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- PDB-3nnh: Crystal Structure of the CUGBP1 RRM1 with GUUGUUUUGUUU RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nnh
タイトルCrystal Structure of the CUGBP1 RRM1 with GUUGUUUUGUUU RNA
要素
  • CUGBP Elav-like family member 1
  • RNA (5'-R(*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA recognition motif / pre-mRNA splicing / RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


BRE binding / perinucleolar compartment / post-transcriptional gene silencing / mRNA splice site recognition / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / pre-mRNA binding / embryo development ending in birth or egg hatching / mRNA destabilization / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / germ cell development ...BRE binding / perinucleolar compartment / post-transcriptional gene silencing / mRNA splice site recognition / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / pre-mRNA binding / embryo development ending in birth or egg hatching / mRNA destabilization / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / germ cell development / regulation of RNA splicing / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / regulation of inflammatory response / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / positive regulation of gene expression / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CELF1/2, RNA recognition motif 2 / CELF1/2, RNA recognition motif 3 / CELF1/2, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...CELF1/2, RNA recognition motif 2 / CELF1/2, RNA recognition motif 3 / CELF1/2, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CUGBP Elav-like family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7501 Å
データ登録者Teplova, M. / Song, J. / Gaw, H. / Teplov, A. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural Insights into RNA Recognition by the Alternate-Splicing Regulator CUG-Binding Protein 1.
著者: Teplova, M. / Song, J. / Gaw, H.Y. / Teplov, A. / Patel, D.J.
履歴
登録2010年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CUGBP Elav-like family member 1
C: CUGBP Elav-like family member 1
E: RNA (5'-R(*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
B: CUGBP Elav-like family member 1
D: CUGBP Elav-like family member 1
F: RNA (5'-R(*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9316
ポリマ－47,9316
非ポリマー00
水52229
1
A: CUGBP Elav-like family member 1
C: CUGBP Elav-like family member 1
E: RNA (5'-R(*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9653
ポリマ－23,9653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11030 Å2
手法PISA
2
B: CUGBP Elav-like family member 1
D: CUGBP Elav-like family member 1
F: RNA (5'-R(*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9653
ポリマ－23,9653
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.180, 62.074, 122.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
CUGBP Elav-like family member 1 / CELF-1 / CUG-BP- and ETR-3-like factor 1 / Bruno-like protein 2 / RNA-binding protein BRUNOL-2 / ...CELF-1 / CUG-BP- and ETR-3-like factor 1 / Bruno-like protein 2 / RNA-binding protein BRUNOL-2 / CUG triplet repeat RNA-binding protein 1 / CUG-BP1 / Deadenylation factor CUG-BP / 50 kDa nuclear polyadenylated RNA-binding protein / Embryo deadenylation element-binding protein homolog / EDEN-BP homolog


分子量: 10109.561 Da / 分子数: 4 / 断片: RRM1 domain (UNP residues 14-100) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRUNOL2, CELF1, CUGBP, CUGBP1, NAB50 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q92879
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3746.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. all: 12400 / Num. obs: 12357 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 1213 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NMR

3nmr


解像度: 2.7501→19.596 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.27 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2628 1155 9.81 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
all0.1909 12357 --
obs0.1909 11775 96.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 17.165 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5135 Å20 Å20 Å2
2--0.5822 Å2-0 Å2
3---0.9286 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7501→19.596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2771 419 0 29 3219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0314544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7511270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7501-2.87490.29651440.20321233X-RAY DIFFRACTION92
2.8749-3.0260.34081460.20251239X-RAY DIFFRACTION93
3.026-3.21480.26511370.19411279X-RAY DIFFRACTION95
3.2148-3.46170.2561360.17931357X-RAY DIFFRACTION97
3.4617-3.80780.27441400.16771327X-RAY DIFFRACTION98
3.8078-4.35350.24281350.15761364X-RAY DIFFRACTION99
4.3535-5.46520.20681630.15531376X-RAY DIFFRACTION99
5.4652-19.59610.2771540.20041445X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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