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- PDB-3nrt: The crystal structure of putative ryanodine receptor from Bactero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nrt
タイトルThe crystal structure of putative ryanodine receptor from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
要素Putative ryanodine receptor
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Actin; Chain A, domain 4 / Actin; Chain A, domain 4 - #10 / Other non-globular / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / : / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Wu, R. / Zhang, R. / James, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: he crystal strucutre of putative ryanodine receptor from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
著者: Ruiying, W. / Rongguang, Z. / James, A. / Andrzej, J. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年9月9日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct / struct_conn / struct_site
Item: _struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._struct.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月27日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ryanodine receptor
B: Putative ryanodine receptor
C: Putative ryanodine receptor
D: Putative ryanodine receptor
E: Putative ryanodine receptor
F: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,86114
ポリマ－74,1926
非ポリマー6698
水1,53185
1
A: Putative ryanodine receptor
B: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0316
ポリマ－24,7312
非ポリマー3014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
2
C: Putative ryanodine receptor
D: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9154
ポリマ－24,7312
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
3
E: Putative ryanodine receptor
F: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9154
ポリマ－24,7312
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.642, 89.272, 74.697
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Putative ryanodine receptor


分子量: 12365.373 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_2247 / プラスミド: PDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8A5J2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 400, 0.2M MgCl, , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.54→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique all: 1618 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.54→32.48 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 3128 5.07 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2006 61648 96.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.551 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7553 Å20 Å2-3.2424 Å2
2--7.889 Å20 Å2
3----5.1337 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→32.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4738 0 43 85 4866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1296570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1461903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072693
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4772-2.56570.30172890.25935046X-RAY DIFFRACTION84
2.5657-2.66840.30312910.23846007X-RAY DIFFRACTION98
2.6684-2.78980.31812710.24756034X-RAY DIFFRACTION99
2.7898-2.93680.2943480.24415923X-RAY DIFFRACTION99
2.9368-3.12070.27433180.19976108X-RAY DIFFRACTION99
3.1207-3.36140.26492980.19235984X-RAY DIFFRACTION99
3.3614-3.69920.2363370.17846033X-RAY DIFFRACTION99
3.6992-4.23350.23123320.16535927X-RAY DIFFRACTION98
4.2335-5.330.20573250.16025785X-RAY DIFFRACTION95
5.33-32.48290.21713190.19775673X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3204-0.4423-0.06190.3631-0.05371.20980.0088-0.15050.04970.0293-0.0157-0.05640.04380.04780.00740.1193-0.0022-0.01020.11070.03240.2001-3.9914-1.702733.3547
21.4484-0.1037-0.23260.1264-0.21461.5533-0.03350.17510.024-0.073-0.0078-0.0015-0.0198-0.15220.0460.19680.02760.01910.13390.00130.1241-8.3802-4.316926.4335
31.2777-0.03790.23140.5394-0.98161.8138-0.03650.1308-0.1461-0.07230.108-0.06410.3428-0.1453-0.05950.278-0.05260.02880.1872-0.05470.1498-8.5263-12.21261.8866
40.81320.4187-0.23990.6711-0.81442.23780.0549-0.2118-0.2386-0.1451-0.14030.0150.12520.16320.04620.14-0.0001-0.01550.20950.02540.1809-10.7014-11.1334-6.0981
51.7526-0.6531.06180.2776-0.55011.4461-0.1617-0.05820.36490.00510.0922-0.1282-0.13590.15990.10010.09-0.05-0.03020.125-0.05790.250519.12476.260542.1792
62.3791-0.51170.50250.30310.23151.07210.07850.20840.15540.0877-0.1278-0.1244-0.2278-0.07620.04350.1551-0.0025-0.00350.17770.0220.132825.69034.940647.1691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A resid 7:100
2X-RAY DIFFRACTION2chain B resid 7:100
3X-RAY DIFFRACTION3chain C resid 7:100
4X-RAY DIFFRACTION4chain D resid 7:100
5X-RAY DIFFRACTION5chain E resid 7:100
6X-RAY DIFFRACTION6chain F resid 7:100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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