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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nnt | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of K170M Mutant of Type I 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella typhimurium LT2 in Non-Covalent Complex with Dehydroquinate. | ||||||
要素 | 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Insights into the mechanism of type I dehydroquinate dehydratases from structures of reaction intermediates. 著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Duban, M.E. / Caffrey, M. / Anderson, W.F. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nnt.cif.gz | 128.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nnt.ent.gz | 98.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nnt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nnt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30103.324 Da / 分子数: 2 / 変異: K170M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: aroD, STM1358 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P58687, 3-dehydroquinate dehydratase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.26 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3 詳細: Protein solution: 7.5 mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, 2mM 3-Dehydroquinic acid (DHR); Screen solution: Classics F9, 0.05M Potassium phosphate, 20%(w/v) PEG 8000., VAPOR ...詳細: Protein solution: 7.5 mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, 2mM 3-Dehydroquinic acid (DHR); Screen solution: Classics F9, 0.05M Potassium phosphate, 20%(w/v) PEG 8000., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日 / 詳細: Beryllium lenses |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 58590 / Num. obs: 58590 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 2852 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LB0 解像度: 1.6→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.754 / SU ML: 0.061 Isotropic thermal model: Atomic thermal factors individually refined 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.535 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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