zntB
D: Zinc transport protein zntB
E: Zinc transport protein zntB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,78520
ポリマ－148,8045
非ポリマー98115
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.570, 101.944, 90.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-266-

ZN

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISILEILEchain A and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )AA2 - 951 - 94
12LEULEUASNASNchain A and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )AA106 - 177105 - 176
13GLNGLNGLNGLNchain A and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )AA182 - 259181 - 258
21HISHISILEILEchain B and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )BB2 - 951 - 94
22LEULEUASNASNchain B and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )BB106 - 177105 - 176
23GLNGLNGLNGLNchain B and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )BB182 - 259181 - 258
31HISHISILEILEchain C and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )CC2 - 951 - 94
32LEULEUASNASNchain C and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )CC106 - 177105 - 176
33GLNGLNGLNGLNchain C and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )CC182 - 259181 - 258
41HISHISILEILEchain D and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )DD2 - 951 - 94
42LEULEUASNASNchain D and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )DD106 - 177105 - 176
43GLNGLNGLNGLNchain D and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )DD182 - 259181 - 258
51HISHISILEILEchain E and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )EE2 - 951 - 94
52LEULEUASNASNchain E and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )EE106 - 177105 - 176
53GLNGLNGLNGLNchain E and (resseq 2:95 or resseq 106:177 or resseq 182:259 )EE182 - 259181 - 258

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要素

#1: タンパク質
Zinc transport protein zntB


分子量: 29760.775 Da / 分子数: 5 / 断片: soluble domain (unp residues 1-262) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
株: subsp. enterica serovar Typhimurium / 遺伝子: zntB, STM1656 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EYX5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30-35% PEG 3350, 0.1 M Tris pH8.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 150 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.282 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: 1.282 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.13→49 Å / Num. obs: 25929 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 70.46 Å2 / Rsym value: 0.092
反射 シェル解像度: 3.13→3.17 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.13→48.567 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 2.88 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 28.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2657 3619 7.67 %RANDOM
Rwork0.2127 ---
obs0.2168 24662 92.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.003 Å2 / ksol: 0.272 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 277.26 Å2 / Biso mean: 102.9096 Å2 / Biso min: 19.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.0413 Å2-0 Å2-19.4169 Å2
2---3.8818 Å20 Å2
3---2.0896 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.13→48.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9551 0 15 0 9566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28213186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7063580
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1885X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
12B1885X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
13C1885X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
14D1885X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
15E1885X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1308-3.17190.39311040.35451180128466
3.1719-3.21540.46661240.3481543166785
3.2154-3.26130.41981340.31331622175689
3.2613-3.310.37621350.27151682181793
3.31-3.36170.27881470.25921687183492
3.3617-3.41680.38091350.25981653178891
3.4168-3.47570.3471280.26041595172387
3.4757-3.53890.31121370.24541605174289
3.5389-3.60690.33271360.22941707184394
3.6069-3.68050.29391490.23661772192198
3.6805-3.76050.26861530.21331820197398
3.7605-3.8480.27791330.20311651178494
3.848-3.94420.25061340.2021629176390
3.9442-4.05070.20931350.2031593172886
4.0507-4.16990.24351280.18861595172389
4.1699-4.30440.23321470.18011671181893
4.3044-4.45810.21231420.15791740188297
4.4581-4.63650.20081460.13441732187895
4.6365-4.84730.17661410.13481745188695
4.8473-5.10260.24031430.15491757190096
5.1026-5.42190.25081510.18461725187696
5.4219-5.83990.22781470.20751754190198
5.8399-6.42640.26891520.20561805195798
6.4264-7.35360.27591420.17521784192698
7.3536-9.25430.18611500.17391793194398
9.2543-48.57240.22381460.22891698184494
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.2403 Å / Origin y: 47.5873 Å / Origin z: -28.3714 Å
111213212223313233
T0.3251 Å2-0.0003 Å20.2146 Å2-0.062 Å20.0241 Å2--0.039 Å2
L1.7352 °20.1522 °20.6263 °2--0.1878 °2-0.0615 °2--0.1657 °2
S-0.0273 Å °-0.1131 Å °-0.1038 Å °0.0295 Å °-0.0169 Å °-0.0468 Å °-0.0848 Å °0.0547 Å °0.0095 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 260
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 262
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 264
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 264
5X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 263
6X-RAY DIFFRACTION1allA - E1 - 267

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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