PDB-3nfc: Crystal structure of E.coli MazF Toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nfc

タイトル

Crystal structure of E.coli MazF Toxin

要素

PemK-like protein 1

キーワード

TOXIN / MazF / MazEF system / RNA cleavage

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin-antitoxin complex / quorum sensing / rRNA catabolic process / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulation of growth / positive regulation of programmed cell death / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / molecular function activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wang, X. / Wang, K. / Su, X. / Zhang, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Biochemical and Structural Analysis of E. coli MazF Toxin
著者: Wang, X. / Wang, K. / Gao, X. / Zhang, X. / Li, L. / Su, X. / Zhang, J.

履歴

登録	2010年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nfc.cif.gz	225.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nfc.ent.gz	183.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3nfc_validation.pdf.gz	467.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nfc_full_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示
XML形式データ	3nfc_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	3nfc_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/3nfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/3nfc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ub4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3eis-3 1bk7-d 4hng-d 6ub8-2 4hjv-5 3a7n-d 6ubb-7 6ub8-7 6ubb-4 4jlv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PemK-like protein 1

B: PemK-like protein 1

C: PemK-like protein 1

D: PemK-like protein 1

E: PemK-like protein 1

F: PemK-like protein 1

72.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PemK-like protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: PemK-like protein 1

C: PemK-like protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 2 ポリマー
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3

D: PemK-like protein 1

E: PemK-like protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 2 ポリマー
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4

F: PemK-like protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.100, 111.800, 93.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	ASP	ASP	A	A	5 - 18	5 - 18
2	1	TYR	TYR	PHE	PHE	B	B	5 - 17	5 - 17
3	1	TYR	TYR	PHE	PHE	C	C	5 - 17	5 - 17
4	1	TYR	TYR	PHE	PHE	D	D	5 - 17	5 - 17
5	1	TYR	TYR	ASP	ASP	E	E	5 - 18	5 - 18
6	1	ARG	ARG	PHE	PHE	F	F	4 - 17	4 - 17
1	2	HIS	HIS	GLY	GLY	A	A	28 - 66	28 - 66
2	2	ARG	ARG	GLY	GLY	B	B	29 - 66	29 - 66
3	2	HIS	HIS	GLY	GLY	C	C	28 - 66	28 - 66
4	2	HIS	HIS	GLY	GLY	D	D	28 - 66	28 - 66
5	2	HIS	HIS	GLY	GLY	E	E	28 - 66	28 - 66
6	2	ARG	ARG	GLY	GLY	F	F	29 - 66	29 - 66
1	3	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	71 - 111	71 - 111
2	3	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	71 - 111	71 - 111
3	3	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	71 - 111	71 - 111
4	3	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	71 - 111	71 - 111
5	3	GLY	GLY	GLY	GLY	E	E	71 - 111	71 - 111
6	3	GLY	GLY	GLY	GLY	F	F	71 - 111	71 - 111

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	PemK-like protein 1 / Protein mazF 分子量: 12112.022 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AE70
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Tris-HCl, 25% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月1日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 40587 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UB4

1ub4

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 14.286 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29072	2112	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24898	-	-	-
obs	0.251	39622	93.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.19 Å² / B_iso mean: 43.655 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.61 Å²	0 Å²	0.28 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4137	0	0	212	4349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.962	1.981	5714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.019	5	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.227	24.242	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.06	15	687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.628	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.2	684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3045
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.047	1.5	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.796	2	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.809	3	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.088	4.5	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	48	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	2	B	48	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	3	C	48	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	4	D	48	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	5	E	48	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	6	F	48	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	1	A	51	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
1	2	B	51	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
1	3	C	51	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
1	4	D	51	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
1	5	E	51	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
1	6	F	51	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
1	1	A	48	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
1	2	B	48	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
1	3	C	48	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
1	4	D	48	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
1	5	E	48	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	6	F	48	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
1	1	A	51	MEDIUM THERMAL	0.14	2
1	2	B	51	MEDIUM THERMAL	0.16	2
1	3	C	51	MEDIUM THERMAL	0.17	2
1	4	D	51	MEDIUM THERMAL	0.16	2
1	5	E	51	MEDIUM THERMAL	0.12	2
1	6	F	51	MEDIUM THERMAL	0.13	2
2	1	A	152	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	2	B	152	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	3	C	152	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	4	D	152	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	5	E	152	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	6	F	152	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	1	A	119	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
2	2	B	119	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
2	3	C	119	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
2	4	D	119	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
2	5	E	119	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
2	6	F	119	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
2	1	A	152	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
2	2	B	152	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
2	3	C	152	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
2	4	D	152	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
2	5	E	152	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
2	6	F	152	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
2	1	A	119	MEDIUM THERMAL	0.16	2
2	2	B	119	MEDIUM THERMAL	0.14	2
2	3	C	119	MEDIUM THERMAL	0.14	2
2	4	D	119	MEDIUM THERMAL	0.18	2
2	5	E	119	MEDIUM THERMAL	0.17	2
2	6	F	119	MEDIUM THERMAL	0.17	2
3	1	A	164	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	2	B	164	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	3	C	164	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	4	D	164	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	5	E	164	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	6	F	164	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	1	A	132	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
3	2	B	132	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
3	3	C	132	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
3	4	D	132	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
3	5	E	132	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
3	6	F	132	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
3	1	A	164	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
3	2	B	164	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
3	3	C	164	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
3	4	D	164	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
3	5	E	164	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
3	6	F	164	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
3	1	A	132	MEDIUM THERMAL	0.16	2
3	2	B	132	MEDIUM THERMAL	0.14	2
3	3	C	132	MEDIUM THERMAL	0.15	2
3	4	D	132	MEDIUM THERMAL	0.15	2
3	5	E	132	MEDIUM THERMAL	0.15	2
3	6	F	132	MEDIUM THERMAL	0.14	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.448	123	-
R_work	0.425	2262	-
obs	-	-	72.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5906	-1.2168	-2.7001	6.8712	8.1295	6.2914	-0.1721	0.3601	0.1257	0.8734	0.031	0.5723	0.9087	-0.2153	0.1411	0.4133	-0.015	0.0925	0.2825	0.1276	0.2701	17.533	-5.048	-0.555
2	3.5437	0.5282	-0.5197	1.825	-0.4666	7.866	0.2016	-0.2259	-0.0329	0.3056	0.1055	0.229	0.2135	-0.0174	-0.307	0.4044	0.0573	0.1236	0.1854	0.0888	0.2049	23.429	0.438	4.166
3	3.1966	-0.0129	-0.3297	3.8108	0.1421	3.7755	0.1586	-0.1051	0.1101	0.1236	0.0855	0.0891	-0.0891	-0.0676	-0.2441	0.3817	0.0411	0.1429	0.2052	0.0668	0.1606	24.114	2.518	3.546
4	2.0219	1.3689	-5.6883	1.6281	0.9778	4.5112	-0.3774	-0.1169	-0.3025	-0.0359	0.305	0.366	0.6741	0.3683	0.0724	0.3588	0.0319	-0.07	0.3922	0.2079	0.2582	11.252	12.6	-16.39
5	1.5598	-0.0344	0.0267	3.4028	0.5127	7.5263	0.0964	-0.1775	-0.1952	0.2657	0.274	0.061	0.0645	0.0617	-0.3704	0.2272	0.0224	-0.0002	0.3568	0.1653	0.1775	11.363	20.352	-11.362
6	3.3254	-0.5653	-1.1635	4.4714	0.5665	3.8154	0.103	-0.0561	-0.0424	0.0622	0.1424	0.141	0.0182	-0.0918	-0.2455	0.2556	0.0508	-0.0147	0.3407	0.1796	0.153	10.24	21.833	-12.092
7	5.7245	0.0091	1.7415	5.8465	-4.5176	7.9807	0.2373	-0.138	0.2071	0.2336	-0.307	0.0155	-0.2481	1.0078	0.0697	0.3122	-0.0114	0.1048	0.3294	0.0664	0.2215	26.859	39.897	-14.492
8	2.1339	0.9275	-0.034	1.8345	0.9784	12.2324	0.2117	0.2589	0.2576	-0.1277	0.1847	-0.1954	0.0504	0.1079	-0.3965	0.3335	0.0986	0.0922	0.2479	0.0951	0.1986	20.812	35.756	-19.708
9	3.6309	0.2165	0.2639	3.6199	-0.2539	3.5624	0.1334	0.054	0.2529	-0.052	0.099	0.0226	-0.1279	-0.099	-0.2324	0.3129	0.084	0.1082	0.2728	0.1167	0.1645	18.615	36.213	-18.947
10	3.6871	3.0447	-1.288	2.1777	3.6298	9.4416	0.4137	0.2831	-0.5708	0.756	-0.315	0.0097	0.6725	-0.908	-0.0987	0.4911	-0.0496	-0.2527	0.3336	-0.035	0.2744	5	15.536	31.724
11	2.9503	0.7411	-0.3954	2.0691	0.0372	7.337	0.1811	0.189	-0.0167	-0.1423	0.1987	0.1289	-0.0659	-0.076	-0.3798	0.3275	0.0771	-0.1699	0.2397	-0.0875	0.1687	11.286	19.714	26.774
12	3.1144	0.3372	-1.2243	2.771	-0.0176	2.6236	0.1699	0.0044	-0.1226	-0.1046	0.0897	-0.029	0.0865	0.1239	-0.2596	0.3294	0.0901	-0.1841	0.3096	-0.1109	0.1777	13.83	19.128	27.575
13	2.8314	3.7888	2.0327	6.717	0.9474	5.5882	-0.3965	0.1393	0.5155	-0.0882	0.2788	0.0655	-0.7272	-0.3819	0.1177	0.3406	0.0556	-0.056	0.3335	-0.1687	0.3051	19.919	42.891	30.397
14	1.4999	0.1569	0.0026	3.0275	-0.3445	8.7332	0.1114	-0.1724	0.1984	0.2368	0.1978	-0.094	-0.0299	-0.0598	-0.3092	0.2298	0.0097	-0.0537	0.3478	-0.1741	0.1702	20.517	35.09	35.037
15	3.4005	-0.2911	0.3477	4.2256	-0.5709	3.3692	0.1481	-0.1008	0.1092	0.0957	0.1109	-0.2136	0.0303	0.2041	-0.259	0.2537	0.0637	-0.068	0.3467	-0.2052	0.1492	21.966	33.676	34.411
16	5.7506	-1.678	0.781	8.623	2.7054	6.6138	0.2485	0.4933	0.0857	-0.1625	-0.0498	-0.6067	-0.5498	0.5142	-0.1987	0.4043	0.0032	-0.1716	0.2927	-0.0736	0.2238	17.291	58.568	-47.665
17	2.723	0.3367	0.0717	1.6026	-0.4071	8.2415	0.2163	-0.1017	-0.0169	0.1859	0.1538	-0.1853	-0.0676	-0.1153	-0.3701	0.3679	0.0528	-0.1905	0.1988	-0.074	0.1677	10.118	54.572	-42.421
18	3.3126	-0.4656	-0.639	3.2932	-0.5024	3.8583	0.0606	-0.0683	-0.0854	0.0603	0.1802	-0.1049	0.2479	-0.0027	-0.2408	0.4239	0.0354	-0.2443	0.2064	-0.0604	0.1571	9.49	52.943	-43.087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	28 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	5 - 17
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	29 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	5 - 17
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	28 - 66
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	71 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	5 - 17
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	28 - 66
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	71 - 111
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	5 - 18
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	28 - 66
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	71 - 111
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	4 - 17
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	29 - 66
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	71 - 111

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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