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万見
- PDB-3nsj: The X-ray crystal structure of lymphocyte perforin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nsj
タイトルThe X-ray crystal structure of lymphocyte perforin
要素Perforin-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Pore forming protein
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response to tumor cell / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / pore-forming activity / immunological synapse formation / protein transmembrane transport / wide pore channel activity / positive regulation of killing of cells of another organism / protein import / defense response to tumor cell ...immune response to tumor cell / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / cytolytic granule / pore-forming activity / immunological synapse formation / protein transmembrane transport / wide pore channel activity / positive regulation of killing of cells of another organism / protein import / defense response to tumor cell / immunological synapse / protein secretion / endosome lumen / protein homooligomerization / T cell mediated cytotoxicity / circadian rhythm / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / killing of cells of another organism / calcium ion binding / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Perforin-1, C2 domain / : / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Perforin-1, C2 domain / : / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Perforin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Law, R.H. / Whisstock, J.C. / Caradoc-Davies, T.T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: The structural basis for membrane binding and pore formation by lymphocyte perforin.
著者: Ruby H P Law / Natalya Lukoyanova / Ilia Voskoboinik / Tom T Caradoc-Davies / Katherine Baran / Michelle A Dunstone / Michael E D'Angelo / Elena V Orlova / Fasséli Coulibaly / Sandra ...著者: Ruby H P Law / Natalya Lukoyanova / Ilia Voskoboinik / Tom T Caradoc-Davies / Katherine Baran / Michelle A Dunstone / Michael E D'Angelo / Elena V Orlova / Fasséli Coulibaly / Sandra Verschoor / Kylie A Browne / Annette Ciccone / Michael J Kuiper / Phillip I Bird / Joseph A Trapani / Helen R Saibil / James C Whisstock /
要旨: Natural killer cells and cytotoxic T lymphocytes accomplish the critically important function of killing virus-infected and neoplastic cells. They do this by releasing the pore-forming protein ...Natural killer cells and cytotoxic T lymphocytes accomplish the critically important function of killing virus-infected and neoplastic cells. They do this by releasing the pore-forming protein perforin and granzyme proteases from cytoplasmic granules into the cleft formed between the abutting killer and target cell membranes. Perforin, a 67-kilodalton multidomain protein, oligomerizes to form pores that deliver the pro-apoptopic granzymes into the cytosol of the target cell. The importance of perforin is highlighted by the fatal consequences of congenital perforin deficiency, with more than 50 different perforin mutations linked to familial haemophagocytic lymphohistiocytosis (type 2 FHL). Here we elucidate the mechanism of perforin pore formation by determining the X-ray crystal structure of monomeric murine perforin, together with a cryo-electron microscopy reconstruction of the entire perforin pore. Perforin is a thin 'key-shaped' molecule, comprising an amino-terminal membrane attack complex perforin-like (MACPF)/cholesterol dependent cytolysin (CDC) domain followed by an epidermal growth factor (EGF) domain that, together with the extreme carboxy-terminal sequence, forms a central shelf-like structure. A C-terminal C2 domain mediates initial, Ca(2+)-dependent membrane binding. Most unexpectedly, however, electron microscopy reveals that the orientation of the perforin MACPF domain in the pore is inside-out relative to the subunit arrangement in CDCs. These data reveal remarkable flexibility in the mechanism of action of the conserved MACPF/CDC fold and provide new insights into how related immune defence molecules such as complement proteins assemble into pores.
履歴
登録2010年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Perforin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,95513
ポリマ－60,7991
非ポリマー1,15612
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.640, 109.800, 141.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Perforin-1 / P1 / Lymphocyte pore-forming protein / Cytolysin


分子量: 60798.973 Da / 分子数: 1 / 変異: R213E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prf1, Pfp / プラスミド: pBacPAK9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21 / 参照: UniProt: P10820
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 290分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.5 M sodium acetate, 0.1 M imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953689 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月25日 / 詳細: Silicon mirrors (adaptive and U-bent)
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator (Si111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953689 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 12.7 % / Av σ(I) over netI: 3.9 / 数: 205135 / Rsym value: 0.186 / D res high: 3.501 Å / D res low: 87.549 Å / Num. obs: 16169 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
11.0719.8183.610.0650.06511.5
7.8311.0710010.0770.07712.3
6.397.8310010.1150.11512.6
5.536.3910010.1560.15612.5
4.955.5310010.1510.15112.4
4.524.9510010.1610.16112.6
4.184.5210010.1990.19912.8
3.914.1810010.2840.28412.9
3.693.9110010.3970.39712.9
3.53.6910010.5430.54313
反射解像度: 2.75→86.636 Å / Num. all: 32550 / Num. obs: 32550 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 85.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1093 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.1093 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9data processing
SHARP位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.75→47.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9289 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9277 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2146 1683 5.2 %RANDOM
Rwork0.1962 ---
obs0.1971 32390 100 %-
all-32550 --
原子変位パラメータBiso mean: 80.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.2715 Å20 Å20 Å2
2---12.4774 Å20 Å2
3----0.7942 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.386 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4036 0 40 279 4355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0074198HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.985716HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1383SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes638HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4198HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.84 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2758 162 5.65 %
Rwork0.2307 2707 -
all0.2333 2869 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.7897 Å / Origin y: 16.6897 Å / Origin z: 92.7071 Å
111213212223313233
T-0.0798 Å20.0459 Å2-0.0011 Å2-0.0328 Å20.0267 Å2---0.0264 Å2
L0.4139 °2-0.5791 °20.7771 °2-0.7434 °2-1.0808 °2--1.2877 °2
S-0.0139 Å °-0.1102 Å °0.0365 Å °0.0306 Å °0.0694 Å °0.0351 Å °-0.0121 Å °0.0039 Å °-0.0555 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|21 - A|135 A|137 - A|551 A|652 - A|654 A|701 - A|702 A|710 - A|713 A|720 - A|721 A|901 - A|901 }A21 - 135
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|21 - A|135 A|137 - A|551 A|652 - A|654 A|701 - A|702 A|710 - A|713 A|720 - A|721 A|901 - A|901 }A137 - 551
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|21 - A|135 A|137 - A|551 A|652 - A|654 A|701 - A|702 A|710 - A|713 A|720 - A|721 A|901 - A|901 }A652 - 654
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|21 - A|135 A|137 - A|551 A|652 - A|654 A|701 - A|702 A|710 - A|713 A|720 - A|721 A|901 - A|901 }A701 - 702
5X-RAY DIFFRACTION1{ A|21 - A|135 A|137 - A|551 A|652 - A|654 A|701 - A|702 A|710 - A|713 A|720 - A|721 A|901 - A|901 }A710 - 713
6X-RAY DIFFRACTION1{ A|21 - A|135 A|137 - A|551 A|652 - A|654 A|701 - A|702 A|710 - A|713 A|720 - A|721 A|901 - A|901 }A720 - 721
7X-RAY DIFFRACTION1{ A|21 - A|135 A|137 - A|551 A|652 - A|654 A|701 - A|702 A|710 - A|713 A|720 - A|721 A|901 - A|901 }A901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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