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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nmi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the phenanthroline-modified cytochrome cb562 variant, MBP-Phen2 | ||||||
要素 | Soluble cytochrome b562 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / 4-helix-bundle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å | ||||||
データ登録者 | Radford, R.J. / Tezcan, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2011 タイトル: Porous protein frameworks with unsaturated metal centers in sterically encumbered coordination sites. 著者: Radford, R.J. / Lawrenz, M. / Nguyen, P.C. / McCammon, J.A. / Tezcan, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nmi.cif.gz | 147 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nmi.ent.gz | 118.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nmi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3nmi_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3nmi_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3nmi_validation.xml.gz | 32.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3nmi_validation.cif.gz | 42 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/3nmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/3nmi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11461.927 Da / 分子数: 6 / 変異: W59C, R62A, H63A, D66A, R98C, Y101C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7 #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-PXX / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8 M sodium acetate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9794 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.01→124.248 Å / Num. all: 65484 / Num. obs: 65484 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 17.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 43.57 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→43.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2342 / WRfactor Rwork: 0.1965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.838 / SU B: 3.697 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.1535 / SU Rfree: 0.1459 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.93 Å2 / Biso mean: 31.1747 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→43.05 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20
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