PDB-3nr9: Structure of human CDC2-like kinase 2 (CLK2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nr9

タイトル

Structure of human CDC2-like kinase 2 (CLK2)

要素

Dual specificity protein kinase CLK2

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SGC / PROTEIN KINASE / dual specificity protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

dual-specificity kinase / response to ionizing radiation / regulation of RNA splicing / negative regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / nuclear body / nuclear speck / protein phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Savitsky, P. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Keates, T. / Fedorov, O. / Pike, A.C.W. / Eswaran, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of human CDC2-like kinase 2 (CLK2)
著者: Chaikuad, A. / Savitsky, P. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Keates, T. / Fedorov, O. / Pike, A.C.W. / Eswaran, J. / Berridge, G. / Phillips, C. / Zhang, Y. / ...

履歴

登録	2010年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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-
関連構造データ

関連構造データ	2eu9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4obz-d 2igy-d 6cvt-d 6tia-d 5dxj-2 3g0f-d 6uj1-d 3sml-1 4qhb-3 3nmh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Dual specificity protein kinase CLK2

B: Dual specificity protein kinase CLK2

C: Dual specificity protein kinase CLK2

ヘテロ分子

131 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Dual specificity protein kinase CLK2

ヘテロ分子

A: Dual specificity protein kinase CLK2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Dual specificity protein kinase CLK2

ヘテロ分子

C: Dual specificity protein kinase CLK2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.678, 97.678, 223.029
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	C
1	5	B
2	5	A
3	5	C
1	6	A
2	6	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	GLY	GLY	2	B	B	138 - 149	10 - 21
2	1	1	ARG	ARG	GLY	GLY	2	A	A	138 - 149	10 - 21
1	1	2	GLU	GLU	GLN	GLN	1	A	A	213 - 228	85 - 100
2	1	2	GLU	GLU	GLN	GLN	1	B	B	213 - 228	85 - 100
3	1	2	GLU	GLU	GLN	GLN	1	C	C	213 - 228	85 - 100
1	2	2	ILE	ILE	GLU	GLU	1	A	A	241 - 304	113 - 176
2	2	2	ILE	ILE	GLU	GLU	1	B	B	241 - 304	113 - 176
3	2	2	ILE	ILE	GLU	GLU	1	C	C	241 - 304	113 - 176
1	3	2	VAL	VAL	MET	MET	1	A	A	318 - 393	190 - 265
2	3	2	VAL	VAL	MET	MET	1	B	B	318 - 393	190 - 265
3	3	2	VAL	VAL	MET	MET	1	C	C	318 - 393	190 - 265
1	4	2	ARG	ARG	PHE	PHE	1	A	A	440 - 478	312 - 350
2	4	2	ARG	ARG	PHE	PHE	1	B	B	440 - 478	312 - 350
3	4	2	ARG	ARG	PHE	PHE	1	C	C	440 - 478	312 - 350
1	1	3	HIS	HIS	LEU	LEU	1	A	A	150 - 212	22 - 84
2	1	3	HIS	HIS	LEU	LEU	1	B	B	150 - 212	22 - 84
1	2	3	MET	MET	CYS	CYS	1	A	A	229 - 240	101 - 112
2	2	3	MET	MET	CYS	CYS	1	B	B	229 - 240	101 - 112
1	1	4	HIS	HIS	LEU	LEU	4	A	A	150 - 212	22 - 84
2	1	4	HIS	HIS	LEU	LEU	4	C	C	150 - 212	22 - 84
1	2	4	MET	MET	CYS	CYS	4	A	A	229 - 240	101 - 112
2	2	4	MET	MET	CYS	CYS	4	C	C	229 - 240	101 - 112
1	1	5	GLU	GLU	ILE	ILE	4	B	B	394 - 400	266 - 272
2	1	5	GLU	GLU	ILE	ILE	4	A	A	394 - 400	266 - 272
3	1	5	GLU	GLU	ILE	ILE	4	C	C	394 - 400	266 - 272
1	1	6	PRO	PRO	LYS	LYS	1	A	A	401 - 412	273 - 284
2	1	6	PRO	PRO	LYS	LYS	1	C	C	401 - 412	273 - 284
1	2	6	TYR	TYR	ARG	ARG	4	A	A	413 - 439	285 - 311
2	2	6	TYR	TYR	ARG	ARG	4	C	C	413 - 439	285 - 311

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Dual specificity protein kinase CLK2 / CDC-like kinase 2 分子量: 43388.180 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residue 135-496 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-lambda-PPase / 参照: UniProt: P49760, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-NR9 / (5Z)-5-(quinolin-6-ylmethylidene)-2-[(thiophen-2-ylmethyl)amino]-1,3-thiazol-4(5H)-one 分子量: 351.445 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₃N₃OS₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3 詳細: 25% MPD, 0.1M Bicine, pH 9.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月6日 / 詳細: two K-B pairs of bimorph type mirrors
放射	モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→55.9 Å / Num. all: 28186 / Num. obs: 28133 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 65.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.89→3.04 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.989 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4062 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0066	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2EU9

2eu9

解像度: 2.89→48.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 34.138 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.421 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25193	1416	5 %	RANDOM
R_work	0.19399	-	-	-
obs	0.19686	26717	98.73 %	-
all	-	28133	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.575 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.57 Å²	1.28 Å²	0 Å²
2-	-	2.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.85 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.379 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→48.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8427	0	72	63	8562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	8721
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.427	1.945	11812
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.012	3.001	14185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.844	5	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.152	23.224	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.084	15	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.245	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1921

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	71	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	1	B	91	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
1	1	B	71	TIGHT THERMAL	5.08	0.5
1	1	B	91	MEDIUM THERMAL	6.26	2
2	1	A	2614	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	2	B	2614	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	3	C	2614	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	1	A	2614	TIGHT THERMAL	3.29	0.5
2	2	B	2614	TIGHT THERMAL	3.78	0.5
2	3	C	2614	TIGHT THERMAL	3.34	0.5
3	1	A	1008	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	1	A	1008	TIGHT THERMAL	3.25	0.5
4	1	A	1029	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
4	1	A	1029	MEDIUM THERMAL	2.36	2
5	1	B	99	MEDIUM POSITIONAL	0.67	0.5
5	2	A	99	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
5	3	C	99	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
5	1	B	99	MEDIUM THERMAL	2.36	2
5	2	A	99	MEDIUM THERMAL	2.17	2
5	3	C	99	MEDIUM THERMAL	1.39	2
6	1	A	176	TIGHT POSITIONAL	0.31	0.05
6	1	A	405	MEDIUM POSITIONAL	0.44	0.5
6	1	A	176	TIGHT THERMAL	2.48	0.5
6	1	A	405	MEDIUM THERMAL	2.57	2

LS精密化シェル

解像度: 2.89→2.962 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	108	-
R_work	0.313	1950	-
obs	-	-	98.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2318	-0.5217	1.1696	2.5085	-0.753	2.0189	0.0506	-0.1301	-0.1457	-0.0639	0.1134	0.1826	0.0414	-0.1171	-0.1639	0.1664	0.0094	0.023	0.1595	0.0282	0.03	80.7864	2.1938	6.8219
2	6.5836	-0.0856	-1.9034	4.4485	-2.2933	4.2513	-0.0092	0.1769	0.6973	-0.4058	0.012	0.0832	-0.3346	-0.4272	-0.0028	0.2428	0.0892	-0.0062	0.1451	-0.0208	0.1402	79.6076	13.087	-4.5685
3	1.7812	-0.6001	-1.2411	0.6167	0.3539	2.0754	-0.0124	0.0658	0.1004	0.0525	0.0787	0.0721	-0.1401	-0.1817	-0.0663	0.082	0.0308	-0.0126	0.1043	0.041	0.0448	87.5525	0.9789	-17.2417
4	4.832	0.0019	1.6181	1.7568	0.2315	2.4274	-0.0104	0.295	-0.1561	-0.2288	0.0733	0.109	0.0385	-0.2101	-0.063	0.1019	-0.0075	0.0082	0.1289	0.0085	0.0201	91.0576	-6.227	-30.3727
5	21.2006	7.2951	0.6744	2.5481	-0.1064	4.6958	-0.1053	0.0546	0.224	-0.0284	-0.0078	0.1422	0.1939	-0.4328	0.1132	0.3801	0.0235	0.0831	0.3684	-0.079	0.4928	37.8635	20.0256	33.2516
6	4.2423	0.0923	-0.5822	4.9171	-0.5749	3.3392	0.0292	0.1278	0.1745	-0.1379	-0.1201	0.5625	-0.0478	-0.6901	0.091	0.2839	0.0753	0.0262	0.5742	-0.0935	0.3835	27.9898	23.5115	22.6701
7	1.7773	0.8664	-0.6438	3.2746	-0.6731	2.8159	0.0141	-0.0691	-0.0007	-0.1389	-0.0792	0.2058	0.0725	-0.3726	0.065	0.2125	0.0382	-0.0767	0.3065	-0.0358	0.1725	42.1907	22.5053	4.2834
8	2.0588	0.3617	1.1061	3.2854	0.879	3.5624	-0.0212	0.2567	-0.2908	-0.414	-0.0815	0.1052	0.3672	-0.253	0.1027	0.3687	-0.024	-0.0175	0.3266	0.0093	0.2389	45.8741	19.9757	-6.9599
9	11.6754	6.2093	3.3629	16.4744	-13.5386	19.4294	-0.0871	1.4528	-0.7463	-0.356	0.4597	-0.9063	0.0938	0.5693	-0.3726	0.3054	-0.0136	0.3569	0.4453	-0.0062	0.8209	49.4161	-23.9208	59.3445
10	7.3046	3.079	0.2061	4.094	-0.4347	5.0608	0.1398	-0.2505	-0.1732	0.3287	-0.1408	-0.0962	0.14	0.1215	0.0011	0.3036	0.0545	0.0251	0.1289	0.037	0.1183	70.6036	-26.96	56.8259
11	2.0303	-0.5323	1.811	5.6418	0.2965	2.2232	0.1783	0.2841	-0.3838	-0.2534	-0.0542	-0.3256	0.6111	0.3125	-0.1241	0.5781	0.1088	0.1487	0.288	-0.003	0.3837	72.1468	-34.1296	46.3024
12	1.6821	0.1907	0.2858	0.8559	0.0117	1.494	-0.0574	0.0336	-0.0707	-0.0414	0.0263	0.0208	0.3182	-0.0805	0.0311	0.2361	0.0328	0.0134	0.2084	-0.0019	0.1295	59.6904	-24.7233	31.4872
13	6.9701	2.8769	0.1713	1.5343	-0.7149	2.0963	-0.1715	0.312	0.6936	-0.0332	0.2073	0.4244	-0.1932	-0.5139	-0.0358	0.3235	0.0608	-0.1203	0.5443	-0.0926	0.4393	40.5181	-18.8587	24.1913
14	3.2678	2.2044	-1.2203	8.4732	-2.1686	4.0204	-0.1124	0.269	-0.0849	-0.1417	0.0386	-0.4066	0.326	0.1553	0.0738	0.3258	0.0143	-0.0674	0.296	0.0096	0.1204	63.3566	-23.9856	18.3582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	137 - 183
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	184 - 224
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	225 - 417
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	418 - 484
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	136 - 165
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	166 - 245
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	246 - 422
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	423 - 482
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	137 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	145 - 200
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	201 - 251
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	252 - 414
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	415 - 441
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	442 - 483

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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