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- PDB-3njt: Crystal structure of the R450A mutant of the membrane protein FhaC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3njt
タイトルCrystal structure of the R450A mutant of the membrane protein FhaC
要素Filamentous hemagglutinin transporter protein fhaC
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Membrane protein (膜タンパク質) / beta barrel (Βバレル) / Omp85/TpsB transporter family
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / protein transport
類似検索 - 分子機能
Two partner secretion pathway transporter / ShlB, POTRA domain / POTRA domain / Haemolysin activator HlyB, C-terminal / Haemolysin secretion/activation protein ShlB/FhaC/HecB / Polypeptide-transport-associated, ShlB-type / POTRA domain, ShlB-type / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / POTRA domain ...Two partner secretion pathway transporter / ShlB, POTRA domain / POTRA domain / Haemolysin activator HlyB, C-terminal / Haemolysin secretion/activation protein ShlB/FhaC/HecB / Polypeptide-transport-associated, ShlB-type / POTRA domain, ShlB-type / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / POTRA domain / POTRA domain profile. / ポリン (タンパク質) / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Βバレル / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Clantin, B. / Delattre, A.S. / Jacob-Dubuisson, F. / Villeret, V.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2010
タイトル: Functional importance of a conserved sequence motif in FhaC, a prototypic member of the TpsB/Omp85 superfamily.
著者: Delattre, A.S. / Clantin, B. / Saint, N. / Locht, C. / Villeret, V. / Jacob-Dubuisson, F.
履歴
登録2010年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Filamentous hemagglutinin transporter protein fhaC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5981
ポリマ－62,5981
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.550, 139.390, 113.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Filamentous hemagglutinin transporter protein fhaC / TpsB transporter


分子量: 62598.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-584 / 変異: R450A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 株: Tohama 1 / 遺伝子: fhaC, BP1884 / プラスミド: pFJD118-R450A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 OMP5 / 参照: UniProt: P35077

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 1000, 1% B-octyl-glucoside, 500 mM imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→48.6 Å / Num. obs: 11007 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2GDZ

2gdz


解像度: 3.5→48.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 5589898 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.38 1113 10.1 %RANDOM
Rwork0.35 ---
obs0.35 11007 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 106.488 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 105.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-39.04 Å20 Å20 Å2
2---21.59 Å20 Å2
3----17.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.53 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.94 Å1.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3514 0 0 0 3514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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