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万見
- PDB-3nth: Crystal structure of Tudor and Aubergine [R13(me2s)] complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nth
タイトルCrystal structure of Tudor and Aubergine [R13(me2s)] complex
要素
  • Maternal protein tudor
  • peptide from Aubergine
キーワードTRANSCRIPTION / Tudor domain / OB-fold / germ cell formation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oskar mRNA translation / maternal mRNA clearance / mitochondrial RNA localization / pole cell development / transposable element silencing by piRNA-mediated mRNA destabilization / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / maintenance of pole plasm mRNA location / regulation of oskar mRNA translation / P granule assembly / pole plasm protein localization ...positive regulation of oskar mRNA translation / maternal mRNA clearance / mitochondrial RNA localization / pole cell development / transposable element silencing by piRNA-mediated mRNA destabilization / positive regulation of post-transcriptional gene silencing by RNA / maintenance of pole plasm mRNA location / regulation of oskar mRNA translation / P granule assembly / pole plasm protein localization / oocyte karyosome formation / pole plasm / methylation-dependent protein binding / regulation of pole plasm oskar mRNA localization / P granule organization / pole plasm assembly / pole cell formation / dorsal appendage formation / transposable element silencing by mRNA destabilization / segmentation / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / secondary piRNA processing / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / global gene silencing by mRNA cleavage / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / piRNA processing / intracellular mRNA localization / transposable element silencing / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / mitotic chromosome condensation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / P granule / positive regulation of innate immune response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / oocyte maturation / oogenesis / germ cell development / RNA endonuclease activity / heterochromatin formation / spermatogenesis / defense response to Gram-negative bacterium / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #790 / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #790 / : / Tudor domain / Tudor domain profile. / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / Tudor domain / Tudor domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / SH3 type barrels. - #140 / SNase-like, OB-fold superfamily / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein aubergine / Protein tudor
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu, H.P. / Huang, Y. / Li, Z.Z. / Gong, W.M. / Xu, R.M.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for methylarginine-dependent recognition of Aubergine by Tudor
著者: Liu, H.P. / Wang, J.Y. / Huang, Y. / Li, Z.Z. / Gong, W.M. / Lehmann, R. / Xu, R.M.
履歴
登録2010年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maternal protein tudor
C: peptide from Aubergine


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2702
ポリマ－20,2702
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.012, 48.012, 152.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Maternal protein tudor


分子量: 19568.021 Da / 分子数: 1 / 断片: the last extended Tudor domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: tud / プラスミド: pET-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P25823
#2: タンパク質・ペプチド peptide from Aubergine / Aub[R13(me2s)]


分子量: 701.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in drosophila.
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O76922
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% PEG8000, 0.2M sodium acetate trihytrate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 4847 / Num. obs: 4661 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 211 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CCP4モデル構築
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NTK

3ntk


解像度: 2.8→50 Å
Rfactor反射数
Rfree0.2757 233
Rwork0.219 -
all-4847
obs-4614
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1355 0 0 38 1393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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