PDB-3nvr: Modulating Heme Redox Potential Through Protein-Induced Porphyrin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nvr

タイトル

Modulating Heme Redox Potential Through Protein-Induced Porphyrin Distortion

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / H-NOX / Hemoprotein / Heme cofactor

機能・相同性

機能・相同性情報

heme binding / signal transduction / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.148 Å

データ登録者

Olea Jr., C. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Modulating heme redox potential through protein-induced porphyrin distortion
著者: Olea, C. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2010年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nvr.cif.gz	164.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nvr.ent.gz	132 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/3nvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/3nvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nvuC 1u55 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7a4d-3 1n3n-3 1kjv-d 2mjw-d 6opd-d 1s7r-1 2x4p-1 6d2t-d 2ve6-1 6ujq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (4)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (4)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

45.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.825, 126.095, 42.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 22047.502 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Donaim / 変異: I5L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア) 遺伝子: Tar4, TTE0680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RBX6
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 26% PEG 4000, 0.05 M MES pH 6, 0.1 M LiCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日
放射	モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 24174 / Num. obs: 24124 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.75 / Num. unique all: 2359 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.148→49.477 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2599	1229	5.09 %	Random
R_work	0.2172	-	-	-
obs	0.2194	23163	99.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.026 Å² / k_sol: 0.337 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.1596 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.7081 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.4516 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.148→49.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2935	0	92	55	3082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3095
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	4182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.349	1162
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	432
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	521

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1478-2.2338	0.3271	118	0.269	2447	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2338-2.3355	0.3125	148	0.2447	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3355-2.4586	0.288	131	0.2336	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4586-2.6126	0.281	143	0.2332	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6126-2.8143	0.2826	137	0.2328	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8143-3.0975	0.2638	134	0.2315	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0975-3.5456	0.2995	147	0.2271	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5456-4.4667	0.2362	143	0.1935	2564	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4667-49.4896	0.2161	128	0.2011	2698	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0675	-0.7866	-2.0042	5.2827	0.0764	0.4812	0.2126	0.9028	0.1123	-0.8525	-0.3217	-0.5326	-0.1852	0.2031	0.1391	0.4217	0.018	0.0745	0.6287	0.032	0.3222	-10.4685	19.9952	-14.5289
2	2.5091	-0.8017	-1.3482	5.6586	-0.2736	2.7661	-0.3111	-0.1604	-0.3224	0.5942	0.1941	0.7161	-0.1402	-0.0065	0.1008	0.3375	0.0346	0.0855	0.2832	-0.0186	0.3486	-24.646	16.9555	-0.8644
3	0.8902	-3.2449	0.2393	7.9726	-2.9158	3.2911	0.4372	0.0108	-0.8136	-0.2377	0.0787	2.3502	0.5531	-0.0037	-0.1408	0.3089	-0.0103	0.2512	0.279	0.0029	0.8409	-31.8707	6.8448	-3.2179
4	1.9996	2	2.0001	2.0004	2	2.1366	0.7211	-0.2474	2.6663	0.6157	-0.7134	-2.1801	-1.4299	-3.0063	0.0289	4.8501	-1.6536	1.7091	0.9132	-0.8255	1.1757	-28.3963	10.7428	18.3199
5	2.0919	-0.8642	-0.627	3.5788	0.3332	3.5991	0.0106	-0.0786	-0.2636	0.3572	-0.0027	-0.0202	0.108	-0.1803	-0.0065	0.3181	-0.0205	0.0146	0.3258	0.0268	0.4507	8.9608	16.6844	0.6712
6	1.2527	0.5775	-0.148	1.7492	-1.3228	0.4401	0.4125	-0.004	1.2692	-0.1059	-0.2991	-0.8023	-0.7462	-0.0046	-0.0789	0.4852	0.1249	0.1721	0.3179	0.1506	0.6137	23.5441	24.8219	-12.3123
7	3.1302	-3.2116	-0.1917	7.9708	-0.2237	-0.6418	0.2899	0.0011	-0.2137	-0.5432	-0.5175	-0.2882	0.2074	0.0124	0.2732	0.343	0.0653	0.0531	0.361	0.0276	0.4081	25.7551	10.8869	-10.6869
8	-1.1884	6.4533	-2.2697	1.9999	5.6248	0.1273	-0.3089	1.2466	-0.1875	-2.6166	-0.375	-0.2253	0.8007	0.4172	0.5346	1.5024	0.5107	0.1187	1.2264	-0.1724	0.9973	24.386	10.6837	-24.5777

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:61)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 62:160)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 161:179)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 180)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 1:79)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 80:108)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 109:176)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 177:178)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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