PDB-3npq: Structure of the S-adenosylhomocysteine riboswitch at 2.18 A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3npq

タイトル

Structure of the S-adenosylhomocysteine riboswitch at 2.18 A

要素

S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH

キーワード

RNA / riboswitch / S-adenosyl-homocysteine

機能・相同性

COBALT HEXAMMINE(III) / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Ralstonia solanacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1814 Å

データ登録者

Reyes, F.E. / Edwards, A.E. / Batey, R.T.

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Structural basis for recognition of S-adenosylhomocysteine by riboswitches.
著者: Edwards, A.L. / Reyes, F.E. / Heroux, A. / Batey, R.T.

履歴

登録	2010年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3npq.ent.gz	152.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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XML形式データ	3npq_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	3npq_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3npq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3npq	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	3npn-d 4nsr-2 6w9z-d 2e36-d 6kc6-4 2jok-d 6kc6-1 6kc6-6 5aea-d 6kc6-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH

B: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH

C: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH

ヘテロ分子

56 kDa, 3 ポリマー
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1

A: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH

ヘテロ分子

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18.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.793, 103.241, 69.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-99- HOH
2	1	A-105- HOH
3	1	A-329- HOH
4	1	B-334- HOH
5	1	C-140- HOH
6	1	C-370- HOH
7	1	C-422- HOH
8	1	C-425- HOH
9	1	C-429- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 1:38 or resseq 43:54 ) and not element H
2	1	1	chain B and (resseq 1:38 or resseq 43:54 ) and not element H
3	1	1	chain C and (resseq 1:38 or resseq 43:54 ) and not element H

#1: RNA鎖	S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH 分子量: 17489.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase 由来: (合成) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III) 分子量: 161.116 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH₁₈N₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.25 mM Spermine, 9 mM magnesium chloride, 0.9 mM spermidine, 2.5 mM Cobalt(III)hexammine chloride, 0.05 M sodium cacodylate pH 7.0, 5% (v/v) PEG 400, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -1/2*h-1/2*k-l,-1/2*h-1/2*k+l,-1/2*h+1/2*k / Fraction: 0.53

反射

解像度: 1.95→23.014 Å / Num. obs: 41336 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 6.2 % / R_sym value: 0.071

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.95-2.05	4	1.157	1.005	0.7	13006	3268	0.566	1.157	1.005	1.4	47
2.05-2.18	4.3	0.735	0.645	1.1	19600	4595	0.347	0.735	0.645	2.2	69.8
2.18-2.33	5	0.464	0.415	1.8	27858	5573	0.203	0.464	0.415	3.7	90.5
2.33-2.51	6.7	0.275	0.254	2.9	38877	5764	0.105	0.275	0.254	6.7	99.7
2.51-2.75	7	0.151	0.14	5.2	37359	5315	0.056	0.151	0.14	11	99.8
2.75-3.08	7.1	0.086	0.079	7.1	34215	4796	0.032	0.086	0.079	17.8	99.9
3.08-3.56	7.1	0.067	0.062	8.7	30315	4253	0.025	0.067	0.062	25.5	99.8
3.56-4.36	7	0.059	0.055	10.6	25281	3588	0.022	0.059	0.055	29	99.2
4.36-6.16	6.8	0.063	0.058	10	18467	2734	0.024	0.063	0.058	30.2	98.3
6.16-23.014	6.4	0.057	0.052	11.3	9346	1450	0.022	0.057	0.052	31.1	93.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 34.93 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	23.01 Å
Translation	2.5 Å	23.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.15	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.4_87	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CBASS		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NPN

3npn

解像度: 2.1814→23.014 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2454	1761	5.38 %
R_work	0.2353	-	-
obs	0.2358	32745	95.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 77.228 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.1324 Å²	0 Å²	0.2297 Å²
2-	-	5.5823 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.646 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1814→23.014 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	3235	183	575	3993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	3793
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.536	5981
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.42	1482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	765
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	156

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1056	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1056	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
1	3	C	1058	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1814-2.2516	0.5386	120	0.3896	2348	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2516-2.3319	0.3378	134	0.3808	2579	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3319-2.425	0.3957	147	0.3846	2817	X-RAY DIFFRACTION	92
2.425-2.5351	0.3067	147	0.3478	2889	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5351-2.6682	0.3533	149	0.3529	2905	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6682-2.8347	0.2728	149	0.3086	2899	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8347-3.0525	0.2904	153	0.2544	2926	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0525-3.3575	0.2164	143	0.2146	2943	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3575-3.8386	0.1959	147	0.1945	2944	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8386-4.8183	0.1905	149	0.187	2920	X-RAY DIFFRACTION	94
4.8183-17.1142	0.2235	149	0.1836	2917	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2817	0.1603	-0.4081	0.0875	0.1345	2.2812	-0.305	0.143	-0.0451	0.0207	-0.1958	0.0541	0.033	-0.4623	0.3233	0.1388	-0.0305	0.0115	0.4242	-0.0797	0.1848	29.0998	-18.062	14.871
2	0.5523	-0.5206	-0.1859	0.6017	0.2632	0.4313	0.2202	-0.0059	-0.0422	-0.2975	-0.0913	0.1054	0.0527	0.0813	-0.0929	0.3555	0.0495	-0.0301	0.1851	-0.0081	0.1966	32.6119	13.7026	11.0305
3	0.5214	0.5271	0.516	1.2764	0.4671	0.5746	-0.1817	0.2781	0.1996	0.0269	0.1323	0.1745	0.0346	0.2302	0.0248	0.1032	-0.0222	-0.0057	0.1878	0.0678	0.1958	13.0692	2.9153	34.7951

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and not element H
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and not element H
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and not element H

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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