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- PDB-3nje: Structure of the Minor Pseudopilin XcpW from the Pseudomonas aeru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nje
タイトルStructure of the Minor Pseudopilin XcpW from the Pseudomonas aeruginosa Type II Secretion System
要素General secretion pathway protein J
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type II secretion / Pseudopilin / minor pilin / pilin fold / secretion / XcpU / XcpV / XcpX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspJ / Type II secretion system (T2SS), protein J / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Franz, L.P. / Dyer, D.H. / Voulhoux, R. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of the minor pseudopilin XcpW from the Pseudomonas aeruginosa type II secretion system.
著者: Franz, L.P. / Douzi, B. / Durand, E. / Dyer, D.H. / Voulhoux, R. / Forest, K.T.
履歴
登録2010年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein J
B: General secretion pathway protein J


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4042
ポリマ－48,4042
非ポリマー00
水3,477193
1
A: General secretion pathway protein J


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2021
ポリマ－24,2021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: General secretion pathway protein J


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2021
ポリマ－24,2021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.718, 82.911, 57.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 General secretion pathway protein J / PilD-dependent protein pddD / xcpW


分子量: 24201.885 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: xcpW, pddD / プラスミド: pETG-20A-WJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q00517
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 15mM KCl, 7.5% PEG 8000, 0.1M ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 30798 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 35.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1550 / Rsym value: 0.351 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3CI0

3ci0


解像度: 1.85→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.111 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 1545 5 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
obs0.19631 29187 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.937 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å20 Å2-0.07 Å2
2--1.79 Å20 Å2
3----0.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.136 Å0.147 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2668 0 0 193 2861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212729
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.241.9463688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3015319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.57422.658158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55615492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6481542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7281.51590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36722552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92631139
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.214.51135
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 89 -
Rwork0.224 2161 -
obs--98.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.5784-9.5622-4.967610.9782.69633.0545-0.0691-0.1906-0.66750.1119-0.12080.26890.39920.0430.18990.2161-0.0091-0.02770.02920.02360.095634.05841.602826.5814
28.6766-3.13250.05353.61890.47192.8816-0.01960.1564-0.36430.1133-0.18470.35620.1752-0.23190.20440.0372-0.02860.02990.033-0.0280.06816.293414.815929.4628
30.2152-0.6661-0.78382.19272.35613.33080.0141-0.00990.04810.1152-0.0438-0.0904-0.17090.13180.02980.1969-0.0372-0.00920.1317-0.0540.180418.768829.908237.9579
48.45480.4929-2.49514.0872-0.55826.5016-0.2021-0.4885-0.0650.0149-0.0203-0.08290.01260.30920.22250.01380.016-0.0020.0523-0.01290.037622.62120.997932.6604
52.6696-0.5198-0.01031.81990.45912.312-0.0916-0.24930.16250.09680.07940.0506-0.13640.00360.01220.02180.00230.00660.0477-0.01880.05324.645320.967531.6684
63.8998-0.8409-0.22951.18280.47751.95720.01740.24140.0769-0.0281-0.04040.0695-0.0762-0.13770.0230.0101-0.0006-0.0010.0378-0.01030.042520.153420.120323.3226
716.3802-3.3338-12.740519.35446.117820.7927-0.36731.2752-1.2013-0.9734-0.3875-1.50811.09331.18210.75480.33380.12340.07220.6036-0.01660.362534.426337.74737.2192
82.8196-0.0657-0.39271.93310.52943.2021-0.0074-0.1896-0.15510.2026-0.00320.03730.2308-0.21260.01070.0617-0.0476-0.01020.0690.02350.029317.135242.843956.3234
91.2879-0.8633-0.26251.10920.75671.62360.0367-0.2104-0.31440.1547-0.07660.05130.3316-0.06940.03990.1636-0.0714-0.01720.16820.10130.190620.644937.917456.0567
104.35070.9831-1.11761.5072-0.22111.8537-0.07830.035-0.3139-0.06680.0717-0.25480.31240.18610.00660.06730.0138-0.01730.10040.02170.084833.663443.030348.8311
112.68690.7697-1.18991.4435-1.20245.68260.1209-0.06070.41660.17610.01450.1377-0.5289-0.4754-0.13540.05580.03130.02020.0823-0.02960.072516.572156.938858.0831
127.48680.0035-1.97650.5265-0.30841.86420.00690.26340.0556-0.1144-0.020.00240.118-0.07060.01310.0281-0.00290.0010.08030.01660.019223.123249.990145.8013
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A41 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4A84 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5A110 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6A167 - 206
7X-RAY DIFFRACTION7B43 - 50
8X-RAY DIFFRACTION8B51 - 80
9X-RAY DIFFRACTION9B81 - 138
10X-RAY DIFFRACTION10B139 - 149
11X-RAY DIFFRACTION11B150 - 179
12X-RAY DIFFRACTION12B180 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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