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- PDB-3nfe: The crystal structure of hemoglobin I from trematomus newnesi in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nfe
タイトルThe crystal structure of hemoglobin I from trematomus newnesi in deoxygenated state
要素
  • Hemoglobin subunit alpha-1
  • Hemoglobin subunit beta-1/2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / root effect / fish hemoglobin / antarctic fish
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha-1 / Hemoglobin subunit beta-1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Trematomus newnesi (魚類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Vergara, A. / Vitagliano, L. / Merlino, A. / Sica, F. / Marino, K. / Mazzarella, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: An order-disorder transition plays a role in switching off the root effect in fish hemoglobins.
著者: Vergara, A. / Vitagliano, L. / Merlino, A. / Sica, F. / Marino, K. / Verde, C. / di Prisco, G. / Mazzarella, L.
履歴
登録2010年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-1
B: Hemoglobin subunit beta-1/2
C: Hemoglobin subunit alpha-1
D: Hemoglobin subunit beta-1/2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3658
ポリマ－63,8994
非ポリマー2,4664
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11780 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.022, 62.022, 187.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha-1 / Hemoglobin alpha-1 chain / Alpha-1-globin


分子量: 15703.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus newnesi (魚類) / 参照: UniProt: P45718
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta-1/2 / Hemoglobin beta-1/2 chain / Beta-1/2-globin


分子量: 16246.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus newnesi (魚類) / 参照: UniProt: P45720
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6
詳細: protein at 10 mg/ml, in 100 mM sodium acetate buffer pH 6.0, 2mM dithionite, poured into a capillary containing 20% (w/v) MPEG 5000 (2 mM dithionite), LIQUID DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→39.7 Å / Num. obs: 42455

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2H8F

2h8f


解像度: 2.01→39.7 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: IN THE COURSE OF THE REFINEMENT (SEE BELOW), IT BECAME OBVIOUS THAT CRYSTALS WERE AFFECTED BY MEROHEDRAL TWINNING AND THE DIFFRACTION PATTERN WAS INTERPRETED AS RESULTING FROM TWO LATTICES ...詳細: IN THE COURSE OF THE REFINEMENT (SEE BELOW), IT BECAME OBVIOUS THAT CRYSTALS WERE AFFECTED BY MEROHEDRAL TWINNING AND THE DIFFRACTION PATTERN WAS INTERPRETED AS RESULTING FROM TWO LATTICES CORRELATED BY ROTATION OF 180 AROUND AN AXIS PARALLEL TO A + B DIAGONAL. THEREFORE, THE INTENSITY ASSOCIATED TO EACH REFLECTION HKL IS THE WEIGHTED SUM OF TWO CONTRIBUTIONS: IO (HKL)= (1-C) I(HKL) + C I(KHL), C IS THE TWIN FRACTION, WHICH REFINED TO A VALUE OF 0.38
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 2238 -RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 42455 90.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4494 0 172 138 4804
拘束条件
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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