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- PDB-3nsg: Crystal Structure of OmpF, an Outer Membrane Protein from Salmone... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nsg
タイトルCrystal Structure of OmpF, an Outer Membrane Protein from Salmonella typhi
要素Outer membrane protein F
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Porin / beta barrel / outer membrane protein / Beta Barrel Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / L(+)-TARTARIC ACID / Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Balasubramaniam, D. / Arockiasamy, A. / Sharma, A. / Krishnaswamy, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Asymmetric pore occupancy in crystal structure of OmpF porin from Salmonella typhi
著者: Balasubramaniam, D. / Arockiasamy, A. / Kumar, P.D. / Sharma, A. / Krishnaswamy, S.
履歴
登録2010年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein F
B: Outer membrane protein F
C: Outer membrane protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,769150
ポリマ－114,6493
非ポリマー17,120147
水6,972387
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8980 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area41290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.185, 139.335, 150.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Outer membrane protein F / Porin ompF / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein IA / Outer membrane protein B


分子量: 38216.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
株: Ty21a / 遺伝子: ompF / プラスミド: pET20b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: P37432*PLUS

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非ポリマー , 7種, 534分子

#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN WHCIH HAS DERIVED FROM SALMONELLA TYPHI DOES NOT ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN WHCIH HAS DERIVED FROM SALMONELLA TYPHI DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.48 % / Mosaicity: 0.721 °
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1M Tri sodium citrate, 0.25M potassium sodium tartrate, 2M Ammonium sulphate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å
検出器日付: 2007年12月13日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 38061 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.116 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.94.80.36425290.63157.1
2.9-3.025.40.3228860.662164.8
3.02-3.155.90.24431980.649171.8
3.15-3.326.50.20633610.661175.7
3.32-3.537.20.15137120.718182.8
3.53-3.87.70.11941070.802191.9
3.8-4.188.50.08544330.915198.6
4.18-4.799.30.07145271.181199.8
4.79-6.039.40.08445611.466199.9
6.03-5090.05547472.029199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.79→42.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.801 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 24.658 / SU ML: 0.461 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.518 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33672 1898 5 %RANDOM
Rwork0.25489 ---
obs0.25887 36118 84.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 150 Å2 / Biso mean: 61.787 Å2 / Biso min: 15.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.81 Å20 Å20 Å2
2--12.44 Å20 Å2
3----7.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→42.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8007 0 1038 387 9432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0219060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6562.01812181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.84851020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.11724.967459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.299151254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2361542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.21145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5911.55036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10527982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2834024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0684.54199
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.794→2.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 93 -
Rwork0.419 1642 -
all-1735 -
obs--52.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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