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- PDB-3nte: Crystal Structure of the Wild-type Full-Length HIV-1 Capsid Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nte
タイトルCrystal Structure of the Wild-type Full-Length HIV-1 Capsid Protein
要素HIV-1 capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / wild type viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / ATP biosynthetic process / viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane ...positive regulation of fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / ATP biosynthetic process / viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tri-iodode Anion / IODIDE ION / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Betts, L. / Yeh, J.I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the HIV-1 full-length capsid protein in a conformationally trapped unassembled state induced by small-molecule binding.
著者: Du, S. / Betts, L. / Yang, R. / Shi, H. / Concel, J. / Ahn, J. / Aiken, C. / Zhang, P. / Yeh, J.I.
履歴
登録2010年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年7月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 capsid protein
B: HIV-1 capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,48745
ポリマ－49,2602
非ポリマー4,22643
水4,053225
1
A: HIV-1 capsid protein
ヘテロ分子

B: HIV-1 capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,48745
ポリマ－49,2602
非ポリマー4,22643
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y+1/2,-z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7760 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area23070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.910, 86.532, 55.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HIV-1 capsid protein


分子量: 24630.225 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 133-353 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HIV-1 / 遺伝子: CA, gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q77YG1

-
非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-I3M / Tri-iodode Anion


分子量: 380.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I3
#4: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 9-12% PEG 3350, 0.2 M sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris-propane pH 6.5, 0.01 M iron(III) chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 31847 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.583 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.95-2.022.90.50127061.086182.4
2.02-2.13.20.3730211.133192.4
2.1-2.23.60.29731901.123198.3
2.2-2.313.80.22532421.261199.6
2.31-2.463.90.16632471.15199.9
2.46-2.6540.12332761.3151100
2.65-2.9140.08832751.5591100
2.91-3.333.90.05832641.8151100
3.33-4.23.90.03933022.0181100
4.2-503.70.0433243.026199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.1_336精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1ak4, 1a43

1ak4

1a43


解像度: 1.95→29.048 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7825 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: R-free / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 1578 5.08 %random
Rwork0.2037 ---
obs0.2064 31042 94.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.751 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.12 Å2 / Biso mean: 36.4093 Å2 / Biso min: 14.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9374 Å20 Å2-8.4888 Å2
2---5.9086 Å2-0 Å2
3---1.9712 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3412 0 47 225 3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0934811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072543
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6491345
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.01720.31861230.26442255237872
2.0172-2.0980.29581340.24482621275584
2.098-2.19340.28261520.24112934308695
2.1934-2.3090.33131410.2393048318998
2.309-2.45360.25571650.222630813246100
2.4536-2.64290.25641580.215331233281100
2.6429-2.90870.30181640.218231023266100
2.9087-3.3290.2721810.214430793260100
3.329-4.19220.20311780.165131243302100
4.1922-29.05150.23151820.17863097327999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9039-0.2517-0.17931.72080.5952.0521-0.0611-0.0732-0.04540.0213-0.03860.17020.217-0.064500.1672-0.02940.02790.1776-0.02280.2188-32.5284-8.193412.337
21.00750.70730.31910.31450.64490.9566-0.11890.16220.1716-0.34720.13260.045-0.09230.1109-00.2679-0.0194-0.02730.32810.01440.3313-45.225919.4149-10.533
32.31210.9593-0.05411.738-0.73492.0591-0.03330.1040.16590.16820.028-0.0177-0.2437-0.063300.15380.04220.00440.1046-0.0190.1152-31.900136.92565.5124
40.75010.0485-0.03980.50130.36411.0969-0.12-0.05930.15470.1557-0.032-0.07010.01750.085800.2891-0.0136-0.0060.2390.00380.1998-20.50876.76728.7669
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and ((resseq 1:142))B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ((resseq 143:225))B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 1:142))A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resseq 146:221))A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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