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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nv8 | ||||||
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タイトル | The structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase in complex with phosphoenol pyruvate and manganese (thesit-free) | ||||||
要素 | Probable 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase AroG | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / DAH7P synthase / Shikimate pathway / Aromatic amino-acid biosynthesis / Evolutionary relationships / Augmented TIM-barrel structure / TIM barrel / Aldolase / Cytosol | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / manganese ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Parker, E.J. / Jameson, G.B. / Jiao, W. / Hutton, R.H. / Webby, C.J. / Baker, E.N. / Baker, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Synergistic allostery, a sophisticated regulatory network for the control of aromatic amino acid biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis 著者: Webby, C.J. / Jiao, W. / Hutton, R.D. / Blackmore, N.J. / Baker, H.M. / Baker, E.N. / Jameson, G.B. / Parker, E.J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: The structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase from Mycobacterium tuberculosis reveals a common catalytic scaffold and ancestry for type I and type II enzymes 著者: Webby, C.J. / Baker, H.M. / Lott, J.S. / Baker, E.N. / Parker, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nv8.cif.gz | 321.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nv8.ent.gz | 253.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nv8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3nv8_validation.pdf.gz | 492.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3nv8_full_validation.pdf.gz | 517.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3nv8_validation.xml.gz | 40 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3nv8_validation.cif.gz | 55.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/3nv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/3nv8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 20 - 462 / Label seq-ID: 22 - 464
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50828.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37RV / 遺伝子: RV2178C / プラスミド: PPROEXHTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O53512, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase |
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-非ポリマー , 7種, 294分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-PEP / | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.51 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20MM BTP, 150MM NACL, 0.5MM TCEP, 0.2MM PEP, 0.1MM MNCL2, 0.1M HEPES, 0.8M NAK PHOSPHATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月11日 / 詳細: AXCO PX70 |
放射 | モノクロメーター: AXCO PX70 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→39.4 Å / Num. all: 73037 / Num. obs: 73037 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.11 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 7137 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KGF (stripped of ligands and waters) 解像度: 2.25→39.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.262 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.915 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.37 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5608 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.247→2.305 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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