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- PDB-3nfk: Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nfk
タイトルCrystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of a rabies virus G protein
要素
  • Glycoprotein G
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
キーワードPROTEIN BINDING / PDZ-PDZ-binding site complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Interleukin-37 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / glutamate receptor binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cytoskeletal protein binding / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane ...Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Interleukin-37 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / glutamate receptor binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cytoskeletal protein binding / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / membrane => GO:0016020 / cytoskeleton / viral envelope / virion membrane / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rabies virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Babault, N. / Cordier, F. / Lafage, M. / Cockburn, J. / Haouz, A. / Rey, F.A. / Delepierre, M. / Buc, H. / Lafon, M. / Wolff, N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Peptides Targeting the PDZ Domain of PTPN4 Are Efficient Inducers of Glioblastoma Cell Death.
著者: Babault, N. / Cordier, F. / Lafage, M. / Cockburn, J. / Haouz, A. / Prehaud, C. / Rey, F.A. / Delepierre, M. / Buc, H. / Lafon, M. / Wolff, N.
履歴
登録2010年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
C: Glycoprotein G
D: Glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5266
ポリマ－26,3424
非ポリマー1842
水3,261181
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
C: Glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3554
ポリマ－13,1712
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area6040 Å2
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
D: Glycoprotein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1712
ポリマ－13,1712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5880 Å2
手法PISA
3
C: Glycoprotein G

A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
D: Glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5266
ポリマ－26,3424
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.430, 53.700, 81.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4 / Protein-tyrosine phosphatase MEG1 / PTPase-MEG1 / MEG


分子量: 11694.363 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ domain (UNP residues 499-604) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN4 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) star / 参照: UniProt: P29074
#2: タンパク質・ペプチド Glycoprotein G


分子量: 1476.572 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 512-524 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cyto13-att peptide has been chemically synthetized. The sequence occurs naturally in rabies virus G protein
由来: (合成) Rabies virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P03524
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% PEG 1500, 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月29日 / 詳細: BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→34.37 Å / Num. all: 44164 / Num. obs: 42795 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.43→1.51 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 6255 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.9.3精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VPH

2vph


解像度: 1.43→14.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9495 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9447 / SU R Cruickshank DPI: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2039 2155 5.05 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.1927 42710 96.7 %-
all-44167 --
原子変位パラメータBiso mean: 20.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2203 Å20 Å20 Å2
2--0.7572 Å20 Å2
3---0.4631 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.175 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→14.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1548 0 12 181 1741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0116002
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1421602
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5792
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes472
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2325
X-RAY DIFFRACTIONt_it160020
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.85
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2015
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19764
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.47 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2333 159 5.03 %
Rwork0.1853 3001 -
all0.1876 3160 -
obs--96.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05550.0333-0.06721.2897-0.06270.6118-0.00580.02090.0121-0.01720.0061-0.13310.00050.0419-0.0003-0.07480.0017-0.0011-0.04640.008-0.037933.1435-18.505615.3124
22.1534-0.8889-1.12093.4346-0.22641.74660.03930.15370.0018-0.1086-0.02410.22860.0717-0.1022-0.0152-0.02-0.0048-0.0143-0.0039-0.00580.005624.426-9.423618.0277
31.4659-1.37150.20313.2971-1.00751.8874-0.0566-0.06670.07310.02110.15810.0588-0.1304-0.131-0.1014-0.0365-0.0055-0.00060.01880.0221-0.015427.3935-1.7889-5.2299
40.02070.3334-0.89130-0.11620.3054-0.016-0.01450.03080.0268-0.0158-0.0154-0.03310.01320.03180.02330.03-0.02070.0082-0.0216-0.03234.6611.00372.366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|513 - A|604 }A513 - 604
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|1 - C|13 }C1 - 13
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|512 - B|591 B|594 - B|604 }B512 - 591
4X-RAY DIFFRACTION3{ B|512 - B|591 B|594 - B|604 }B594 - 604
5X-RAY DIFFRACTION4{ D|9 - D|13 }D9 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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