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Yorodumi- PDB-3foo: A Triangular Cytochrome b562 Superstructure Mediated by Ni Coordi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3foo | ||||||
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Title | A Triangular Cytochrome b562 Superstructure Mediated by Ni Coordination - Monoclinic Form | ||||||
Components | Soluble cytochrome b562 | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / Four Helix Bundle / Heme / Iron / Metal-binding / Transport | ||||||
Function / homology | Function and homology information electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Radford, R.J. / Tezcan, F.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2009 Title: A superprotein triangle driven by nickel(II) coordination: exploiting non-natural metal ligands in protein self-assembly Authors: Radford, R.J. / Tezcan, F.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3foo.cif.gz | 267.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3foo.ent.gz | 221.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3foo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3foo_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3foo_full_validation.pdf.gz | 4.3 MB | Display | |
Data in XML | 3foo_validation.xml.gz | 54 KB | Display | |
Data in CIF | 3foo_validation.cif.gz | 66.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3fopC 2qlaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106
|
-Components
#1: Protein | Mass: 11537.963 Da / Num. of mol.: 12 / Mutation: K59C, R62A, H63A, K77H, R98C, Y101C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: cybC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0ABE7 #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-PXX / #4: Chemical | ChemComp-NI / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 25% PEG2000, 0.2 M NaCl, 0.1 M TRIS, 3.3 mM NiCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-1 / Wavelength: 0.97607 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 4, 2008 Details: Vertical focusing mirror; single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing) |
Radiation | Monochromator: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal; asymmetric cut 12.2 degs. Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97607 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→98.533 Å / Num. all: 56311 / Num. obs: 55485 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 6.464 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 21402 / Num. unique all: 8079 / Rsym value: 0.552 / % possible all: 97 |
-Processing
Software |
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Refinement | Starting model: PDB entry 2QLA Resolution: 2.4→98.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.817 / SU B: 18.152 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.303 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.47 Å2 / Biso mean: 41.455 Å2 / Biso min: 14.49 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→98.53 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 804 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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