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- PDB-3ngb: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ngb
タイトルCrystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC01 in complex with HIV-1 gp120
要素
  • (Antigen binding fragment of ...) x 2
  • Envelope glycoprotein gp160
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / gp120 / antibody / VRC01 / neutralization / vaccine / envelope glycoprotein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Zhou, T. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structural basis for broad and potent neutralization of HIV-1 by antibody VRC01.
著者: Zhou, T. / Georgiev, I. / Wu, X. / Yang, Z.Y. / Dai, K. / Finzi, A. / Do Kwon, Y. / Scheid, J.F. / Shi, W. / Xu, L. / Yang, Y. / Zhu, J. / Nussenzweig, M.C. / Sodroski, J. / Shapiro, L. / ...著者: Zhou, T. / Georgiev, I. / Wu, X. / Yang, Z.Y. / Dai, K. / Finzi, A. / Do Kwon, Y. / Scheid, J.F. / Shi, W. / Xu, L. / Yang, Y. / Zhu, J. / Nussenzweig, M.C. / Sodroski, J. / Shapiro, L. / Nabel, G.J. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2010年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年10月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 3.12021年3月31日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 3.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp160
H: Antigen binding fragment of heavy chain: Antibody VRC01
L: Antigen binding fragment of light chain: Antibody VRC01
A: Envelope glycoprotein gp160
B: Antigen binding fragment of heavy chain: Antibody VRC01
C: Antigen binding fragment of light chain: Antibody VRC01
D: Envelope glycoprotein gp160
E: Antigen binding fragment of heavy chain: Antibody VRC01
F: Antigen binding fragment of light chain: Antibody VRC01
I: Envelope glycoprotein gp160
J: Antigen binding fragment of heavy chain: Antibody VRC01
K: Antigen binding fragment of light chain: Antibody VRC01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,53682
ポリマ－347,00712
非ポリマー16,52970
水9,422523
1
G: Envelope glycoprotein gp160
H: Antigen binding fragment of heavy chain: Antibody VRC01
L: Antigen binding fragment of light chain: Antibody VRC01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,27616
ポリマ－86,7523
非ポリマー3,52413
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Envelope glycoprotein gp160
B: Antigen binding fragment of heavy chain: Antibody VRC01
C: Antigen binding fragment of light chain: Antibody VRC01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,82225
ポリマ－86,7523
非ポリマー5,07122
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Envelope glycoprotein gp160
E: Antigen binding fragment of heavy chain: Antibody VRC01
F: Antigen binding fragment of light chain: Antibody VRC01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,43520
ポリマ－86,7523
非ポリマー3,68317
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: Envelope glycoprotein gp160
J: Antigen binding fragment of heavy chain: Antibody VRC01
K: Antigen binding fragment of light chain: Antibody VRC01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,00321
ポリマ－86,7523
非ポリマー4,25118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.630, 98.275, 205.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 GADI

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein gp160


分子量: 39211.434 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: 93TH057 / 解説: HIV-1 gp120 with leader sequence / 遺伝子: Env, pol / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31

-
抗体 , 2種, 8分子 HBEJLCFK

#2: 抗体
Antigen binding fragment of heavy chain: Antibody VRC01


分子量: 24367.631 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Codon-optimized human antibody heavy chain of VRC01 / 遺伝子: Heavy chain / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
Antigen binding fragment of light chain: Antibody VRC01


分子量: 23172.686 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Codon-optimized human antibody light chain of VRC01 / 遺伝子: Light chain / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 63分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 530分子

#8: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% PEG 4000, 9% Isopropanol, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris/Cl-, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.82656 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 97150 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 18.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APSSER-CAT MARCCDデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IDX

3idx


解像度: 2.68→49.733 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2563 4867 5.01 %RANDOM
Rwork0.1967 ---
obs0.1997 97150 94.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.594 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.981 Å2-0 Å25.7775 Å2
2--2.2145 Å20 Å2
3----5.1954 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→49.733 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24218 0 1067 523 25808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00225953
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53435243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6539716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0344058
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.71340.3373110.3116270X-RAY DIFFRACTION7
2.7134-2.74530.251190.3339530X-RAY DIFFRACTION14
2.7453-2.77880.4039400.3578803X-RAY DIFFRACTION21
2.7788-2.8140.4475630.34381127X-RAY DIFFRACTION30
2.814-2.8510.4184660.36061551X-RAY DIFFRACTION41
2.851-2.89010.3776960.33151957X-RAY DIFFRACTION52
2.8901-2.93130.4131980.33972367X-RAY DIFFRACTION62
2.9313-2.97510.36731570.32442655X-RAY DIFFRACTION72
2.9751-3.02160.37331590.30492937X-RAY DIFFRACTION78
3.0216-3.07110.34641710.29883246X-RAY DIFFRACTION85
3.0711-3.12410.35722070.28683422X-RAY DIFFRACTION92
3.1241-3.18090.36841840.28273579X-RAY DIFFRACTION95
3.1809-3.2420.33671970.27043642X-RAY DIFFRACTION98
3.242-3.30820.31751750.26013714X-RAY DIFFRACTION98
3.3082-3.38010.31941950.23853755X-RAY DIFFRACTION99
3.3801-3.45870.29611890.22453745X-RAY DIFFRACTION99
3.4587-3.54520.2561840.21133776X-RAY DIFFRACTION99
3.5452-3.6410.27511730.19413786X-RAY DIFFRACTION100
3.641-3.74810.26171940.18963795X-RAY DIFFRACTION100
3.7481-3.8690.23122110.18173745X-RAY DIFFRACTION100
3.869-4.00730.24922280.16933744X-RAY DIFFRACTION100
4.0073-4.16760.2452060.16063750X-RAY DIFFRACTION100
4.1676-4.35720.21621900.14533793X-RAY DIFFRACTION100
4.3572-4.58680.20371860.14353799X-RAY DIFFRACTION100
4.5868-4.87390.20532210.13723773X-RAY DIFFRACTION100
4.8739-5.24990.2142060.1313765X-RAY DIFFRACTION100
5.2499-5.77750.21131870.14643830X-RAY DIFFRACTION100
5.7775-6.61180.23362270.16093785X-RAY DIFFRACTION100
6.6118-8.32390.24092130.17153817X-RAY DIFFRACTION99
8.3239-49.74120.22262140.20823825X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.08570.7872-1.1082.8459-1.20513.00460.0861-0.11160.58720.1304-0.1021-0.5005-0.30450.0621-0.15251.0422-0.02080.1817-0.12960.080.823-31.019351.4471-96.6077
23.4581-1.0457-1.18032.6738-0.6781.6460.08930.3448-0.1311-0.59610.009-0.24850.0833-0.340701.1008-0.01390.34460.175-0.02350.607-34.553929.5912-103.2689
30.8019-0.6043-0.99991.5489-1.83592.0410.1282-0.2490.22110.08160.22260.02680.0719-0.0171-00.6952-0.0420.05180.27190.04290.621-37.132619.4353-76.2948
40.3035-0.7547-0.00462.1680.89691.720.08720.0437-0.4516-0.23690.1648-0.20450.03460.1505-00.5321-0.1313-0.0810.61920.32030.563-24.1239-14.6427-56.7231
50.9312-0.66530.92890.5201-0.84451.09450.4163-0.42870.19930.4495-0.5212-1.1645-0.13560.5057-0.00010.7077-0.0973-0.12520.61610.17221.0884-17.256422.4751-66.0029
63.0572-1.60462.40932.3241-1.89581.9591-0.12550.84-0.0283-0.3489-0.137-1.0078-0.57491.07740.00010.6119-0.25610.17590.79730.16140.9515-11.0507-6.902-61.4243
71.45610.15990.37211.6957-0.98412.517-0.1317-0.02550.1788-0.01360.40970.2637-0.5838-0.611100.37930.0508-0.12330.48820.09820.3888-48.825866.4734-42.3619
82.98560.0822-1.21391.43780.64983.04050.1290.0582-0.3588-0.3058-0.01650.09450.3074-0.3201-00.5364-0.0903-0.19190.4720.05810.5483-41.184544.5264-43.7233
92.5718-0.84171.18090.8275-0.99241.67160.0315-0.6999-0.54560.04980.49340.0583-0.1362-0.2202-0.00010.37860.0184-0.06480.56170.14870.6365-17.521149.3102-27.4529
100.01890.19350.23241.17221.21521.0721-0.5089-0.34350.04530.37190.1864-0.14070.5604-0.3635-00.83510.2648-0.11660.98490.03860.896921.711937.1324-29.3911
113.01790.4642-1.42512.0594-0.0681.31770.14430.55940.2799-0.0453-0.0777-0.8662-0.37070.1337-00.3899-0.0306-0.13060.6480.03910.7359-4.446463.5072-38.7127
122.5281-1.14890.21620.552-0.37761.31640.17680.78130.6497-0.5948-0.4449-0.5740.64090.62-0.00010.83770.24870.02911.00140.01810.789819.422246.0887-42.2084
131.36021.3743-0.05841.8912-1.24082.37290.143-0.54710.23050.4930.13630.3668-0.4447-0.0501-00.90350.19610.10370.78380.19430.5029-67.48086.0249-44.3832
142.41440.31850.15222.3944-0.95531.27890.00740.0749-0.1707-0.28820.27390.23110.2929-0.24800.7374-0.0593-0.02830.62010.21920.4609-70.422-0.1361-66.6403
152.9003-0.6019-0.54734.9863-2.67191.9333-0.2604-0.33540.142-0.29160.19560.426-0.19430.0294-0.00050.57820.20390.15970.37690.15160.2482-64.595926.2924-77.1733
16-0.02420.11740.09381.04220.64230.27731.10070.3978-0.1933-0.9388-0.29870.82810.28990.134801.77950.3785-0.29792.14110.5811.3968-83.361348.7572-107.0718
171.5097-0.65190.88042.32630.58530.84270.0709-0.75050.18330.21910.35811.5148-0.8738-0.706701.04590.51750.36471.02890.34141.1922-80.380440.5358-69.7038
180.6052-0.34610.56230.0783-0.09090.17170.00320.6290.21640.01180.29420.0164-1.0749-1.00401.0940.2939-0.23061.97850.20241.1698-93.164246.3386-94.7239
192.9328-1.08511.01132.3159-1.30882.28690.1097-1.0013-0.21550.14180.018-0.4025-0.38060.042200.259-0.1685-0.19341.24790.23490.7139-0.119643.577814.9745
201.20061.2794-0.46951.1441-0.54681.74450.326-0.5924-0.6787-0.2593-0.1502-0.33440.20740.0718-0.00010.41370.0159-0.2590.99630.50041.1358-12.381626.64834.6902
214.3798-0.5291-0.68440.8593-0.72841.8990.2336-0.2432-0.16310.03-0.33670.4047-0.31430.2533-00.39370.0869-0.01870.88390.0230.3929-33.075944.7173-4.8552
220.61430.7575-0.13192.8066-0.04880.60620.4442-0.78960.0626-0.5604-0.2349-0.04090.3894-0.15250.00010.66820.1241-0.07481.350.2760.8794-73.657440.1733-5.3249
232.36550.0218-2.28631.4968-0.09022.01090.6862-0.88950.04850.4634-0.92450.3877-0.52040.3390.00010.5479-0.22610.11511.2229-0.14420.3592-43.427253.588313.005
241.03320.683-0.65330.7557-0.11880.24020.1958-1.0107-0.04350.2337-0.2118-0.25120.34040.254800.76490.0207-0.14991.13220.14210.6736-68.749940.74789.7178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN G AND ( RESID 44:253 OR RESID 476:492 ) )G44 - 253
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN G AND ( RESID 44:253 OR RESID 476:492 ) )G476 - 492
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN G AND RESID 254:475 )G254 - 475
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 1:121 )H1 - 121
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 122:216 )H122 - 216
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 3:103 )L3 - 103
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 104:208 )L104 - 208
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 44:253 OR RESID 476:492 ) )A44 - 253
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 44:253 OR RESID 476:492 ) )A476 - 492
10X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 254:475 )A254 - 475
11X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 1:121 )B1 - 121
12X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 122:216 )B122 - 216
13X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 1:103 )C1 - 103
14X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 104:208 )C104 - 208
15X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND ( RESID 44:253 OR RESID 476:492 ) )D44 - 253
16X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND ( RESID 44:253 OR RESID 476:492 ) )D476 - 492
17X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN D AND RESID 254:475 )D254 - 475
18X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN E AND RESID 1:121 )E1 - 121
19X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 122:216 )E122 - 216
20X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN F AND RESID 3:103 )F3 - 103
21X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN F AND RESID 104:208 )F104 - 208
22X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN I AND ( RESID 44:253 OR RESID 476:492 ) )I44 - 253
23X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN I AND ( RESID 44:253 OR RESID 476:492 ) )I476 - 492
24X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN I AND RESID 254:475 )I254 - 475
25X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN J AND RESID 1:121 )J1 - 121
26X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN J AND RESID 122:216 )J122 - 216
27X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN K AND RESID 1:103 )K1 - 103
28X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN K AND RESID 104:208 )K104 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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