[日本語] English
万見
- PDB-3nor: Crystal Structure of T102S Isocyanide Hydratase from Pseudomonas ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nor
タイトルCrystal Structure of T102S Isocyanide Hydratase from Pseudomonas fluorescens
要素ThiJ/PfpI family protein
キーワードLYASE / DJ-1 superfamily / isocyanide hydratase / isonitrile hydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Isonitrile hydratase InhA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lakshminarasimhan, M. / Madzelan, P. / Nan, R. / Milkovic, N.M. / Wilson, M.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Evolution of New Enzymatic Function by Structural Modulation of Cysteine Reactivity in Pseudomonas fluorescens Isocyanide Hydratase.
著者: Lakshminarasimhan, M. / Madzelan, P. / Nan, R. / Milkovic, N.M. / Wilson, M.A.
履歴
登録2010年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ThiJ/PfpI family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3592
ポリマ－24,1671
非ポリマー1921
水4,324240
1
A: ThiJ/PfpI family protein
ヘテロ分子

A: ThiJ/PfpI family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7174
ポリマ－48,3332
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554x,-y,-z-1/21
Buried area5860 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.602, 102.722, 121.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

-
要素

#1: タンパク質 ThiJ/PfpI family protein


分子量: 24166.621 Da / 分子数: 1 / 変異: T102S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977, EC: 4.2.1.103
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 19-22% PEG 4000, 140-160 mM sodium citrate pH=5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月12日 / 詳細: Osmic Blue confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→78 Å / Num. all: 18463 / Num. obs: 18463 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1853 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NOO

3noo


解像度: 1.9→78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.618 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20196 996 5.1 %RANDOM
Rwork0.15521 ---
all0.15759 18463 --
obs0.15759 18463 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1701 0 13 240 1954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0961.9732453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5915239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.31323.57170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93215264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7731513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3071.51178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.22721887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6813612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.4924.5566
LS精密化 シェル解像度: 1.896→1.945 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 59 -
Rwork0.31 1270 -
obs--93.99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.875 Å / Origin y: -6.514 Å / Origin z: -18.719 Å
111213212223313233
T0.0324 Å20.012 Å20.007 Å2-0.0229 Å20.0051 Å2--0.0512 Å2
L1.4165 °20.0635 °20.015 °2-0.5505 °2-0.1965 °2--2.5315 °2
S0.0017 Å °-0.1504 Å °-0.0683 Å °0.0249 Å °-0.0318 Å °0.0417 Å °0.0907 Å °0.0404 Å °0.0301 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る