PDB-3nt9: CRYSTAL STRUCTURE OF LSSmKate1 red fluorescent proteins with larg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nt9

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF LSSmKate1 red fluorescent proteins with large Stokes shift

要素

LSSmKate1 red fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / red fluorescent protein / large Stokes shift

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Artificial gene (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Piatkevich, K. / Almo, S.C. / Verkhusha, V.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Engineering ESPT Pathways Based on Structural Analysis of LSSmKate Red Fluorescent Proteins with Large Stokes Shift.
著者: Piatkevich, K.D. / Malashkevich, V.N. / Almo, S.C. / Verkhusha, V.V.

履歴

登録	2010年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nt9.cif.gz	371.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nt9.ent.gz	305.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nt9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/3nt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/3nt9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nt3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4oqw-3 3m22-4 3bxb-8 3u8a-1 3svu-1 3svs-5 3m22-3 3u8a-4 3m24-3 3bxb-5 3u8a-2 3svs-4 3svs-1 3nt3-1 3svr-4 3svo-4 3bxa-1 3svn-4 3svo-1 4oj0-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LSSmKate1 red fluorescent protein

B: LSSmKate1 red fluorescent protein

C: LSSmKate1 red fluorescent protein

D: LSSmKate1 red fluorescent protein

111 kDa, 4 ポリマー
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1

A: LSSmKate1 red fluorescent protein

登録者が定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: LSSmKate1 red fluorescent protein

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27.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: LSSmKate1 red fluorescent protein

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27.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: LSSmKate1 red fluorescent protein

登録者が定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
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5

A: LSSmKate1 red fluorescent protein

B: LSSmKate1 red fluorescent protein

ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 2 ポリマー
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6

C: LSSmKate1 red fluorescent protein

D: LSSmKate1 red fluorescent protein

ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.177, 72.177, 226.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

詳細

AUTHOR STATES THAT IT IS MONOMER IN SOLUTION.

#1: タンパク質	LSSmKate1 red fluorescent protein 分子量: 27628.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artificial gene (人工物) / プラスミド: pBAD/His-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20% PEG 1000, 0.1 M phosphate-citrate, pH 5.6, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.08 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 76485 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
1.99-2.02	4.1	0.717	66.8
2.02-2.06	4.8	0.596	84.7
2.06-2.1	5.2	0.569	90.8
2.1-2.14	5.7	0.526	95.1
2.14-2.19	6.1	0.471	98.1
2.19-2.24	6.3	0.413	99.4
2.24-2.3	6.7	0.341	99.8
2.3-2.36	6.9	0.315	100
2.36-2.43	7.1	0.256	100
2.43-2.51	7.1	0.212	100
2.51-2.6	7.2	0.177	100
2.6-2.7	7.3	0.14	100
2.7-2.82	7.3	0.12	100
2.82-2.97	7.4	0.1	100
2.97-3.16	7.4	0.082	100
3.16-3.4	7.4	0.066	100
3.4-3.74	7.4	0.061	100
3.74-4.29	7.3	0.055	100
4.29-5.4	7.1	0.041	99.9
5.4-50	7.5	0.034	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 36.9 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	32.56 Å
Translation	2.5 Å	32.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→19.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.182 / SU ML: 0.113 / SU R Cruickshank DPI: 0.1594 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23179	3843	5 %	RANDOM
R_work	0.18215	-	-	-
obs	0.18463	72452	97.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.744 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→19.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7148	0	0	437	7585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	7374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.835	1.976	9953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.243	5	892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.724	24.256	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.957	15	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.336	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.094	3.5	4428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.031	50	7140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.887	50	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.413	4.5	2813
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.994→2.045 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	233	-
R_work	0.3	4302	-
obs	-	-	79.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4852	-0.161	0.0131	1.6817	0.3456	1.1017	-0.0256	0.129	-0.1485	-0.0779	0.0663	-0.1974	0.0386	0.033	-0.0406	0.0252	-0.0004	0.0199	0.0986	-0.0238	0.0449	23.1104	15.5938	19.9482
2	1.5318	-0.1145	-0.1571	1.7044	0.2842	1.021	-0.0365	-0.1216	0.2833	0.0708	0.0063	-0.0856	-0.0755	-0.0443	0.0302	0.0463	0.0065	-0.0236	0.0696	-0.0334	0.0626	12.9426	40.4042	33.5578
3	2.6641	-0.1308	0.1276	1.3144	0.0451	0.6412	-0.0645	0.1254	0.4184	0.0279	-0.0622	0.2488	-0.0264	-0.0643	0.1266	0.0096	0.0023	-0.0169	0.1331	0.0029	0.1464	-16.6189	31.312	26.3609
4	2.0613	-0.3632	-0.0742	1.7824	-0.0358	0.9246	-0.0017	0.325	-0.5402	-0.109	-0.0398	0.2441	0.112	-0.1126	0.0415	0.0313	-0.0271	-0.0108	0.1492	-0.0867	0.1578	-6.0863	4.0327	19.0933

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999

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