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- PDB-3nfi: Crystal structure of tandem winged helix domain of RNA polymerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nfi
タイトルCrystal structure of tandem winged helix domain of RNA polymerase I subunit A49
要素DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION / winged helix / RNA polymerase / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of cell size / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase I ...RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of cell size / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase I / DNA-directed RNA polymerase activity / ribosome biogenesis / nucleolus / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Geiger, S.R. / Lorenzen, K. / Schreieck, A. / Hanecker, P. / Kostrewa, D. / Heck, A.J.R. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex.
著者: Geiger, S.R. / Lorenzen, K. / Schreieck, A. / Hanecker, P. / Kostrewa, D. / Heck, A.J. / Cramer, P.
履歴
登録2010年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年3月25日Group: Atomic model / Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
B: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
C: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
D: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
E: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,0636
ポリマ－135,7095
非ポリマー3541
水14,160786
1
A: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1421
ポリマ－27,1421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1421
ポリマ－27,1421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1421
ポリマ－27,1421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1421
ポリマ－27,1421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4962
ポリマ－27,1421
非ポリマー3541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.110, 78.100, 100.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / A49 / DNA-directed RNA polymerase I 49 kDa polypeptide


分子量: 27141.715 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 171-403 / 変異: L178M, L261M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: N0880, RPA49, RRN13, YNL248C / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE) RIL / 参照: UniProt: Q01080, DNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 786 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細PE4 E 1 IS PEG 4000 fragment

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 24% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9790, 0.9790, 0.9180
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日 / 詳細: torodial focusing mirror
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9181
反射解像度: 1.9→80 Å / Num. all: 95580 / Num. obs: 94313 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 31.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 14.78
反射 シェル解像度: 1.9→2.08 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.606 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→27.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9527 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9345 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2235 4711 5 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
obs0.1903 94199 --
all-94199 --
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0977 Å20 Å2-2.3971 Å2
2---0.0066 Å20 Å2
3----1.0911 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.262 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8717 0 12 786 9515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019109HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0412379HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3334SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1301HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9109HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.85
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 309 4.84 %
Rwork0.2444 6079 -
all0.2449 6388 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36520.02530.04980.7259-0.36181.1862-0.02650.00160.01730.02880.03370.0147-0.0323-0.1177-0.0072-0.01780.0039-0.0331-0.0227-0.0031-0.05831.120614.462242.8828
24.3712-0.79241.29450.5255-0.06791.24880.03340.1043-0.2632-0.03150.00480.07720.0593-0.0564-0.0382-0.05340.0023-0.0487-0.13880.0223-0.124558.7738-0.372162.6149
32.3741-0.55910.7840.9493-0.16571.59710.1329-0.1008-0.24720.07860.02990.06110.0505-0.1383-0.1628-0.1114-0.0473-0.0352-0.08060.026-0.041135.187243.181377.5871
41.08680.20270.12071.3205-0.19290.9810.01080.0034-0.09310.0761-0.03420.0158-0.015-0.0370.0233-0.05360.0191-0.0107-0.0536-0.0029-0.065570.337349.010281.7861
51.16620.31890.37361.06460.09531.3009-0.10820.06520.1013-0.10990.02530.0432-0.22980.06740.0829-0.0035-0.0255-0.0489-0.07990.0181-0.083888.027416.646373.852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|*}A185 - 403
2X-RAY DIFFRACTION2{B|*}B172 - 403
3X-RAY DIFFRACTION3{C|*}C184 - 403
4X-RAY DIFFRACTION4{D|*}D184 - 403
5X-RAY DIFFRACTION5{E|*}E184 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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