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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nkc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AqpZ F43W,H174G,T183F | ||||||
要素 | Aquaporin Z | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / aquaporin / integral membrane protein / selectivity filter mutants | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Savage, D.F. / O'Connell III, J.D. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Structural context shapes the aquaporin selectivity filter. 著者: Savage, D.F. / O'Connell, J.D. / Miercke, L.J. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nkc.cif.gz | 184.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nkc.ent.gz | 148 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nkc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/3nkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/3nkc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 228 / Label seq-ID: 4 - 231
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詳細 | The biological assembly is a tetramer, which can be generated from either chain using the crystallographic 4-fold axis |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24017.977 Da / 分子数: 2 / 変異: F43W,H173G,T183F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: aqpZ, b0875, bniP, JW0859 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P60844 #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.54 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25-30% PEG 2000 100 mM sodium cacodylate 50-100 mM MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97949 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月15日 / 詳細: monochrometer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Khozu double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→92.892 Å / Num. all: 10963 / Num. obs: 10963 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 10.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2O9F 解像度: 3.1→19.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.186 / WRfactor Rwork: 0.1717 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8705 / SU B: 39.145 / SU ML: 0.299 / SU R Cruickshank DPI: 0.3801 / SU Rfree: 0.4185 / Isotropic thermal model: restrained individual with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.49 Å2 / Biso mean: 67.397 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.67 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2739 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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