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- PDB-3nv8: The structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nv8
タイトルThe structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase in complex with phosphoenol pyruvate and manganese (thesit-free)
要素Probable 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase AroG
キーワードTRANSFERASE / DAH7P synthase / Shikimate pathway / Aromatic amino-acid biosynthesis / Evolutionary relationships / Augmented TIM-barrel structure / TIM barrel / Aldolase / Cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / manganese ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOENOLPYRUVATE / PHOSPHATE ION / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Parker, E.J. / Jameson, G.B. / Jiao, W. / Hutton, R.H. / Webby, C.J. / Baker, E.N. / Baker, H.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Synergistic allostery, a sophisticated regulatory network for the control of aromatic amino acid biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis
著者: Webby, C.J. / Jiao, W. / Hutton, R.D. / Blackmore, N.J. / Baker, H.M. / Baker, E.N. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase from Mycobacterium tuberculosis reveals a common catalytic scaffold and ancestry for type I and type II enzymes
著者: Webby, C.J. / Baker, H.M. / Lott, J.S. / Baker, E.N. / Parker, E.J.
履歴
登録2010年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase AroG
B: Probable 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase AroG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,90616
ポリマ－101,6572
非ポリマー1,24914
水5,044280
1
A: Probable 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase AroG
B: Probable 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase AroG
ヘテロ分子

A: Probable 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase AroG
B: Probable 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase AroG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,81232
ポリマ－203,3144
非ポリマー2,49828
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area11440 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area66070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.538, 203.538, 66.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-591-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 20 - 462 / Label seq-ID: 22 - 464

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase AroG / DAHP synthetase / phenylalanine-repressible


分子量: 50828.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: RV2178C / プラスミド: PPROEXHTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O53512, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase

-
非ポリマー , 7種, 294分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20MM BTP, 150MM NACL, 0.5MM TCEP, 0.2MM PEP, 0.1MM MNCL2, 0.1M HEPES, 0.8M NAK PHOSPHATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月11日 / 詳細: AXCO PX70
放射モノクロメーター: AXCO PX70 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→39.4 Å / Num. all: 73037 / Num. obs: 73037 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.11 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 7137 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KGF (stripped of ligands and waters)

3kgf


解像度: 2.25→39.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.262 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 3648 5 %RANDOM
Rwork0.17997 ---
obs0.18137 69535 97.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.915 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0.09 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7098 0 69 280 7447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0217398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1571.96510077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.148312082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3355942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06423.275342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.497151178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6581573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1811.54676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.321.51876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96327528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.99132722
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2674.52549
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5608 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.45
loose thermal1.9710
LS精密化 シェル解像度: 2.247→2.305 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 247 -
Rwork0.185 5011 -
obs--95.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0421-0.1165-0.04241.57360.08151.07140.0077-0.056-0.09310.0121-0.0107-0.11890.1060.1630.0030.02580.0030.00310.0380.00370.020399.6072-31.8502-1.7785
21.0030.0270.18631.84720.19411.3068-0.0486-0.0795-0.0887-0.02770.04310.24140.1322-0.23150.00540.0192-0.02220.00050.04650.01350.04101.5847-36.2281-31.9407
35.33273.5419-0.54943.6456-0.6730.17830.0378-0.2426-0.10230.061-0.01190.16140.0285-0.0662-0.02580.0648-0.04260.00750.09290.00990.054784.067-43.8306-5.7087
40.8907-0.5241-0.13691.1787-0.26421.0973-0.01440.05910.0439-0.03710.03670.1832-0.0214-0.1678-0.02240.041-0.01760.01480.0374-0.00430.080981.9913-20.798-8.6902
52.9665-1.26340.07252.4669-0.70630.4526-0.00020.1271-0.14190.006-0.0554-0.25170.07360.11340.05560.06110.0311-0.01810.0631-0.0320.0695117.9795-46.7233-23.7033
60.83050.5643-0.39841.36260.24081.1196-0.0002-0.12710.00230.08030.0129-0.21040.03890.1538-0.01270.02020.0087-0.00920.032-0.01510.0663119.7828-23.9387-28.1261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3A127 - 167
4X-RAY DIFFRACTION4A81 - 126
5X-RAY DIFFRACTION4A168 - 462
6X-RAY DIFFRACTION5B127 - 167
7X-RAY DIFFRACTION6B81 - 126
8X-RAY DIFFRACTION6B168 - 462

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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