PDB-3njo: X-ray crystal structure of the Pyr1-pyrabactin A complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3njo

タイトル

X-ray crystal structure of the Pyr1-pyrabactin A complex

要素

Abscisic acid receptor PYR1

キーワード

HORMONE RECEPTOR / START / ABA / PYR/PYL/RCAR / plant hormone / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.473 Å

データ登録者

Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R. / Jensen, D.R. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for selective activation of ABA receptors.
著者: Peterson, F.C. / Burgie, E.S. / Park, S.Y. / Jensen, D.R. / Weiner, J.J. / Bingman, C.A. / Chang, C.E. / Cutler, S.R. / Phillips, G.N. / Volkman, B.F.

履歴

登録	2010年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2021年10月6日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3njo.cif.gz	232.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3njo.ent.gz	186.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3njo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3njo_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3njo_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	3njo_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	3njo_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/3njo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/3njo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nj0C 3nj1C 3jrsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3k3k-d 3k90-3 3h1v-d 3bc3-d 1v4s-d 4dra-2 5gx7-2 7c6j-1 4ixc-d 4ndy-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.20814

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYR1

B: Abscisic acid receptor PYR1

C: Abscisic acid receptor PYR1

ヘテロ分子

66.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Abscisic acid receptor PYR1

B: Abscisic acid receptor PYR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Abscisic acid receptor PYR1

ヘテロ分子

C: Abscisic acid receptor PYR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.307, 60.307, 527.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-211- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYR1 / Protein PYRABACTIN RESISTANCE 1 / ABI1-binding protein 6 / Regulatory components of ABA receptor 11 分子量: 21875.486 Da / 分子数: 3 / 変異: P88S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 株: Columbia / 遺伝子: ABIP6, At4g17870, PYR1, RCAR11, T6K21.50 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O49686

#1: タンパク質

Abscisic acid receptor PYR1 / Protein PYRABACTIN RESISTANCE 1 / ABI1-binding protein 6 / Regulatory components of ABA receptor 11

分子量: 21875.486 Da / 分子数: 3 / 変異: P88S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Columbia / 遺伝子: ABIP6, At4g17870, PYR1, RCAR11, T6K21.50 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O49686

-
非ポリマー , 6種, 75分子

#2: 化合物	ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin / ピラバクチン分子量: 377.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃BrN₂O₂S / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-P2M / N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide 分子量: 298.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₄N₂O₂S
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein solution 100 nl- 20 mM NaCl, 2 mM DTT 20 mM Tris, pH 7.6, Precipitant solution 100 nl- 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM BisTris, pH 5.5, Cryoprotectant- Fomblin 06/6, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein solution 100 nl- 20 mM NaCl, 2 mM DTT 20 mM Tris, pH 7.6, Precipitant solution 100 nl- 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM BisTris, pH 5.5, Cryoprotectant- Fomblin 06/6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein solution 100 nl- 20 mM NaCl, 2 mM DTT 20 mM Tris, pH 7.6, Precipitant solution 100 nl- 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM BisTris, pH 5.5, Cryoprotectant- Fomblin 06/6, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0781 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0781 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.4 % / Av σ(I) over netI: 13.62 / 数: 113045 / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 0.93 / D res high: 2.47 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 21108 / % possible obs: 95.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.7	50	87.8	1	0.032	0.783	4.4
5.32	6.7	88.7	1	0.04	0.899	4.7
4.65	5.32	90.6	1	0.036	0.896	4.8
4.22	4.65	92.9	1	0.042	0.879	5
3.92	4.22	93.5	1	0.052	0.912	5.1
3.69	3.92	93	1	0.08	0.73	4.8
3.5	3.69	88.8	1	0.128	0.835	4.4
3.35	3.5	96.5	1	0.099	0.683	5.2
3.22	3.35	97.6	1	0.107	0.947	5.5
3.11	3.22	99.1	1	0.127	0.963	5.7
3.01	3.11	97.6	1	0.136	1.017	5.9
2.93	3.01	99.5	1	0.163	1.04	6
2.85	2.93	97.7	1	0.217	1.01	6.2
2.78	2.85	99.7	1	0.263	1.041	6.2
2.72	2.78	97.7	1	0.332	1.035	6.2
2.66	2.72	99.4	1	0.395	0.915	6
2.61	2.66	99.5	1	0.466	0.852	5.8
2.56	2.61	98.5	1	0.527	1.03	5.5
2.51	2.56	99.3	1	0.566	0.974	5.2
2.47	2.51	93.1	1	0.509	0.97	4.4

反射

解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 21108 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 0.929 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.47-2.51	4.4	0.509	1018	0.97	93.1
2.51-2.56	5.2	0.566	1016	0.974	99.3
2.56-2.61	5.5	0.527	1073	1.03	98.5
2.61-2.66	5.8	0.466	1029	0.852	99.5
2.66-2.72	6	0.395	1069	0.915	99.4
2.72-2.78	6.2	0.332	1038	1.035	97.7
2.78-2.85	6.2	0.263	1086	1.041	99.7
2.85-2.93	6.2	0.217	1024	1.01	97.7
2.93-3.01	6	0.163	1108	1.04	99.5
3.01-3.11	5.9	0.136	1026	1.017	97.6
3.11-3.22	5.7	0.127	1061	0.963	99.1
3.22-3.35	5.5	0.107	1100	0.947	97.6
3.35-3.5	5.2	0.099	1036	0.683	96.5
3.5-3.69	4.4	0.128	970	0.835	88.8
3.69-3.92	4.8	0.08	1027	0.73	93
3.92-4.22	5.1	0.052	1050	0.912	93.5
4.22-4.65	5	0.042	1065	0.879	92.9
4.65-5.32	4.8	0.036	1046	0.896	90.6
5.32-6.7	4.7	0.04	1069	0.899	88.7
6.7-50	4.4	0.032	1197	0.783	87.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3JRS, subunit A only

3jrs

解像度: 2.473→32.046 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 25.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2654	1882	9.55 %	random
R_work	0.2218	-	-	-
obs	0.226	19707	89.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.552 Å² / k_sol: 0.349 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 195.49 Å² / B_iso mean: 54.958 Å² / B_iso min: 2.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.6398 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.6398 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.2797 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.473→32.046 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4156	0	77	68	4301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.026	4403
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.572	5968
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.13	667
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.951	1615

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.473-2.5399	0.3577	121	0.2951	1167	1288	78
2.5399-2.6146	0.348	131	0.266	1257	1388	84
2.6146-2.6989	0.3403	136	0.2783	1253	1389	88
2.6989-2.7953	0.3256	144	0.2528	1347	1491	90
2.7953-2.9072	0.3139	147	0.2445	1381	1528	93
2.9072-3.0394	0.2802	150	0.2223	1416	1566	95
3.0394-3.1995	0.2742	151	0.227	1443	1594	96
3.1995-3.3997	0.2739	151	0.2211	1426	1577	95
3.3997-3.6619	0.2391	140	0.2058	1325	1465	89
3.6619-4.0298	0.2468	145	0.199	1384	1529	88
4.0298-4.6114	0.1903	153	0.1598	1433	1586	93
4.6114-5.8043	0.2248	148	0.1884	1426	1574	89
5.8043-32.0491	0.2755	165	0.2528	1567	1732	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8986	-0.1235	0.2784	1.628	-0.8448	3.1237	0.1283	0.2237	-0.0057	0.1889	0.0471	-0.08	-0.042	0.1539	-0.1324	0.132	0.0258	-0.0083	0.2115	-0.0226	0.0922	10.8608	-15.1199	14.2856
2	1.6715	-0.2208	-0.748	1.1209	0.2119	4.0367	0.005	0.0526	0.0226	0.0513	-0.0566	0.0039	0.1202	-0.4707	0.0558	0.076	-0.1026	0.0238	0.2893	-0.0205	0.0987	-16.3765	-3.6302	15.0198
3	1.4471	-0.1718	-0.1918	1.8266	0.0296	4.6723	0.0153	-0.0761	0.0474	-0.0118	0.024	-0.1244	0.1398	0.1307	-0.0243	0.0504	0.0576	0.0242	0.13	0.0034	0.1109	16.6913	-7.246	45.0031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:300)	A	6 - 300
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 4:300)	B	4 - 300
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 3:300)	C	3 - 300

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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