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万見
- PDB-3nl1: Crystal Structure of Salicylate 1,2-dioxygenase from Pseudoaminob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nl1
タイトルCrystal Structure of Salicylate 1,2-dioxygenase from Pseudoaminobacter salicylatoxidans Adducts with gentisate
要素Gentisate 1,2-Dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA-SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2,5-dihydroxybenzoic acid / Gentisate 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudaminobacter salicylatoxidans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.155 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Briganti, F. / Matera, I.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of salicylate 1,2-dioxygenase-substrates adducts: A step towards the comprehension of the structural basis for substrate selection in class III ring cleaving dioxygenases.
著者: Ferraroni, M. / Matera, I. / Steimer, L. / Burger, S. / Scozzafava, A. / Stolz, A. / Briganti, F.
履歴
登録2010年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gentisate 1,2-Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5395
ポリマ－41,1441
非ポリマー3944
水6,377354
1
A: Gentisate 1,2-Dioxygenase
ヘテロ分子

A: Gentisate 1,2-Dioxygenase
ヘテロ分子

A: Gentisate 1,2-Dioxygenase
ヘテロ分子

A: Gentisate 1,2-Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,15420
ポリマ－164,5784
非ポリマー1,57716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area26520 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area50020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.580, 86.970, 166.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-468-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Gentisate 1,2-Dioxygenase


分子量: 41144.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudaminobacter salicylatoxidans (バクテリア)
株: BN12 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q67FT0, gentisate 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-GTQ / 2,5-dihydroxybenzoic acid / 2,5-ジヒドロキシ安息香酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 8% PEG10000, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月16日
放射モノクロメーター: Si (111), horizontally focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.155→83.39 Å / Num. all: 29532 / Num. obs: 29532 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 30.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.155-2.273.80.3072.51565841340.30794.4
2.27-2.414.20.2413.21735941110.24198.6
2.41-2.584.30.19421630938360.19498.7
2.58-2.784.20.1355.81520335780.13598.4
2.78-3.054.30.0948.31418433180.09498.1
3.05-3.414.30.05314.81268029750.05397.7
3.41-3.934.30.03422.31130526410.03497.3
3.93-4.824.30.02330.3962522550.02397
4.82-6.814.20.02329.7729817330.02396.4
6.81-19.983.70.0286.635089510.02891.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.155→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.1907 / WRfactor Rwork: 0.1443 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8742 / SU B: 3.811 / SU ML: 0.099 / SU R Cruickshank DPI: 0.1673 / SU Rfree: 0.1606 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1489 5.1 %RANDOM
Rwork0.1614 ---
obs0.1639 29437 96.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.93 Å2 / Biso mean: 31.1097 Å2 / Biso min: 17.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20 Å2
2--1.26 Å20 Å2
3----1.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.155→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2866 0 24 354 3244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.954060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.445369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19723.262141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67115464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7771525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7231.51826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3422943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36531158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7154.51115
LS精密化 シェル解像度: 2.155→2.211 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 109 -
Rwork0.251 1862 -
all-1971 -
obs--89.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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