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万見
- PDB-3nu8: WbpE, an Aminotransferase from Pseudomonas aeruginosa Involved in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nu8
タイトルWbpE, an Aminotransferase from Pseudomonas aeruginosa Involved in O-antigen Assembly in Complex with the Internal Aldimine
要素Aminotransferase WbpE
キーワードTRANSFERASE / Domain-swapped beta hairpin / Aminotransferase / PLP / PMP / internal aldimine / UDP-GlcNAc(3NH2)A / Lipopolysaccharide / Pseudomonas aeruginosa / O-antigen / B-Band
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-2-acetamido-2-deoxy-ribo-hexuluronate aminotransferase / UDP-glucuronate biosynthetic process / O antigen biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / cell wall organization / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-2-acetamido-2-deoxy-3-oxo-D-glucuronate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Larkin, A. / Olivier, N.B. / Imperiali, B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural Analysis of WbpE from Pseudomonas aeruginosa PAO1: A Nucleotide Sugar Aminotransferase Involved in O-Antigen Assembly
著者: Larkin, A. / Olivier, N.B. / Imperiali, B.
履歴
登録2010年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase WbpE
B: Aminotransferase WbpE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3872
ポリマ－78,3872
非ポリマー00
水14,412800
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area26350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.786, 148.723, 53.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-491-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aminotransferase WbpE


分子量: 39193.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1-LAC / 遺伝子: PA3155, wbpE / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9HZ76
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Crystallization conditions: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350 in the reservoir; Protein solution contains 25 mM HEPES, pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.5% glycerol; Incubated ...詳細: Crystallization conditions: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350 in the reservoir; Protein solution contains 25 mM HEPES, pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.5% glycerol; Incubated protein with 50 uM PLP prior to setting up tray; Drop made by mixing 1.5 uL of protein and reservoir solutions., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月20日 / 詳細: Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: SI(111) Channel Cut Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 94182 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 35.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3NU7

3nu7


解像度: 1.5→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.643 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22281 4948 5 %RANDOM
Rwork0.19733 ---
obs0.19863 94182 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.933 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5487 0 0 800 6287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1521.9827624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2025717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12324.615234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.76415925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.591532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4241.53583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79925786
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.24232017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.164.51838
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 340 -
Rwork0.33 6819 -
obs--99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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