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万見
- PDB-3now: UNC-45 from Drosophila melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3now
タイトルUNC-45 from Drosophila melanogaster
要素UNC-45 protein, SD10334p
キーワードPROTEIN BINDING / Armadillo Repeat / Hsp90 / Myosin / Tetra-tricopeptide Repeat / TPR / binding protein required for myosin function
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic muscle development / myosin filament assembly / muscle organ development / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of innate immune response / cellular response to heat / defense response to Gram-negative bacterium / cell differentiation / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UNC-45/Cro1/She4, central domain / Myosin-binding striated muscle assembly central / Tetratricopeptide repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical ...UNC-45/Cro1/She4, central domain / Myosin-binding striated muscle assembly central / Tetratricopeptide repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.992 Å
データ登録者Lee, C.F. / Hauenstein, A.V. / Fleming, J.K. / Gasper, W.C. / Engelke, V. / Banumathi, S. / Bernstein, S.I. / Huxford, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: X-ray Crystal Structure of the UCS Domain-Containing UNC-45 Myosin Chaperone from Drosophila melanogaster.
著者: Lee, C.F. / Hauenstein, A.V. / Fleming, J.K. / Gasper, W.C. / Engelke, V. / Sankaran, B. / Bernstein, S.I. / Huxford, T.
履歴
登録2010年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNC-45 protein, SD10334p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8141
ポリマ－89,8141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: UNC-45 protein, SD10334p

A: UNC-45 protein, SD10334p

A: UNC-45 protein, SD10334p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,4413
ポリマ－269,4413
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
Buried area7000 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area100150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.079, 184.079, 184.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 UNC-45 protein, SD10334p


分子量: 89813.523 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 138-947 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG2708, Tom34 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q960B1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium acetate, 25% (w/v) PEG 4000, 1% (v/v) ethylene glycol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月10日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.992→50 Å / Num. obs: 42099 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.0115 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.992→3.11 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique all: 4113 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.5_2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.992→49.197 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2355 1865 4.74 %random
Rwork0.2007 ---
obs0.2024 39354 93.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.07 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.992→49.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6077 0 0 0 6077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2938296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6142309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9917-3.09860.3511530.29983183X-RAY DIFFRACTION79
3.0986-3.22260.31521720.28183432X-RAY DIFFRACTION87
3.2226-3.36930.3031740.26063628X-RAY DIFFRACTION91
3.3693-3.54680.28371830.23263697X-RAY DIFFRACTION93
3.5468-3.7690.28161870.20863782X-RAY DIFFRACTION95
3.769-4.05990.23521930.18193815X-RAY DIFFRACTION96
4.0599-4.46820.19971980.16223891X-RAY DIFFRACTION97
4.4682-5.11420.17091990.15473929X-RAY DIFFRACTION97
5.1142-6.4410.22751960.18113994X-RAY DIFFRACTION98
6.441-49.20380.18152100.16584138X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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