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- PDB-3nuf: Crystal structure of a PRD-containing transcription regulator (LS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nuf
タイトルCrystal structure of a PRD-containing transcription regulator (LSEI_2718) from Lactobacillus casei ATCC 334 at 1.38 A resolution
要素PRD-containing transcription regulator
キーワードTranscription regulator / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
PRD domain protein, EF0829/AHA3910 / PRD domain / PTS-regulatory domain, PRD / PRD domain / PRD domain superfamily / PRD domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PRD domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a PRD-containing transcription regulator (LSEI_2718) from Lactobacillus casei ATCC 334 at 1.38 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRD-containing transcription regulator
B: PRD-containing transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,13112
ポリマ－26,3012
非ポリマー83110
水5,693316
1
A: PRD-containing transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5677
ポリマ－13,1501
非ポリマー4166
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PRD-containing transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5655
ポリマ－13,1501
非ポリマー4144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.160, 67.160, 99.733
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. ANALYSIS OF THE CRYSTAL PACKING SUGGESTS BOTH THE MONOMER AND THE DIMER IN THE CRYSTAL MIGHT BE STABLE.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PRD-containing transcription regulator


分子量: 13150.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
株: ATCC 334 / 遺伝子: LSEI_2718 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q034D9

-
非ポリマー , 5種, 326分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6000M ammonium sulfate, 4.0000% polyethylene glycol 400, 0.1M HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97954,0.97939
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979541
30.979391
反射解像度: 1.38→28.759 Å / Num. obs: 47575 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.639 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 13.65
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.38-1.430.8771.7320708733196
1.43-1.490.6212.3349449368199.5
1.49-1.550.4283.4296977930199.7
1.55-1.640.3084.7372359903199.8
1.64-1.740.2236.3328298683199.9
1.74-1.870.159330878712199.9
1.87-2.060.08714.3346729090199.9
2.06-2.360.04923.3347689079199.9
2.36-2.970.03729.8343088949199.9
2.97-28.7590.02841344749021199.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0110精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.38→28.759 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 1.815 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. SULFATE (SO4) IONS, AND PEG-400 FRAGMENTS (PG4 AND PEG) ARE MODELED FROM CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 6. ETHYLENE GLYCOL (EDO) MOLECULES ARE MODELED FROM CRYO CONDITIONS. 7. THERE IS A 5.4 SIGMA PEAK IN THE FOFC ELECTRON DENSITY MAP NEAR CARBONYL OXYGEN OF VALINE 106, WHICH COULD BE A WATER OR AMMONIUM ION, THIS REMAINS UNMODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 2409 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.172 47498 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.26 Å2 / Biso mean: 20.531 Å2 / Biso min: 3.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→28.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1748 0 53 316 2117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5671.9762772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94333262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5755271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32227.15988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.19515357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.886152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.55531294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4093505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67352107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5118745
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0911665
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.415 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 175 -
Rwork0.282 3236 -
all-3411 -
obs--98.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32110.1552-0.12550.2019-0.13480.3123-0.0012-0.01890.04960.0037-0.00030.03020.0460.11280.00150.0070.01870.00180.04760.0040.006814.45229.64316.0466
20.4164-0.0581-0.04670.18240.17560.2163-0.0306-0.0049-0.0583-0.0032-0.0024-0.0004-0.0483-0.02530.0330.020.0139-0.0080.018-0.0040.015419.38256.121417.5185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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