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- PDB-3ndr: Crystal structure of tetrameric pyridoxal 4-dehydrogenase from Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ndr
タイトルCrystal structure of tetrameric pyridoxal 4-dehydrogenase from Mesorhizobium loti
要素3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PYRIDOXAL / tPLDH / 4-PYRIDOXOLACTONE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal 4-dehydrogenase / pyridoxal 4-dehydrogenase activity / vitamin B6 catabolic process
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Pyridoxal 4-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Chu, H.N.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of tetrameric pyridoxal 4-dehydrogenase from Mesorhizobium loti
著者: Chu, H.N. / Kobayashi, J. / Yoshikane, Y. / Mikami, B. / Yagi, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of SDR-type pyridoxal dehydrogenase from Mesorhizobium loti
著者: Chu, H.N. / Kobayashi, J. / Yoshikane, Y. / Mikami, B. / Yagi, T.
履歴
登録2010年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2998
ポリマ－102,6464
非ポリマー2,6544
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14330 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area29690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.203, 51.109, 91.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUSERSERchain A and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )AA3 - 502 - 49
12LYSLYSGLUGLUchain A and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )AA54 - 18853 - 187
13HISHISHISHISchain A and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )AA197 - 248196 - 247
21GLUGLUSERSERchain B and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )BB3 - 502 - 49
22LYSLYSGLUGLUchain B and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )BB54 - 18853 - 187
23HISHISHISHISchain B and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )BB197 - 248196 - 247
31GLUGLUSERSERchain C and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )CC3 - 502 - 49
32LYSLYSGLUGLUchain C and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )CC54 - 18853 - 187
33HISHISHISHISchain C and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )CC197 - 248196 - 247
41GLUGLUSERSERchain D and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )DD3 - 502 - 49
42LYSLYSGLUGLUchain D and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )DD54 - 18853 - 187
43HISHISHISHISchain D and (resseq 3:50 or resseq 54:188 or resseq 197:248 )DD197 - 248196 - 247

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) reductase / Pyridoxal 4-dehydrogenase


分子量: 25661.389 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 遺伝子: mlr6807, pldh-t / プラスミド: Pet21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q988B7, pyridoxal 4-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Sodium acetate, 0.1M Tris-HCl, 30% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 16995 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.88→3 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3280 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EW8

2ew8


解像度: 2.88→39.733 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 916 5.12 %RANDOM
Rwork0.1848 ---
obs0.188 16988 97.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.068 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.88 Å2 / Biso mean: 27.5892 Å2 / Biso min: 9.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8938 Å2-0 Å210.4744 Å2
2---3.5057 Å20 Å2
3----1.3882 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→39.733 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7148 0 176 60 7384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17310132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9132612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031292
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
12B1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
13C1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
14D1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8804-3.03220.32351280.24032355248395
3.0322-3.22210.32641260.22692361248796
3.2221-3.47080.28561280.21272361248995
3.4708-3.81980.24141430.17082366250996
3.8198-4.37190.20431240.15272466259098
4.3719-5.50590.19771390.156524922631100
5.5059-39.73630.23461280.184225872715100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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