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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nd7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phosphopantetheine adenylyltransferase from Enterococcus faecalis in the ligand-unbound state and in complex with ATP and pantetheine | ||||||
![]() | Phosphopantetheine adenylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Phosphopantetheine adenylyltransferase / PPAT / Coenzyme A biosynthetic pathway | ||||||
機能・相同性 | ![]() pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yoon, H.J. / Lee, H.H. / Suh, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of phosphopantetheine adenylyltransferase from Enterococcus faecalis in the ligand-unbound state and in complex with ATP and pantetheine 著者: Yoon, H.J. / Kang, J.Y. / Mikami, B. / Lee, H.H. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19770.629 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q831P9, pantetheine-phosphate adenylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-PNY / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.36 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 3.5M sodium formate, 100mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月22日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 68248 / % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 438106 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 6554 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1VLH 解像度: 2.4→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.162 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.769 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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