PDB-3nsk: Crystal Structure of the Post-Refolded S100A3 R51A Mutant Express...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nsk

タイトル

Crystal Structure of the Post-Refolded S100A3 R51A Mutant Expressed in Insect Cell

要素

Protein S100-A3

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / EF-hand / Ca2+ / Zn2+-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

transition metal ion binding / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Unno, M. / Takahara, H. / Kizawa, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Refined crystal structures of human Ca(2+)/Zn(2+)-binding S100A3 protein characterized by two disulfide bridges
著者: Unno, M. / Kawasaki, T. / Takahara, H. / Heizmann, C.W. / Kizawa, K.

履歴

登録	2010年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年6月27日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nsk.cif.gz	89.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nsk.ent.gz	69.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nsk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/3nsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/3nsk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nsiC 3nslC 3nsoC 1ksoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nsi-d 3nso-d 5dcx-6 5z9l-2 5z4o-2 6rg0-4 1kso-d 6r53-1 3ext-d 7c7o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein S100-A3

B: Protein S100-A3

23.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.725, 58.725, 45.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	3 - 94
2	1	1	1	B	3 - 94

#1: タンパク質	Protein S100-A3 / S100 calcium-binding protein A3 / Protein S-100E 分子量: 11639.300 Da / 分子数: 2 / 変異: R51A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A3, S100E / 細胞株 (発現宿主): IPLB-Sf21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P33764
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: Ammonium Sulfate, 0.1M Bicine, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月31日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 25559 / Num. obs: 24792 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
CNS		精密化
REFMAC	5.5.0072	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KSO

1kso

解像度: 1.55→18.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.209 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21425	1262	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19518	-	-	-
obs	0.19613	23512	97.03 %	-
all	-	24792	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.351 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	-0.27 Å²	0 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→18.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1441	0	0	106	1547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.022	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.469	1.965	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.325	5	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.147	24.429	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.446	15	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.969	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.031	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.021	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.611	1.5	941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.744	2	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.578	3	583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.295	4.5	558
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 710 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
tight positional	0.08	0.05
tight thermal	0.28	0.5

LS精密化シェル

解像度: 1.551→1.591 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	96	-
R_work	0.365	1623	-
obs	-	-	91.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.257	-2.4822	-1.1188	6.8225	2.8765	3.4052	0.0682	-0.0049	-0.0937	0.1457	-0.1273	0.4375	0.0903	-0.1035	0.0591	0.0451	-0.0149	0.0077	0.0482	-0.0522	0.1481	1.669	10.523	15.481
2	2.2862	2.9055	1.5542	8.7765	4.2707	4.3578	0.0524	0.0259	0.115	-0.1133	-0.1238	0.5042	-0.0628	-0.0684	0.0714	0.0408	0.0149	-0.0046	0.0461	-0.0528	0.14	1.841	23.501	12.045
3	1.472	-0.3448	0.287	4.7954	-1.6785	2.8622	0.1292	0.0568	-0.118	0.025	-0.0236	-0.2073	0.1378	0.244	-0.1056	0.1013	0.0647	-0.0283	0.0989	-0.0629	0.1168	11.67	0.035	10.817
4	2.1767	0.6125	-0.1987	5.5866	-1.1461	2.3223	0.1485	-0.0066	0.0779	-0.0514	-0.0274	-0.1967	-0.1555	0.2487	-0.1212	0.0986	-0.0587	0.0277	0.0865	-0.057	0.1096	11.586	34.002	16.656
5	6.3867	-2.6368	2.5218	5.1433	1.4821	2.9426	0.3415	0.2842	0.1258	-0.7592	-0.3321	0.127	-0.0179	0.0402	-0.0094	0.2972	0.0683	-0.0539	0.1874	-0.0594	0.1949	6.218	8.008	2.142
6	5.6564	2.6734	-2.4572	6.2443	1.709	2.8945	0.3465	-0.2882	-0.07	0.8055	-0.3341	0.1465	0.0614	0.0784	-0.0123	0.3099	-0.0719	0.0656	0.184	-0.0614	0.2021	6.234	26.048	25.215
7	10.5642	1.3053	2.3757	10.1442	0.1979	3.2952	0.5382	0.9903	0.08	-1.1273	-0.2624	-0.2187	-0.1418	0.2919	-0.2758	0.2823	0.1322	0.032	0.1384	-0.0087	0.0566	6.852	22.521	-2.405
8	11.0014	-2.1698	-2.8017	10.0291	-0.606	2.2565	0.4798	-1.0089	-0.0094	1.0494	-0.2233	0.1025	-0.0231	0.2425	-0.2565	0.2767	-0.1353	0.0016	0.1384	-0.0142	0.0755	5.783	12.017	29.627
9	7.4832	-5.5129	-0.675	17.0247	-0.6699	4.5076	0.1982	0.3479	-0.1254	-1.1305	-0.4528	-0.6066	0.1684	0.1906	0.2546	0.2228	0.1013	0.1044	0.2091	-0.0452	0.1155	15.772	14.535	-2.98
10	7.2292	5.3706	1.3328	16.226	0.6428	4.2971	0.1178	-0.2978	0.0733	0.9818	-0.2578	-0.5717	-0.1689	0.1428	0.14	0.189	-0.0888	-0.0921	0.188	-0.0381	0.0927	15.792	19.253	30.343
11	1.5893	1.1303	1.5022	11.2788	5.0275	6.8459	-0.0035	0.2405	-0.0056	0.2232	0.3475	-0.9172	0.3471	0.7384	-0.344	0.0443	0.0525	-0.0262	0.1555	-0.0634	0.1355	16.26	6.758	12.218
12	0.874	-0.7567	-2.0459	11.2901	4.8257	6.4658	0.0672	-0.2596	-0.0032	-0.3631	0.2258	-0.7942	-0.4005	0.665	-0.293	0.0662	-0.0453	0.0383	0.1647	-0.0463	0.1387	15.817	27.022	14.63
13	0.9804	-1.4683	0.8256	7.4062	-3.2703	2.59	0.184	0.1021	0.0573	-0.3118	-0.3028	-0.2865	0.0669	0.2111	0.1188	0.0669	0.0332	0.0199	0.1059	-0.0476	0.1154	11.75	17.421	6.864
14	0.9633	1.5456	-0.4301	7.469	-2.8642	2.2804	0.1966	-0.0931	-0.0776	0.3284	-0.2908	-0.2838	-0.0712	0.1856	0.0942	0.0616	-0.0312	-0.0196	0.1045	-0.0487	0.1128	11.549	16.369	20.674
15	11.7095	2.5941	0.3644	1.6009	2.3621	5.3753	0.0613	0.3112	0.64	-0.3048	0.1653	0.0623	-0.5508	0.3057	-0.2266	0.1912	0.0174	0.0196	0.0808	-0.0206	0.1467	7.898	29.993	4.387
16	11.4451	-3.0905	-0.1284	4.067	3.2785	7.0273	0.0437	-0.3704	-0.6645	0.4144	0.2237	-0.0013	0.5772	0.4591	-0.2674	0.1582	-0.013	-0.0312	0.0933	-0.0252	0.1398	8.97	3.704	23.407

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	22 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	22 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	33 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	33 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	43 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	43 - 51
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	52 - 65
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	52 - 65
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	66 - 73
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	66 - 73
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	74 - 86
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	74 - 86
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	87 - 93
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	87 - 94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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