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- PDB-3nvt: 1.95 Angstrom crystal structure of a bifunctional 3-deoxy-7-phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nvt
タイトル1.95 Angstrom crystal structure of a bifunctional 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase/chorismate mutase (aroA) from Listeria monocytogenes EGD-e
要素3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE/ISOMERASE / bifunctional 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase/chorismate mutase / Listeria monocytogenes EGD-e / Amino acid biosynthesis / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / N-terminal domain: ISOMERASE. C-terminal domain: (BETA/ALPHA) BARREL / TIM BARREL / TRANSFERASE / TRANSFERASE-ISOMERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate metabolic process / aldehyde-lyase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chorismate mutase, Firmicutes/Deinococcus / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, subtype 2 / : / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II ...Chorismate mutase, Firmicutes/Deinococcus / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, subtype 2 / : / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Light, S.H. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Structural analysis of a 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase with an N-terminal chorismate mutase-like regulatory domain.
著者: Light, S.H. / Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F.
履歴
登録2010年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32012年5月30日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1836
ポリマ－84,9552
非ポリマー2284
水13,619756
1
A: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,36712
ポリマ－169,9114
非ポリマー4568
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area21480 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area49940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.570, 111.787, 81.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-368-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase


分子量: 42477.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: EGD-e / 遺伝子: aroA, lmo1600 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/Magic
参照: UniProt: Q8Y6T2, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase, chorismate mutase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6.5
詳細: Crystals grew from The Classics screen condition 68 (F8). Protein at 7.5 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH 8.3 0.5 M NaCl, 5 mM BME, 1 mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日 / 詳細: BE LENSES/DIAMOND LAUE MONO
放射モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 57343 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 105.69
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D8D (N-TERMINAL DOMAIN) AND 1RZM (C-TERMINAL DOMAIN)

2d8d

1rzm


解像度: 1.95→29.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.233 / SU ML: 0.082 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 2907 5.1 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.156 54397 99.5 %-
all-54397 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20.1 Å2
2---0.25 Å2-0 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5173 0 10 756 5939
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225427
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2541.9957356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78539182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9015707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.32725.242227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.011151017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9621532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6831.53463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2011.51400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26125605
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.18631964
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6354.51751
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 190 -
Rwork0.192 3856 -
obs--95.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2755-0.66937.51530.0497-3.876543.718-0.9538-0.29550.81650.7733-1.0791-0.1848-0.79442.4162.0330.9798-0.0751-0.55751.482-0.50961.080421.2813-32.059536.1024
23.105-1.11190.20225.5380.16451.2777-0.0382-0.33950.2616-0.03470.0329-0.20180.0130.12960.00530.08220.0695-0.02630.2875-0.00550.225111.8077-41.93622.684
32.1156-0.50710.59521.28960.01281.3617-0.00230.10540.209-0.15120.0135-0.2111-0.14710.0537-0.01120.0857-0.02370.03550.03280.03350.0893-18.1337-11.372813.2001
40.3035-0.4860.19011.5231-0.13730.90670.07040.05650.0403-0.2862-0.01070.0084-0.0821-0.0029-0.05980.08270.00810.01370.02770.03080.0389-24.4317-21.48745.068
50.7861-0.0987-0.44720.80270.06821.0901-0.038100.03390.00080.0458-0.01070.02720.0005-0.00770.0032-0.0013-0.00180.00710.01590.0573-21.5383-19.057123.024
63.81792.32831.97628.88544.4525.2689-0.02840.00090.1188-0.02030.04210.1552-0.0415-0.2704-0.01370.0140.02590.00170.08660.04990.0621-37.4308-9.177817.7706
78.4028-2.2103-2.45877.8685-6.147526.61780.1812-0.10180.3508-0.4799-0.193-1.17110.94821.00110.01180.10070.0613-0.0670.3458-0.05550.40921.5847-41.107122.4699
83.7327-2.6876-0.30829.1929-4.11439.1094-0.4755-1.21440.91351.36770.2494-0.0559-0.866-0.49010.22620.47350.1614-0.19550.7034-0.42070.422912.6343-31.969137.1743
93.17690.1543-0.10581.0312-0.0231.0587-0.0279-0.1251-0.18650.0811-0.0087-0.08020.2030.08040.03660.11660.01780.00720.03970.01720.0178-29.0562-56.540851.4456
101.05460.2335-0.470.9787-0.24350.8097-0.0041-0.11530.06850.08110.02740.11770.06210.0104-0.02330.03530.00350.00720.0277-0.00670.0179-35.3732-44.321857.2065
110.65480.01490.02050.5534-0.13691.4552-0.0206-0.04040.0139-0.00980.02330.00670.05120.0376-0.00260.02090.00680.00980.00560.00230.0062-25.4671-46.974941.6863
125.2537-3.5653-1.57426.58351.86812.3277-0.03660.2563-0.2146-0.2178-0.01340.18570.2077-0.2130.04990.0739-0.0653-0.00090.0709-0.00960.0092-42.6222-56.651740.0797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3A85 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4A148 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5A232 - 321
6X-RAY DIFFRACTION6A322 - 357
7X-RAY DIFFRACTION7B6 - 25
8X-RAY DIFFRACTION8B26 - 86
9X-RAY DIFFRACTION9B91 - 149
10X-RAY DIFFRACTION10B150 - 231
11X-RAY DIFFRACTION11B232 - 320
12X-RAY DIFFRACTION12B321 - 356

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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