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万見
- PDB-3ndh: Restriction endonuclease in complex with substrate DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ndh
タイトルRestriction endonuclease in complex with substrate DNA
要素
  • DNA (5'-D(*C*CP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*G*GP*TP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*G)-3')
  • restriction endonuclease THAI
キーワードHYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASE-DNA COMPLEX / RESTRICTION ENZYME / THAI / INTERCALATION / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ECO RV Endonuclease; Chain A - #30 / Restriction endonuclease ThaI / Restriction endonuclease ThaI superfamily / Restriction endonuclease ThaI / ECO RV Endonuclease; Chain A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction endonuclease subunit R
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Firczuk, M. / Wojciechowski, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: DNA intercalation without flipping in the specific ThaI-DNA complex
著者: Firczuk, M. / Wojciechowski, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
履歴
登録2010年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: restriction endonuclease THAI
B: restriction endonuclease THAI
C: DNA (5'-D(*G*GP*TP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*C*CP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,53917
ポリマ－59,5434
非ポリマー99613
水8,467470
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.310, 72.910, 88.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細BIOLOGICAL UNIT CONTAINS PROTEIN CHAINS A AND B, AND DNA STRANDS C AND D. THE TETRAMER (ACCORDING TO PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE DIMERIC RESTRICTION ENZYME WITH ITS SUBSTRATE, DOUBLE STRANDED DNA.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 restriction endonuclease THAI / Putative uncharacterized protein Ta0828


分子量: 26417.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: ATCC25905 / 遺伝子: Ta0828 / プラスミド: PET15BMOD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q9HJY3

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*G*GP*TP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*G)-3')


分子量: 3414.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*C*CP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3294.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 6種, 483分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE IDENTITY OF THE METAL IONS IS UNCERTAIN. THE DEPOSITORS SUSPECT THEM TO BE SODIUM OR CALCIUM ...THE IDENTITY OF THE METAL IONS IS UNCERTAIN. THE DEPOSITORS SUSPECT THEM TO BE SODIUM OR CALCIUM IONS, WHICH ARE BOTH PRESENT IN THE BUFFER.
配列の詳細ALTHOUGH AN N-TERMINAL TAG HAS BEEN ASSIGNED TO CHAIN A, THE TAG MIGHT BE A PART OF CHAIN A, CHAIN ...ALTHOUGH AN N-TERMINAL TAG HAS BEEN ASSIGNED TO CHAIN A, THE TAG MIGHT BE A PART OF CHAIN A, CHAIN B OR A SYMMETRY MATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate PH 4.5, 200MM, ammonium sulfate, 30% PEG400, 1.5% 1,2,3-heptanetriol, VAPOR, DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.976 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月18日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. all: 118539 / Num. obs: 118539 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 14.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 17399 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SHARP位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.3→19.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: CNS has been used for DNA refinement. No sugar pucker constraints have been applied. Hydrogens have been added in the riding positions. TLS refinement has been used.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18318 5962 5 %RANDOM
Rwork0.17173 ---
all0.1723 118512 --
obs0.1723 118512 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.9 Å2 / Biso mean: 19.942 Å2 / Biso min: 6.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å2-0.61 Å2
2--1.79 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3478 404 57 470 4409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2612.1687313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.80638634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8975551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42723.816207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0215847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6481536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2450.23121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.22318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1040.22130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1260.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2670.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2110.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6271.52559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13124234
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5632695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3024.53079
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 464 -
Rwork0.264 8312 -
obs-8776 99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6607-0.09770.04330.4450.08230.43120.0088-0.0683-0.0717-0.02950.0122-0.00590.0502-0.0172-0.02090.00270.00230.017-0.05040.0058-0.00774.765-0.67220.575
20.5008-0.15070.14840.3482-0.28810.80930.0029-0.02570.1013-0.04220.01640.0116-0.013-0.0161-0.0193-0.00030.00370.0158-0.06870.00230.0185-4.40126.8699.736
30.2244-0.22070.07541.961-0.28330.4715-0.0158-0.18510.02860.19580.0134-0.0668-0.00840.00610.0024-0.00120.01170.00810.04930.0063-0.05944.9736.64641.145
40.5928-0.0467-0.07841.1872-0.81851.6102-0.0036-0.16260.14980.1970.05410.0673-0.2912-0.1454-0.05050.02630.04750.0262-0.0321-0.07370.0215-4.46335.65129.784
50.4483-0.03520.06451.1703-0.1711.2031-0.0438-0.14940.05990.04260.06950.0432-0.0377-0.1015-0.0258-0.01560.01630.0192-0.0037-0.01660.0006-1.76518.64429.094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 99
2X-RAY DIFFRACTION1A124 - 144
3X-RAY DIFFRACTION1A188 - 201
4X-RAY DIFFRACTION1B202 - 216
5X-RAY DIFFRACTION2B9 - 99
6X-RAY DIFFRACTION2B124 - 144
7X-RAY DIFFRACTION2B188 - 201
8X-RAY DIFFRACTION2A202 - 216
9X-RAY DIFFRACTION3A100 - 123
10X-RAY DIFFRACTION3A145 - 187
11X-RAY DIFFRACTION4B100 - 123
12X-RAY DIFFRACTION4B145 - 187
13X-RAY DIFFRACTION5C2 - 11
14X-RAY DIFFRACTION5D2 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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