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- PDB-3nug: Crystal structure of wild type tetrameric pyridoxal 4-dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nug
タイトルCrystal structure of wild type tetrameric pyridoxal 4-dehydrogenase from Mesorhizobium loti
要素3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PYRIDOXAL / tPLDH / 4-PYRIDOXOLACTONE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal 4-dehydrogenase / pyridoxal 4-dehydrogenase activity / vitamin B6 catabolic process
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Pyridoxal 4-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.788 Å
データ登録者Chu, H.N.
引用
ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of SDR-type pyridoxal 4-dehydrogenase of Mesorhizobium loti
著者: Chu, H.N. / Kobayashi, J. / Mikami, B. / Yagi, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of SDR-type pyridoxal dehydrogenase from Mesorhizobium loti.
著者: Chu, H.N. / Kobayashi, J. / Yoshikane, Y. / Mikami, B. / Yagi, T.
履歴
登録2010年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4219
ポリマ－101,7084
非ポリマー2,7145
水16,736929
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14030 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area30320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.638, 50.695, 94.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase / Pyridoxal 4-dehydrogenase


分子量: 25426.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 遺伝子: mlr6807, pldh-t / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q988B7, pyridoxal 4-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Sodium acetate, 0.1M Tris-HCl, 30% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月29日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.788→50 Å / Num. obs: 73944 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.4 % / Num. unique all: 6986 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NDR

3ndr


解像度: 1.788→34.573 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2016 3540 5.05 %RANDOM
Rwork0.1524 ---
obs0.1549 70095 90.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.048 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.866 Å20 Å21.0941 Å2
2--6.6524 Å20 Å2
3----2.7864 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.788→34.573 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7152 0 180 929 8261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12710348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2072707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041326
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7882-1.81270.28721150.18821848X-RAY DIFFRACTION63
1.8127-1.83860.22561420.17442383X-RAY DIFFRACTION84
1.8386-1.86610.24881250.17332461X-RAY DIFFRACTION83
1.8661-1.89520.2605920.19412114X-RAY DIFFRACTION72
1.8952-1.92630.24921460.21772742X-RAY DIFFRACTION95
1.9263-1.95950.26521200.19152438X-RAY DIFFRACTION83
1.9595-1.99510.27961360.1712497X-RAY DIFFRACTION87
1.9951-2.03350.24091360.16552665X-RAY DIFFRACTION90
2.0335-2.0750.24321300.15812667X-RAY DIFFRACTION92
2.075-2.12010.21171470.15592618X-RAY DIFFRACTION90
2.1201-2.16940.2371470.15962659X-RAY DIFFRACTION91
2.1694-2.22370.21731190.17332438X-RAY DIFFRACTION84
2.2237-2.28380.25831530.18442710X-RAY DIFFRACTION93
2.2838-2.3510.2431530.16392482X-RAY DIFFRACTION86
2.351-2.42680.23141550.16152760X-RAY DIFFRACTION94
2.4268-2.51350.20771400.15262801X-RAY DIFFRACTION96
2.5135-2.61410.25021440.15182871X-RAY DIFFRACTION97
2.6141-2.73310.17431430.14772836X-RAY DIFFRACTION97
2.7331-2.87710.21531540.15552891X-RAY DIFFRACTION98
2.8771-3.05730.17361260.1512934X-RAY DIFFRACTION99
3.0573-3.29310.19511600.15132918X-RAY DIFFRACTION99
3.2931-3.62420.19161580.14232929X-RAY DIFFRACTION99
3.6242-4.14790.14391620.12372949X-RAY DIFFRACTION99
4.1479-5.2230.14331570.11222949X-RAY DIFFRACTION100
5.223-34.57960.15841800.13292995X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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