PDB-3nof: Mycobacterium tuberculosis thioredoxin C C40S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nof

タイトル

Mycobacterium tuberculosis thioredoxin C C40S mutant

要素

Thioredoxin TrxC

キーワード

ELECTRON TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hall, G. / Emsley, J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis thioredoxin in complex with quinol inhibitor PMX464
著者: Hall, G. / Bradshaw, T.D. / Laughton, C.A. / Stevens, M.F. / Emsley, J.

履歴

登録	2010年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nof.cif.gz	61.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nof.ent.gz	45.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nof_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nof_full_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示
XML形式データ	3nof_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	3nof_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/3nof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/3nof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o6tC 2i1uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ep7-2 6q47-2 2vlt-2 1ep7-1 3nhz-1 3fs7-2 3o6t-3 2ifq-3 2hsh-d 6q6v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin TrxC

B: Thioredoxin TrxC

ヘテロ分子

25.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thioredoxin TrxC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thioredoxin TrxC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.269, 75.269, 96.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Thioredoxin TrxC / thioredoxin C 分子量: 12685.497 Da / 分子数: 2 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Ra / 遺伝子: TrxC / プラスミド: pGAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: A5U9P2
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.26 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2M potassium thiocyanate, 2.2M ammonium sulphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月21日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→27 Å / Num. obs: 40668 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 33.5 / Num. measured all: 761448

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 2I1U

2i1u

解像度: 1.6→26.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 1.31 / SU ML: 0.047 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21615	2037	5 %	RANDOM
R_work	0.18051	38623	-	-
obs	0.18227	40660	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.19 Å² / B_iso mean: 22.183 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.079 Å	0.177 Å
Luzzati d res low	-	1.6 Å
Luzzati sigma a	0.08 Å	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1611	0	12	279	1902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.031	0.022	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.678	1.98	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.803	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.238	24.286	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.982	15	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.65	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.213	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.778	1.5	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.828	2	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.906	3	622
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.226	4.5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	144	-
R_work	0.258	2830	-
all	-	2974	-
obs	-	-	99.9 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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