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- PDB-3noc: Designed ankyrin repeat protein (DARPin) binders to AcrB: Plastic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3noc
タイトルDesigned ankyrin repeat protein (DARPin) binders to AcrB: Plasticity of the Interface
要素
  • Acriflavine resistance protein B
  • Designed ankyrin repeat protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN/PROTEIN BINDING / membrane protein / RND / drug-efflux pump / transport protein / designed ankyrin repeat protein / crystallization chaperone / TRANSPORT PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein ...Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Monroe, N. / Briand, C. / Gruetter, M.G.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Designed ankyrin repeat protein binders for the crystallization of AcrB: Plasticity of the dominant interface
著者: Monroe, N. / Sennhauser, G. / Seeger, M.A. / Briand, C. / Grutter, M.G.
履歴
登録2010年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acriflavine resistance protein B
B: Acriflavine resistance protein B
C: Acriflavine resistance protein B
D: Designed ankyrin repeat protein
E: Designed ankyrin repeat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,6975
ポリマ－377,6975
非ポリマー00
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.854, 158.924, 245.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acriflavine resistance protein B


分子量: 113693.195 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質 Designed ankyrin repeat protein


分子量: 18308.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1blue
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG4000, (NH4)2SO4, ADA, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年12月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double Si 111 crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 156357 / Num. obs: 154751 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.47 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 12.43
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.7-34.510.5562.95417050.62999.5
3-44.550.1878.12650790.2199.2
4-54.430.05822.31232130.06698.6
5-64.580.05723.21103830.06599.1
6-104.360.03332.04111890.03797.5
10-504.140.0250.831990.02395.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2J8S

2j8s


解像度: 2.7→49.21 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.785 / SU ML: 0.41 / Isotropic thermal model: TLS / σ(F): 2 / σ(I): -3 / 位相誤差: 29.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2675 1548 1 %RANDOM
Rwork0.2423 ---
obs0.2426 154197 99 %-
all-156357 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.804 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 279.36 Å2 / Biso mean: 61.9465 Å2 / Biso min: 20.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.825 Å20 Å20 Å2
2--8.4351 Å20 Å2
3---0.3899 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.418 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25120 0 0 438 25558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00925590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80834844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3388956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0584170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.78720.40051400.376513857100
2.7872-2.88680.34641390.33891376499
2.8868-3.00230.33271400.319113925100
3.0023-3.13890.34461410.29913922100
3.1389-3.30440.32961410.286313945100
3.3044-3.51140.30511390.25391375798
3.5114-3.78240.24971410.22421393799
3.7824-4.16290.22781410.20481394799
4.1629-4.76480.21531400.18521384798
4.7648-6.00150.22481420.21031408499
6.0015-49.2180.24551440.22871421897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18290.1015-0.10990.11350.06080.27770.0643-0.0392-0.00840.0346-0.01280.03730.01350.0292-0.03540.2110.0053-0.00080.3774-0.02810.238526.2797-37.7467-15.8478
20.55090.145-0.07780.37630.04670.33380.11-0.08440.1907-0.0501-0.07970.1147-0.17770.0599-0.03310.27160.07330.05230.299-0.03430.347723.93993.1022-23.8897
30.63520.4494-0.28130.690.09820.29980.1397-0.47080.08440.0555-0.13550.00580.00940.08340.02670.2423-0.0481-0.01240.6115-0.1120.237140.3617-35.29435.2349
40.9858-0.1187-0.3590.30730.28810.75250.076-0.0990.3987-0.18630.01110.0939-0.3182-0.0733-0.13940.69840.09170.08040.4477-0.11270.677134.313118.8071-29.3912
50.39160.13830.03750.0317-0.0430.13610.07630.1678-0.0837-0.016-0.0631-0.01890.01990.0996-0.00510.2110.0407-0.02990.3536-0.03920.229842.5274-54.4466-39.1052
60.614-0.340.29180.9503-0.08450.36770.00590.43720.1316-0.1125-0.00860.08640.0487-0.147-0.01540.28730.0359-0.01920.61130.15380.281528.1978-16.5478-75.024
70.2502-0.0379-0.06620.69450.17860.09850.05840.2193-0.0863-0.1538-0.03120.0977-0.0344-0.0757-0.02120.2578-0.0031-0.06660.4623-0.09210.290120.8428-60.519-39.7162
80.30960.12030.31920.3126-0.23230.90170.00230.12040.1323-0.04340.14450.24870.03730.0185-0.11840.34810.0578-0.0530.58220.12280.420917.4874-16.6983-71.0931
90.3312-0.6352-0.03511.922-0.40760.04020.15320.1764-0.15410.1701-0.19510.46250.0110.01620.03210.2534-0.04130.03740.3874-0.01360.303254.5376-30.9842-33.8985
100.42780.0643-0.13060.06610.2190.38190.0066-0.4799-0.00340.1133-0.0522-0.137-0.02040.14990.06610.1881-0.01-0.00120.55980.09970.318457.1789-46.81810.3079
110.29340.00940.12070.2607-0.23130.23010.00190.06180.0179-0.00010.00480.004-0.01290.0980.00170.2464-0.0183-0.00360.44880.05240.253671.9714-23.4628-39.3717
121.28960.65760.02290.75510.20080.0854-0.29360.2009-0.0405-0.23860.35210.0282-0.20020.1253-0.02860.4866-0.1516-0.0550.75710.10420.451671.6906-3.9221-75.7245
131.2970.2942-0.82840.6356-0.01631.35340.13220.37450.2626-0.1136-0.06690.27520.0128-0.74240.09440.2956-0.0506-0.0630.5173-0.12330.4492-0.548-72.7265-35.2575
140.2058-0.5778-0.16171.7028-0.00031.5849-0.20980.2579-0.09660.1894-0.00090.2478-0.0064-0.31510.2150.4067-0.0935-0.03040.5674-0.04540.46711.2926-77.1437-20.5971
150.4335-0.61210.55540.8661-0.74221.7883-0.194-0.63650.0854-0.05860.2984-0.25660.0767-0.641-0.08790.5181-0.0773-0.12110.8969-0.08860.4943.0645-75.8352-7.6918
160.6272-0.0982-0.04930.02570.0050.0158-0.26640.2561-0.0049-0.0701-0.0895-0.060.0299-0.29230.21140.7723-0.0006-0.18060.8637-0.35610.815538.442-22.251225.1973
170.4332-0.37220.42070.6165-0.30150.3725-0.056-0.3414-0.02240.6057-0.2113-0.3120.3535-0.55560.19960.5896-0.243-0.06571.2304-0.14290.308246.3217-37.456329.6784
180.0502-0.10590.00250.2582-0.03010.01050.383-0.24260.0022-0.3265-0.0798-0.25910.3081-0.2606-0.28440.60790.0613-0.15521.05480.16910.379357.6232-53.95226.3954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:342)A1 - 342
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 343:667)A343 - 667
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 668:872)A668 - 872
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 873:1049)A873 - 1049
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:344)B1 - 344
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 345:559)B345 - 559
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 560:872)B560 - 872
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 873:1049)B873 - 1049
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 1:132)C1 - 132
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 133:263)C133 - 263
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 264:1018)C264 - 1018
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 1019:1049)C1019 - 1049
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 1:76)D1 - 76
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 77:114)D77 - 114
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 115:169)D115 - 169
16X-RAY DIFFRACTION16(chain E and resid 1:34)E1 - 34
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 35:136)E35 - 136
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 137:169)E137 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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