PDB-2a0u: Crystal structure of the eukaryotic initiation factor 2B from Lei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a0u

タイトル

Crystal structure of the eukaryotic initiation factor 2B from Leishmania major at 2.1 A resolution

要素

initiation factor 2B

キーワード

TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / SGPP /

Structural GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI /

PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE /

EUKARYOTIC INITIATION FACTOR (真核生物の翻訳開始因子) /

LEISHMANIA (リーシュマニア) / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase /

S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine /

細胞核 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the eukaryotic initiation factor 2B from Leishmania major at 2.1 A resolution
著者: Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

履歴

登録	2005年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

Remark 600

HETEROGEN SO4 401 to 405 are associated with protein chain A SO4 406 to 410 are associated with ...

Remark 999

SEQUENCE The sequence of this protein is available at GeneDB database with LmjF36.4930 id.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a0u.cif.gz	153.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a0u.ent.gz	128.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/2a0u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3n1y-d 5ca7-d 5ijq-d 3njt-d 3dhg-1 5cj7-d 6h54-d 4uw2-1 5dlt-d 2zuc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Lmaj006238AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: initiation factor 2B

B: initiation factor 2B

ヘテロ分子

84.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.733, 164.569, 172.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B
9	1	A
10	1	B
11	1	A
12	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	VAL	A	A	17 - 76	17 - 76
2	1	THR	VAL	B	B	17 - 76	17 - 76
3	2	VAL	ASP	A	A	104 - 120	104 - 120
4	2	VAL	ASP	B	B	104 - 120	104 - 120
5	3	ALA	ARG	A	A	138 - 161	138 - 161
6	3	ALA	ARG	B	B	138 - 161	138 - 161
7	4	ARG	ASP	A	A	176 - 208	176 - 208
8	4	ARG	ASP	B	B	176 - 208	176 - 208
9	5	LEU	LEU	A	A	211 - 326	211 - 326
10	5	LEU	LEU	B	B	211 - 326	211 - 326
11	6	VAL	GLY	A	A	332 - 356	332 - 356
12	6	VAL	GLY	B	B	332 - 356	332 - 356

#1: タンパク質	initiation factor 2B 分子量: 41822.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: CHR36_tmp.296 / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: Q4Q0R9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.1 M Sodium thiosulfate pentahydrate,0.1 M MOPS 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979359 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979359 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→15.3 Å / Num. obs: 34856 / % possible obs: 85.41 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.901 Å² / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.213 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 3699 / R_sym value: 0.628 / % possible all: 63.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→15.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 12.09 / SU ML: 0.168 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.355 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The following regions have weak density due to flexible loops or N-terminal disorder: Chain A ALA 10 - THR 17, Chain A LEU 87 - GLU 92, Chain A THR 131 - ALA 133, Chain A LEU 326 - VAL 327, ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26378	1851	5 %	RANDOM
R_work	0.21392	-	-	-
all	0.21631	-	-	-
obs	0.21631	34856	85.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→15.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5598	0	50	308	5956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	5741
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.989	1.971	7821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.725	5	743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.928	24.261	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.705	15	957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.599	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.166	0.2	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.288	0.2	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.088	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.08	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.681	4	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.05	6	5959
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.026	6	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.561	10	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1101	tight positional	0.03	0.05
1007	medium positional	0.26	0.5
1101	tight thermal	0.02	0.5
1007	medium thermal	0.17	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.213 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	225	-
R_work	0.295	3699	-
obs	-	-	63.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	42.9752	-20.4392	-3.2878	42.7872	35.9532	36.0173	-2.5211	-2.0212	-0.3027	-0.6126	-0.2111	1.6028	-2.0618	0.0568	2.7323	-0.0022	0.0508	-0.0064	0.0007	-0.0254	0.0042	81.2236	2.9268	23.423
2	13.0239	3.8337	2.7175	1.1498	0.4773	5.456	0.217	0.3309	-0.7903	-0.0954	-0.0876	-0.1256	0.1328	0.1239	-0.1294	-0.1046	-0.0554	0.0736	-0.1033	-0.1023	0.0461	76.4945	9.391	11.8711
3	1.0322	-0.4271	-0.334	0.4868	0.0775	1.5766	0.1353	0.3582	0.1782	0.0035	0.0483	0.0754	-0.3299	0.3376	-0.1836	-0.0419	-0.1708	0.0569	0.0789	-0.0631	-0.016	82.8309	22.4747	8.422
4	3.8156	0.4661	-3.3861	0.2075	-0.4831	5.1908	-0.0999	-0.4419	-0.2926	0.1201	0.0752	-0.2447	0.1233	0.8821	0.0247	-0.1588	-0.1512	-0.0183	0.1009	-0.1062	-0.0562	85.2766	18.7723	25.6938
5	1.3474	0.0292	-0.2584	0.668	-0.0277	1.0972	0.1336	-0.0535	-0.0195	-0.0012	-0.0053	0.043	-0.2074	0.1014	-0.1283	-0.046	-0.1047	0.0364	-0.1311	-0.0285	-0.0343	64.9374	18.7901	27.3774
6	19.418	3.3387	-14.0774	37.3707	-0.956	24.5704	-1.2092	0.0001	-0.1676	-0.0846	0.6692	-1.8619	1.5146	0.6972	0.54	-0.0348	0.0818	0.0364	-0.0446	-0.0191	0.0547	54.0076	15.6625	4.6096
7	2.6461	0.427	0.8186	0.1867	-0.278	1.6807	0.1658	0.0485	0.2754	0.0469	-0.0521	0.0297	-0.5566	0.3828	-0.1137	0.0697	-0.1529	0.0716	-0.1504	-0.0716	0.0002	67.4388	29.7265	28.5904
8	14.3303	2.3789	0.3811	1.703	1.4198	1.8045	-0.3784	0.7204	0.3571	-0.2887	0.3405	-0.2311	-0.1993	-0.2072	0.0379	-0.035	0.0218	0.0509	0.0358	0.0518	-0.0918	29.6663	15.9345	6.9056
9	1.4473	0.4504	1.0329	1.0676	0.5126	2.3803	0.1197	-0.1882	-0.1253	0.0075	-0.012	-0.0421	0.081	-0.4418	-0.1077	-0.0949	-0.0052	0.0365	0.0848	0.0838	-0.0195	23.0089	7.5853	17.2493
10	2.5904	3.1066	1.1583	4.7028	1.3765	1.149	-0.0193	-0.2088	0.674	-0.402	-0.145	0.488	-0.5454	-0.7703	0.1643	-0.1099	0.2153	0.0966	0.1796	0.0415	-0.0236	20.5261	24.834	20.5326
11	1.0804	-0.0316	0.1391	0.3529	0.1062	0.8278	0.1173	0.0115	0.176	-0.0347	-0.0255	0.0408	-0.2781	-0.1746	-0.0918	0.0144	0.0449	0.11	-0.0895	0.0181	0.0267	40.7478	26.6378	21.8105
12	43.8026	11.4312	18.7253	12.4977	0.6429	41.3677	-0.2775	2.1032	0.4421	-1.5591	0.3592	0.085	0.4137	-0.4962	-0.0816	0.0193	-0.0736	0.0606	-0.141	-0.0677	0.0213	51.2019	5.9263	11.025
13	0.936	-0.1271	-0.5207	0.4355	0.1424	0.761	0.2252	-0.098	0.0144	0.0767	-0.1124	0.1148	-0.1429	-0.2709	-0.1129	-0.0147	-0.0016	0.114	0.0131	-0.0343	-0.0358	38.0042	23.6274	32.317

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 16	10 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	17 - 38	17 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	39 - 119	39 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	120 - 178	120 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	179 - 323	179 - 323
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	324 - 332	324 - 332
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	333 - 383	333 - 383
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	17 - 38	17 - 38
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	39 - 119	39 - 119
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	120 - 178	120 - 178
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	179 - 323	179 - 323
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	324 - 332	324 - 332
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	333 - 383	333 - 383

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)