PDB-3nuz: Crystal structure of a putative acetyl xylan esterase (BF1801) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nuz

タイトル

Crystal structure of a putative acetyl xylan esterase (BF1801) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 2.30 A resolution

要素

Putative acetyl xylan esterase

キーワード

HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

Abhydrolase, bacterial / Abhydrolase family / : / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Abhydrolase family

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative acetyl xylan esterase (BF1801) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月3日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3nuz.ent.gz	761.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nuz_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nuz_full_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示
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CIF形式データ	3nuz_validation.cif.gz	112.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/3nuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/3nuz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4go3-4 6wmm-d 3byh-d 4q5j-d 6p3j-d 4brr-d 2w9z-d 3g8y-1 3k3e-d 6p3k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 393240

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative acetyl xylan esterase

B: Putative acetyl xylan esterase

C: Putative acetyl xylan esterase

D: Putative acetyl xylan esterase

E: Putative acetyl xylan esterase

F: Putative acetyl xylan esterase

278 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Putative acetyl xylan esterase

B: Putative acetyl xylan esterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
92.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative acetyl xylan esterase

D: Putative acetyl xylan esterase

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根拠: gel filtration, light scattering
92.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Putative acetyl xylan esterase

F: Putative acetyl xylan esterase

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根拠: gel filtration, light scattering
92.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	125.612, 125.612, 162.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	25 - 53
2	1	1	1	B	25 - 53
3	1	1	1	C	25 - 53
4	1	1	1	D	25 - 53
5	1	1	1	E	25 - 53
6	1	1	1	F	25 - 53
1	2	1	3	A	54 - 89
2	2	1	3	B	54 - 89
3	2	1	3	C	54 - 89
4	2	1	3	D	54 - 89
5	2	1	3	E	54 - 89
6	2	1	3	F	54 - 89
1	3	1	3	A	90 - 114
2	3	1	3	B	90 - 114
3	3	1	3	C	90 - 114
4	3	1	3	D	90 - 114
5	3	1	3	E	90 - 114
6	3	1	3	F	90 - 114
1	4	1	1	A	115 - 130
2	4	1	1	B	115 - 130
3	4	1	1	C	115 - 130
4	4	1	1	D	115 - 130
5	4	1	1	E	115 - 130
6	4	1	1	F	115 - 130
1	5	1	3	A	131 - 132
2	5	1	3	B	131 - 132
3	5	1	3	C	131 - 132
4	5	1	3	D	131 - 132
5	5	1	3	E	131 - 132
6	5	1	3	F	131 - 132
1	6	1	2	A	133 - 157
2	6	1	2	B	133 - 157
3	6	1	2	C	133 - 157
4	6	1	2	D	133 - 157
5	6	1	2	E	133 - 157
6	6	1	2	F	133 - 157
1	7	1	4	A	158 - 169
2	7	1	4	B	158 - 169
3	7	1	4	C	158 - 169
4	7	1	4	D	158 - 169
5	7	1	4	E	158 - 169
6	7	1	4	F	158 - 169
1	8	1	1	A	170 - 241
2	8	1	1	B	170 - 241
3	8	1	1	C	170 - 241
4	8	1	1	D	170 - 241
5	8	1	1	E	170 - 241
6	8	1	1	F	170 - 241
1	9	1	3	A	242 - 247
2	9	1	3	B	242 - 247
3	9	1	3	C	242 - 247
4	9	1	3	D	242 - 247
5	9	1	3	E	242 - 247
6	9	1	3	F	242 - 247
1	10	1	1	A	248 - 303
2	10	1	1	B	248 - 303
3	10	1	1	C	248 - 303
4	10	1	1	D	248 - 303
5	10	1	1	E	248 - 303
6	10	1	1	F	248 - 303
1	11	1	3	A	304 - 308
2	11	1	3	B	304 - 308
3	11	1	3	C	304 - 308
4	11	1	3	D	304 - 308
5	11	1	3	E	304 - 308
6	11	1	3	F	304 - 308
1	12	1	1	A	309 - 349
2	12	1	1	B	309 - 349
3	12	1	1	C	309 - 349
4	12	1	1	D	309 - 349
5	12	1	1	E	309 - 349
6	12	1	1	F	309 - 349
1	13	1	4	A	350 - 357
2	13	1	4	B	350 - 357
3	13	1	4	C	350 - 357
4	13	1	4	D	350 - 357
5	13	1	4	E	350 - 357
6	13	1	4	F	350 - 357
1	14	1	1	A	358 - 409
2	14	1	1	B	358 - 409
3	14	1	1	C	358 - 409
4	14	1	1	D	358 - 409
5	14	1	1	E	358 - 409
6	14	1	1	F	358 - 409
1	15	1	5	A	410 - 413
2	15	1	5	B	410 - 413
3	15	1	5	C	410 - 413
4	15	1	5	D	410 - 413
5	15	1	5	E	410 - 413
6	15	1	5	F	410 - 413

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY COUPLED WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Putative acetyl xylan esterase 分子量: 46372.391 Da / 分子数: 6 / 断片: sequence database residues 20-416 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 株: ATCC 25285 / NCTC 9343 / 遺伝子: BF1801 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LEF1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT (RESIDUES 20-416) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 20-416) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 % 解説: THE STRUCTURE WAS INITIALLY SOLVED BY MAD IN THE APPARENT SPACE GROUP P3221 WITH TWO MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT AND TWINNED WITH THE TWIN LAW (-H, -K, L). THE RESULTING STRUCTURE SUGGESTED ...解説: THE STRUCTURE WAS INITIALLY SOLVED BY MAD IN THE APPARENT SPACE GROUP P3221 WITH TWO MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT AND TWINNED WITH THE TWIN LAW (-H, -K, L). THE RESULTING STRUCTURE SUGGESTED A THIRD MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT. HOWEVER, DENSITY FOR THIS MOLECULE WAS UNINTERPRETABLE. FURTHER EXAMINATION SUGGESTED THE CORRECT SPACE GROUP WAS P32 WITH 6 MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT AND 4 TWIN DOMAINS. EXPERIMENTAL PHASES WERE RECALCULATED IN THE CORRECT SPACE GROUP P32.
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 40.0000% MPD, 0.1M Citrate pH 4.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
解説: THE STRUCTURE WAS INITIALLY SOLVED BY MAD IN THE APPARENT SPACE GROUP P3221 WITH TWO MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT AND TWINNED WITH THE TWIN LAW (-H, -K, L). THE RESULTING STRUCTURE SUGGESTED ...

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 40.0000% MPD, 0.1M Citrate pH 4.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97934,0.97920

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月14日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97934	1
3	0.9792	1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.382
1	1	-H, H+K, -L	2	0.136
1	1	-h,-k,l	3	0.162
1	1	K, H, -L	4	0.32

反射

解像度: 2.3→29.665 Å / Num. obs: 126358 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 36.371 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	0.495	1.4	22823	18492	1	74.4
2.38-2.48	0.416	1.7	25729	20938	1	78.3
2.48-2.59	0.325	2	23923	19634	1	79
2.59-2.73	0.244	2.5	25095	20822	1	79.8
2.73-2.9	0.179	3.5	24462	20432	1	80.6
2.9-3.12	0.123	5	24236	20474	1	81.8
3.12-3.43	0.075	7.8	24540	20979	1	83
3.43-3.93	0.044	12.7	25065	21782	1	84.4
3.93-4.93	0.027	18.3	24568	21755	1	86.3
4.93-29.665	0.022	21.7	25120	22946	1	88.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
MolProbity	3beta29	モデル構築
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.665 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 8.385 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.182	6616	5.2 %	THIN SHELLS
R_work	0.152	-	-	-
obs	0.153	126305	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.44 Å² / B_iso mean: 33.793 Å² / B_iso min: 5.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	10.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-20.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.665 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18820	0	0	253	19073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	19407
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.44	1.967	26346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.97	3	33023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.084	5	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.571	23.24	932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.966	15	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.547	15	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	21478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.791	3	11667
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.334	3	4622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.307	5	18908
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.628	8	7740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.395	11	7430

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	4196	TIGHT POSITIONAL	0.23	0.05
2	B	4196	TIGHT POSITIONAL	0.23	0.05
3	C	4196	TIGHT POSITIONAL	0.25	0.05
4	D	4196	TIGHT POSITIONAL	0.24	0.05
5	E	4196	TIGHT POSITIONAL	0.23	0.05
6	F	4196	TIGHT POSITIONAL	0.23	0.05
1	A	387	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
2	B	387	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
3	C	387	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
4	D	387	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
5	E	387	MEDIUM POSITIONAL	0.4	0.5
6	F	387	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
1	A	674	LOOSE POSITIONAL	0.42	5
2	B	674	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
3	C	674	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
4	D	674	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
5	E	674	LOOSE POSITIONAL	0.39	5
6	F	674	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
1	A	4196	TIGHT THERMAL	0.48	0.5
2	B	4196	TIGHT THERMAL	0.5	0.5
3	C	4196	TIGHT THERMAL	0.5	0.5
4	D	4196	TIGHT THERMAL	0.5	0.5
5	E	4196	TIGHT THERMAL	0.45	0.5
6	F	4196	TIGHT THERMAL	0.46	0.5
1	A	387	MEDIUM THERMAL	0.44	2
2	B	387	MEDIUM THERMAL	0.39	2
3	C	387	MEDIUM THERMAL	0.4	2
4	D	387	MEDIUM THERMAL	0.41	2
5	E	387	MEDIUM THERMAL	0.46	2
6	F	387	MEDIUM THERMAL	0.36	2
1	A	674	LOOSE THERMAL	0.48	10
2	B	674	LOOSE THERMAL	0.45	10
3	C	674	LOOSE THERMAL	0.49	10
4	D	674	LOOSE THERMAL	0.44	10
5	E	674	LOOSE THERMAL	0.41	10
6	F	674	LOOSE THERMAL	0.44	10

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.163	9066	-
obs	-	-	96.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5642	0.2245	-0.0158	0.8554	0.165	0.9026	-0.0372	0.0137	-0.1134	0.0258	0.0036	0.0051	0.2129	-0.0151	0.0336	0.0846	-0.0143	-0.0006	0.0081	-0.0024	0.0623	53.5174	-52.3946	34.4374
2	0.4979	0.2326	0.0348	0.8842	0.2279	0.8011	-0.0055	0.0325	0.0837	-0.0213	0.0478	-0.077	-0.1441	0.1781	-0.0423	0.0727	-0.0442	0.0097	0.0551	-0.0177	0.0756	71.3249	-19.6992	26.2958
3	0.5705	0.3187	-0.1098	0.5558	-0.0273	0.8117	-0.0098	0.0247	-0.0596	0.001	0.0048	0.0916	0.1266	-0.1527	0.0049	0.0633	-0.0374	-0.0019	0.0458	0.0097	0.0713	53.4167	20.2093	21.1636
4	0.4981	0.2185	-0.0244	0.8825	-0.1649	0.7882	0.0276	-0.0093	0.1201	0.0702	0.0072	-0.0029	-0.2068	0.0515	-0.0348	0.0959	-0.0289	0.0231	0.0199	0.001	0.0534	72.8938	51.9931	29.259
5	0.5833	-0.0666	-0.0284	0.1911	-0.0314	0.4232	-0.0254	0.0084	-0.0335	0.0176	0.0207	-0.0502	0.0335	0.0402	0.0047	0.1295	-0.0153	0.0023	0.09	-0.006	0.2319	15.5589	-10.3202	36.8891
6	0.3392	-0.2119	-0.0807	0.5472	0.0554	0.467	0.0348	0.0086	-0.0133	0.0198	0.0008	0.1159	-0.0174	-0.1118	-0.0356	0.1131	-0.031	0.006	0.1208	0.0118	0.2321	-16.0584	9.6118	28.5767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 415
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	25 - 415
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	25 - 415
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	25 - 415
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	25 - 413
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	25 - 413

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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