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- PDB-3nja: The crystal structure of the PAS domain of a GGDEF family protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nja
タイトルThe crystal structure of the PAS domain of a GGDEF family protein from Chromobacterium violaceum ATCC 12472.
要素Probable GGDEF family protein
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Complement Module; domain 1 - #100 / : / PAS fold-4 / PAS fold / PAS fold-3 / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Complement Module; domain 1 / GGDEF domain profile. ...Complement Module; domain 1 - #100 / : / PAS fold-4 / PAS fold / PAS fold-3 / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Complement Module; domain 1 / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS domain / PAS domain superfamily / Ribbon / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable GGDEF family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.368 Å
データ登録者Tan, K. / Wu, R. / Feldmann, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the PAS domain of a GGDEF family protein from Chromobacterium violaceum ATCC 12472.
著者: Tan, K. / Wu, R. / Feldmann, B. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable GGDEF family protein
B: Probable GGDEF family protein
C: Probable GGDEF family protein
D: Probable GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,01412
ポリマ－58,3824
非ポリマー6318
水37821
1
A: Probable GGDEF family protein
B: Probable GGDEF family protein
ヘテロ分子

A: Probable GGDEF family protein
B: Probable GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,94310
ポリマ－58,3824
非ポリマー5616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area14490 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
2
A: Probable GGDEF family protein
B: Probable GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4715
ポリマ－29,1912
非ポリマー2803
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
3
C: Probable GGDEF family protein
D: Probable GGDEF family protein
ヘテロ分子

C: Probable GGDEF family protein
D: Probable GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,08514
ポリマ－58,3824
非ポリマー70210
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area15200 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
4
C: Probable GGDEF family protein
D: Probable GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5427
ポリマ－29,1912
非ポリマー3515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.570, 65.527, 123.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-124-

CL

21D-125-

CL

詳細Experimentally unknown. The chains A and B, C and D may form dimers respectively.

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要素

#1: タンパク質
Probable GGDEF family protein


分子量: 14595.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: ATCC 12472 / 遺伝子: CV_1582 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7NXP4
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris, 25% w/v PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.368→36 Å / Num. all: 20512 / Num. obs: 20512 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1016 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.368→36 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2958 978 5.18 %random
Rwork0.2073 ---
all0.2118 18876 --
obs0.2118 18876 91.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.964 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.1323 Å20 Å2-0 Å2
2--11.9282 Å20 Å2
3----20.0604 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.368→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3516 0 36 21 3573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0664978
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2291362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004669
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3682-2.4930.36711160.30752121X-RAY DIFFRACTION77
2.493-2.64920.43221340.2732287X-RAY DIFFRACTION83
2.6492-2.85370.34861260.25742463X-RAY DIFFRACTION89
2.8537-3.14070.44431490.24712594X-RAY DIFFRACTION94
3.1407-3.59480.30281620.22172720X-RAY DIFFRACTION98
3.5948-4.52770.27211480.17592800X-RAY DIFFRACTION99
4.5277-36.08730.21561430.17072913X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58920.01940.41250.3641.01792.98060.23490.1409-0.0306-0.0173-0.24620.0150.0791-0.15460.00380.3702-0.0157-0.010.2669-0.02340.20557.449360.819621.8337
20.4420.05860.10010.5973-0.22772.706-0.40110.26260.0275-0.15710.2496-0.0124-0.0021-0.25140.09620.2792-0.1094-0.04180.34920.00490.212128.128141.103838.3716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain B
2X-RAY DIFFRACTION2chain C or chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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