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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nka | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AqpZ H174G,T183F | ||||||
![]() | Aquaporin Z | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / aquaporin / integral membrane protein / selectivity filter mutants | ||||||
機能・相同性 | ![]() intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Savage, D.F. / O'Connell III, J.D. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural context shapes the aquaporin selectivity filter. 著者: Savage, D.F. / O'Connell, J.D. / Miercke, L.J. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 149.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 228 / Label seq-ID: 4 - 231
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23978.941 Da / 分子数: 2 / 断片: chains A and B / 変異: H174G, T183F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-BOG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.27 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25-30% PEG 2000 100 mM sodium cacodylate 50-100 mM MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月15日 / 詳細: monochrometer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Khozu double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→92.848 Å / Num. all: 21743 / Num. obs: 21743 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 17.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2O9F 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.2091 / WRfactor Rwork: 0.1746 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8818 / SU B: 16.579 / SU ML: 0.168 / SU R Cruickshank DPI: 0.3571 / SU Rfree: 0.2375 Isotropic thermal model: restrained atomic B-factors with TLS 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.81 Å2 / Biso mean: 55.675 Å2 / Biso min: 2.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2735 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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