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万見
- PDB-3nw7: Crystal structure of insulin-like growth factor 1 receptor (IGF-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nw7
タイトルCrystal structure of insulin-like growth factor 1 receptor (IGF-1R-WT) complex with a carbon-linked proline isostere inhibitor (34)
要素Insulin-like growth factor 1 receptor
キーワードTRANSFERASE / HORMONE/GROWTH FACTOR / IGF-1R / KINASE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac atrium development / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / protein kinase complex / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / negative regulation of muscle cell apoptotic process / cellular response to progesterone stimulus ...cardiac atrium development / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / protein kinase complex / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / negative regulation of muscle cell apoptotic process / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of DNA metabolic process / cellular response to zinc ion starvation / cellular response to aldosterone / cellular response to testosterone stimulus / insulin receptor complex / transcytosis / insulin-like growth factor I binding / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of protein-containing complex disassembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / response to alkaloid / regulation of JNK cascade / dendritic spine maintenance / insulin binding / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / response to L-glutamate / establishment of cell polarity / positive regulation of axon regeneration / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of cytokinesis / amyloid-beta clearance / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / cellular response to angiotensin / response to vitamin E / G-protein alpha-subunit binding / negative regulation of MAPK cascade / phosphatidylinositol 3-kinase binding / SHC-related events triggered by IGF1R / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / estrous cycle / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / T-tubule / cerebellum development / cellular response to dexamethasone stimulus / axonogenesis / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / hippocampus development / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to nicotine / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / insulin receptor binding / cellular response to estradiol stimulus / placental growth factor receptor activity / cellular response to glucose stimulus / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / caveola / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to amyloid-beta / cellular senescence / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / response to ethanol / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / immune response / cilium / positive regulation of cell migration / axon / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats ...Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LGV / Insulin-like growth factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Sack, J.S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Proline isosteres in a series of 2,4-disubstituted pyrrolo[1,2-f][1,2,4]triazine inhibitors of IGF-1R kinase and IR kinase.
著者: Sampognaro, A.J. / Wittman, M.D. / Carboni, J.M. / Chang, C. / Greer, A.F. / Hurlburt, W.W. / Sack, J.S. / Vyas, D.M.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4342
ポリマ－35,0411
非ポリマー3921
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.508, 41.123, 80.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor 1 receptor / Insulin-like growth factor I receptor / IGF-I receptor


分子量: 35041.230 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN (RESIDUES 982-1286) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF1R / 発現宿主: unidentified BACULOVIRUS (ウイルス) / 参照: UniProt: P08069, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-LGV / N-({4-[(3-cyclopropyl-1H-pyrazol-5-yl)amino]pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-2-yl}methyl)-6-fluoropyridine-3-carboxamide


分子量: 392.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17FN8O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.02 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月10日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 16282 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 36.8
反射 シェル解像度: 2.11→2.19 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Mean I/σ(I) obs: 20.7 / % possible all: 67.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
HKL-2000(DENZO)データ削減
HKL-2000(SCALEPACK)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→26.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9414 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9008 / SU R Cruickshank DPI: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 822 5.05 %RANDOM
Rwork0.1652 ---
obs0.1683 16279 93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7672 Å20 Å2-0.1791 Å2
2---3.8939 Å20 Å2
3---3.1267 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→26.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2379 0 29 289 2697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0124692
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.133352
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8702
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes652
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3525
X-RAY DIFFRACTIONt_it246920
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3015
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact32414
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.26 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 125 5.04 %
Rwork0.1591 2355 -
all0.164 2480 -
obs--93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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