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万見
- PDB-3no5: Crystal structure of a Pfam DUF849 domain containing protein (Reu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3no5
タイトルCrystal structure of a Pfam DUF849 domain containing protein (Reut_A1631) from Ralstonia eutropha JMP134 at 1.90 A resolution
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Pfam DUF849 domain containing protein / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine catabolic process to acetate / transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme / beta-keto acid cleavage enzyme / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Pfam DUF849 domain containing protein (Reut_A1631) from Ralstonia eutropha JMP134 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,01025
ポリマ－180,8206
非ポリマー1,19019
水19,7441096
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5286
ポリマ－60,2732
非ポリマー2554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,01614
ポリマ－60,2732
非ポリマー74212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
3
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4665
ポリマ－60,2732
非ポリマー1933
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.181, 81.221, 140.429
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 30136.668 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: JMP134 / 遺伝子: Reut_A1631 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q471D6
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1096 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (1-274) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (1-274) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.33
詳細: 18.0% polyethylene glycol 8000, 0.15M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.33, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91162
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日 / 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91162 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.961 Å / Num. obs: 143033 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PHENIX精密化
PHASER位相決定
SCALA3.2.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CHV

3chv


解像度: 1.9→29.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: (1). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION.0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (2). ...詳細: (1). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION.0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (2). THE MODELING OF ZINC IS SUPPORTED BY ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS AND STRUCTURAL SIMILARITY TO A HOMOLOG, PDB ID 3CHV. (3).ACETATE (ACT) FROM THE CRYSTALLIZATION AND ETHYLENE GLYCOL(EDO) USED AS A CRYOPROTECTANT WERE MODELED INTO THE STRUCTURE.(4). ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. (5). ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. (6). WATERS WERE EXCLUDED FROM TLS ASSIGNMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 7173 5.02 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.207 143012 --
原子変位パラメータBiso mean: 26.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.911 Å20 Å2-1.197 Å2
2--3.391 Å20 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12246 0 58 1096 13400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00912901HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.5317617HARMONIC6
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4536SINUSOIDAL5
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes314HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1979HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12901HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion17595
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16396SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 529 5.03 %
Rwork0.204 9982 -
all0.206 10511 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06510.27150.09931.8653-0.16610.58110.0103-0.0421-0.15480.1877-0.0137-0.3826-0.0008-0.00910.00340.11180.0005-0.1458-0.18850.006-0.084834.22571.516264.6031
21.28-0.4294-0.16091.3813-0.20961.0479-0.203-0.1065-0.03490.43270.12560.1526-0.1257-0.12510.07740.23920.06350.0014-0.19180.0066-0.2054-0.34512.602876.8755
30.6546-0.4490.23751.2605-0.27071.4754-0.10320.04520.07840.16230.008-0.0573-0.36690.01990.09520.0718-0.0256-0.082-0.11530.0125-0.11068.839817.076135.5754
40.83990.2816-0.34541.30030.05611.0634-0.151-0.0534-0.15340.0023-0.0263-0.05540.26370.04120.17730.01280.00590.0332-0.09690.0299-0.063912.4604-16.90222.1431
50.9624-0.18790.39730.6895-0.04631.1228-0.1027-0.1304-0.02920.15320.076-0.0133-0.0446-0.04430.02670.03160.02960.0069-0.0926-0.0021-0.066-23.426638.075419.3102
60.90880.48040.19371.67260.05910.6636-0.06350.02360.1669-0.05230.02880.3875-0.08-0.07280.0347-0.05060.00740.0002-0.12290.00590.0282-48.275739.5496-7.9319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION10
2X-RAY DIFFRACTION20
3X-RAY DIFFRACTION30
4X-RAY DIFFRACTION40
5X-RAY DIFFRACTION50
6X-RAY DIFFRACTION60

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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