PDB-3nfg: Crystal structure of Dimerization module of RNA polymerase I subc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nfg

タイトル

Crystal structure of Dimerization module of RNA polymerase I subcomplex A49/A34.5

要素

DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34
DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

キーワード

TRANSCRIPTION / triple barrel / RNA polymerase / Dimerization

機能・相同性

機能・相同性情報

termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / RNA polymerase I activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Geiger, S.R.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex.
著者: Geiger, S.R. / Lorenzen, K. / Schreieck, A. / Hanecker, P. / Kostrewa, D. / Heck, A.J. / Cramer, P.

履歴

登録	2010年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nfg.cif.gz	698.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nfg.ent.gz	605.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nfg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nfg_validation.pdf.gz	547.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nfg_full_validation.pdf.gz	573.9 KB	表示
XML形式データ	3nfg_validation.xml.gz	59.2 KB	表示
CIF形式データ	3nfg_validation.cif.gz	80.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/3nfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/3nfg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nffC 3nfhC 3nfiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iw9-1 1ogu-2 5z8b-d 5lmk-2 2dpt-d 6niq-d 2z3o-d 2z3l-d 3dog-1 2wmd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

B: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

C: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

D: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

E: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

F: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

G: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

H: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

I: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

J: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

K: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

L: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

M: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

N: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

O: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

P: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

205 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

B: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

O: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

P: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

D: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

I: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

J: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.3 kDa, 4 ポリマー
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3

E: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

F: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

G: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

H: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.3 kDa, 4 ポリマー
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4

K: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

L: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

M: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

N: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.426, 132.920, 118.286
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 分子量: 11848.159 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-99, N-terminal domain / 変異: V72M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0J07766g, rpa49 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE) RIL / 参照: UniProt: Q6FNZ9, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 分子量: 13821.366 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 25-143 / 変異: L55M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0I06006g, rpa34 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE) RIL / 参照: UniProt: Q6FQI3, DNA-directed RNA polymerase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% PEG 3350, 250 mM sodium flouride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 70 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年6月18日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射	モノクロメーター: Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→50 Å / Num. all: 88325 / Num. obs: 88325 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 61.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.037 / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 15.61
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / R_sym value: 0.651 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
BUSTER	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.51→49.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9455 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2434	3519	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1941	-	-	-
obs	0.1966	69255	-	-
all	-	69255	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.9661 Å²	0 Å²	-7.5494 Å²
2-	-	-0.8186 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.7847 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.493 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→49.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13685	0	0	109	13794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13920	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.28	18803	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5017	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		425	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1916	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13920	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.16
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.61
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1845		5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13900		4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	242	5.1 %
R_work	0.2655	4502	-
all	0.267	4744	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0794	-0.0145	-0.2176	3.1587	0.384	5.2394	0.1323	-0.5263	0.5607	-0.0314	-0.2232	0.3831	-0.4085	-0.1401	0.0909	-0.3259	0.0108	-0.0237	-0.1326	-0.1401	0.3259	68.4254	120.055	-24.6106
2	5.0567	-0.9166	-0.2596	3.5322	0.4591	5.129	0.1239	0.3852	0.5696	0.0554	-0.1809	-0.5456	-0.3498	-0.063	0.0569	-0.3151	0.0339	-0.0449	-0.025	0.0103	0.3037	104.4945	119.069	-20.6476
3	7.9395	-1.0386	-1.4053	3.9802	0.7401	6.0943	0.0448	-0.1543	-0.48	-0.53	0.1776	-0.1239	0.6085	0.4574	-0.2224	0.103	-0.1442	-0.0587	-0.304	-0.0512	-0.2362	48.2279	153.392	5.9101
4	5.9438	0.6751	-1.5988	2.806	-0.3799	4.1044	0.0991	-0.1414	-0.1883	0.1592	-0.0572	0.1438	0.0607	0.0669	-0.0419	-0.1258	0.0379	-0.0114	-0.1689	-0.0237	-0.1662	59.9005	153.457	38.9526
5	3.9736	0.302	1.8157	4.4171	1.3356	5.4968	-0.0359	-0.0181	0.2012	0.0517	-0.082	0.2328	0.2148	-0.3103	0.1179	-0.1914	0.104	-0.0145	-0.0508	0.0345	-0.2687	22.7256	122.959	26.9767
6	2.0551	0.9515	1.0595	2.9517	0.7903	3.7013	-0.1899	-0.4097	-0.5761	-0.1065	0.2473	0.5339	0.5124	-0.6516	-0.0574	0.0329	0.0188	-0.1302	-0.0844	0.1602	-0.1271	24.3661	93.5264	48.7898
7	1.8162	0.3483	0.5129	7.017	-1.4741	4.9121	0.3059	-0.0828	-0.4017	0.2244	-0.1493	-0.4567	0.6571	0.4482	-0.1566	-0.166	0.0312	-0.1927	-0.2429	-0.0894	-0.0659	58.8705	119.496	38.9028
8	3.1237	0.2246	1.353	4.6492	-1.1529	4.6056	0.0659	0.4734	-0.4589	-0.4097	-0.3725	-0.6516	0.4938	0.3721	0.3066	0.1143	0.1043	-0.1728	-0.304	-0.1321	0.1939	50.7454	89.4754	22.0643

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{N\|* K\|43 - K\|99 M\|5 - 42}	N	43 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{N\|* K\|43 - K\|99 M\|5 - 42}	K	5 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{L\|* M\|43 - M\|98 K\|5 - 42}	L	43 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{L\|* M\|43 - M\|98 K\|5 - 42}	M	5 - 42
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{P\|* A\|43 - A\|98 O\|6 - 42}	P	43 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	3	{P\|* A\|43 - A\|98 O\|6 - 42}	A	6 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|* O\|43 - O\|98 A\|5 - 42}	B	43 - 98
8	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|* O\|43 - O\|98 A\|5 - 42}	O	5 - 42
9	X-RAY DIFFRACTION	5	{F\|* G\|43 - G\|99 E\|4 - 42}	F	43 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	5	{F\|* G\|43 - G\|99 E\|4 - 42}	G	4 - 42
11	X-RAY DIFFRACTION	6	{H\|* E\|43 - E\|99 G\|5 - 42}	H	43 - 99
12	X-RAY DIFFRACTION	6	{H\|* E\|43 - E\|99 G\|5 - 42}	E	5 - 42
13	X-RAY DIFFRACTION	7	{D\|* I\|43 - I\|98 C\|5 - 42}	D	43 - 98
14	X-RAY DIFFRACTION	7	{D\|* I\|43 - I\|98 C\|5 - 42}	I	5 - 42
15	X-RAY DIFFRACTION	8	{J\|* C\|43 - C\|99 I\|5 - 42}	J	43 - 99
16	X-RAY DIFFRACTION	8	{J\|* C\|43 - C\|99 I\|5 - 42}	C	5 - 42

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