PDB-3nj0: X-ray crystal structure of the PYL2-pyrabactin A complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nj0

タイトル

X-ray crystal structure of the PYL2-pyrabactin A complex

要素

Abscisic acid receptor PYL2

キーワード

HORMONE RECEPTOR / START / ABA / PYR/PYL/RCAR / plant hormone / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Peterson, F.C. / Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Volkman, B.F. / Phillips Jr., G.N. / Cutler, S.R. / Jensen, D.R. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for selective activation of ABA receptors.
著者: Peterson, F.C. / Burgie, E.S. / Park, S.Y. / Jensen, D.R. / Weiner, J.J. / Bingman, C.A. / Chang, C.E. / Cutler, S.R. / Phillips, G.N. / Volkman, B.F.

履歴

登録	2010年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nj0.cif.gz	242 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nj0.ent.gz	198.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nj0_validation.pdf.gz	483.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nj0_full_validation.pdf.gz	499.8 KB	表示
XML形式データ	3nj0_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	3nj0_validation.cif.gz	1.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/3nj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/3nj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nj1C 3njoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kaz-1 3nmh-2 3kaz-2 3kl1-d 3k90-2 3nj1-1 3nr4-1 3kdi-1 3nmh-1 2bjr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.10139

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYL2

B: Abscisic acid receptor PYL2

C: Abscisic acid receptor PYL2

ヘテロ分子

66.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Abscisic acid receptor PYL2

B: Abscisic acid receptor PYL2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Abscisic acid receptor PYL2

ヘテロ分子

C: Abscisic acid receptor PYL2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.542, 105.151, 187.231
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-191- PEG
2	1	C-217- HOH

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYL2 / PYR1-like protein 2 / Regulatory components of ABA receptor 14 分子量: 21592.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 株: Columbia / 遺伝子: At2g26040, PYL2, RCAR14, T19L18.15 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O80992
#2: 化合物	ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin / ピラバクチン分子量: 377.256 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃BrN₂O₂S / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein solution 2 ul- 20 mM Tris, pH 7.5, Precipitant solution 2 ul- 180 mM magnesium acetate, 16% (w/v) PEG_8000, 100 mM sodium cacodylate, pH 5.5, Cryoprotectant- 20% (v/v) glycerol, vapor ...詳細: Protein solution 2 ul- 20 mM Tris, pH 7.5, Precipitant solution 2 ul- 180 mM magnesium acetate, 16% (w/v) PEG_8000, 100 mM sodium cacodylate, pH 5.5, Cryoprotectant- 20% (v/v) glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.23 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution 2 ul- 20 mM Tris, pH 7.5, Precipitant solution 2 ul- 180 mM magnesium acetate, 16% (w/v) PEG_8000, 100 mM sodium cacodylate, pH 5.5, Cryoprotectant- 20% (v/v) glycerol, vapor ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日 / 詳細: 300 mm CCD

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 48387 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.151 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.89-1.92	3.6	0.468	1748	0.919	71.4
1.92-1.96	4.6	0.424	2036	0.908	82.4
1.96-2	5.5	0.367	2245	0.935	92.2
2-2.04	6.2	0.333	2459	1.033	98.1
2.04-2.08	7	0.286	2413	0.992	99.8
2.08-2.13	7.5	0.272	2472	1.013	100
2.13-2.18	7.7	0.234	2491	1.023	100
2.18-2.24	7.7	0.196	2474	1.085	100
2.24-2.31	7.7	0.169	2444	1.117	100
2.31-2.38	7.7	0.154	2484	1.221	100
2.38-2.47	7.7	0.141	2485	1.368	100
2.47-2.57	7.7	0.128	2490	1.315	100
2.57-2.68	7.8	0.11	2464	1.222	99.9
2.68-2.82	7.7	0.089	2504	1.334	100
2.82-3	7.7	0.077	2482	1.299	100
3-3.23	7.7	0.076	2517	1.321	100
3.23-3.56	7.7	0.079	2489	1.261	99.7
3.56-4.07	7.8	0.062	2531	1.172	99.6
4.07-5.13	7.6	0.047	2516	1.045	98.3
5.13-50	7.6	0.039	2643	0.997	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	46.81 Å
Translation	2.5 Å	46.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.2.0	位相決定
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→29.66 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / FOM work R set: 0.8693 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2047	1899	4.06 %
R_work	0.178	-	-
obs	0.179	46723	93.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.344 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 143.04 Å² / B_iso mean: 39.2528 Å² / B_iso min: 15.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4431 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.3881 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.8312 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→29.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4216	0	86	314	4616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4680
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	6370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	712
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	794
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.299	1685

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8901-1.9373	0.279	96	0.2236	2096	2192	63
1.9373-1.9897	0.2541	125	0.2033	2727	2852	81
1.9897-2.0482	0.1978	135	0.1901	3057	3192	91
2.0482-2.1143	0.2371	141	0.1814	3204	3345	95
2.1143-2.1899	0.2279	134	0.1777	3261	3395	96
2.1899-2.2775	0.2237	137	0.1712	3262	3399	97
2.2775-2.3811	0.2369	134	0.1744	3309	3443	98
2.3811-2.5066	0.2185	131	0.1791	3336	3467	98
2.5066-2.6635	0.2009	139	0.1943	3360	3499	99
2.6635-2.869	0.2406	144	0.1933	3379	3523	99
2.869-3.1575	0.2195	142	0.1885	3401	3543	99
3.1575-3.6137	0.2183	146	0.1665	3437	3583	100
3.6137-4.5502	0.1422	143	0.1491	3422	3565	99
4.5502-29.6636	0.1814	152	0.1749	3573	3725	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7569	-0.0402	0.3237	1.2744	0.029	0.9487	0.0187	0.0469	0.0292	-0.0652	0.0171	-0.0596	0.0274	0.0713	-0.0364	0.1208	-0.0202	0.0253	0.1564	-0.0303	0.1539	12.4289	-28.1016	-10.1511
2	0.9241	-0.0908	-0.2042	1.7814	0.1554	1.1762	0.0337	-0.0246	-0.0745	0.0652	0.0356	0.0145	0.0277	0.0288	-0.067	0.2066	-0.0002	-0.0471	0.1453	-0.0147	0.1878	0.4136	-50.8639	-21.095
3	1.6197	-0.4713	0.0048	1.2868	-0.202	1.4045	0.1111	0.1239	-0.0685	-0.1262	0.008	-0.0624	0.0514	0.126	-0.1013	0.1729	0.0521	-0.0609	0.1896	-0.0663	0.1736	-18.4832	-26.7157	-40.9782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B)	B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C)	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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