ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SBC-Collect | | データ収集 | HKL-3000 | | データ収集 | HKL-3000 | | 位相決定 | SHELXS | | 位相決定 | MLPHARE | | 位相決定 | RESOLVE | | モデル構築 | SOLVE | | 位相決定 | BUCCANEER | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.6_289)精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | RESOLVE | | 位相決定 | BUCCANEER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.502→46.655 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.189 | 1676 | 5.05 % | random |
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Rwork | 0.156 | - | - | - |
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all | 0.158 | 33166 | - | - |
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obs | 0.158 | 33166 | 99.65 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.775 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 58.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -5.0566 Å2 | 0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 16.2762 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -11.2195 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.502→46.655 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3586 | 0 | 64 | 188 | 3838 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.012 | 3890 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.403 | 5240 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d19.715 | 1470 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.095 | 560 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 677 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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2.5016-2.591 | 0.3158 | 148 | 0.2384 | 3004 | 3152 | 97 | 2.591-2.6947 | 0.2466 | 148 | 0.2016 | 3134 | 3282 | 100 | 2.6947-2.8173 | 0.2103 | 166 | 0.1751 | 3101 | 3267 | 100 | 2.8173-2.9658 | 0.2138 | 183 | 0.1658 | 3104 | 3287 | 100 | 2.9658-3.1516 | 0.2003 | 160 | 0.164 | 3135 | 3295 | 100 | 3.1516-3.3949 | 0.2 | 180 | 0.1538 | 3141 | 3321 | 100 | 3.3949-3.7364 | 0.1596 | 168 | 0.1311 | 3137 | 3305 | 100 | 3.7364-4.2767 | 0.1403 | 160 | 0.1122 | 3189 | 3349 | 100 | 4.2767-5.387 | 0.1546 | 169 | 0.1243 | 3215 | 3384 | 100 | 5.387-46.6629 | 0.1968 | 194 | 0.1749 | 3330 | 3524 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.0232 | 0.7101 | -1.1952 | 1.1023 | -1.5739 | 1.7662 | 0.0763 | -0.1266 | -0.0096 | 0.1664 | -0.0451 | -0.023 | -0.068 | -0.0588 | -0.0352 | 0.3396 | -0.034 | 0.0085 | 0.3896 | 0.0859 | 0.264 | -0.4165 | 5.1414 | 30.6444 | 2 | 0.463 | 0.2524 | -0.0873 | 0.6193 | -0.1684 | 0.8311 | -0.0217 | 0.1431 | 0.0306 | -0.0407 | -0.0125 | 0.009 | -0.0247 | -0.0638 | 0.0343 | 0.1061 | -0.0133 | -0 | 0.1985 | 0.0179 | 0.1255 | -21.5502 | -18.797 | 64.3342 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B | |
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