PDB-3nc5: CYP134A1 structure with an open substrate binding loop

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nc5

タイトル

CYP134A1 structure with an open substrate binding loop

要素

Cytochrome P450 cypX

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 Oxidase / Haem Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

pulcherriminic acid synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced iron-sulfur protein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / pigment biosynthetic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Cryle, M.J. / Schlichting, I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical characterization of the cytochrome P450 CypX (CYP134A1) from Bacillus subtilis: a cyclo-L-leucyl-L-leucyl dipeptide oxidase.
著者: Cryle, M.J. / Bell, S.G. / Schlichting, I.

履歴

登録	2010年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nc5.cif.gz	320.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nc5.ent.gz	261.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nc5_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nc5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3nc5_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	3nc5_validation.cif.gz	40.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3nc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3nc5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nc3C 3nc6C 3nc7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wec-d 6zi3-5 3nc3-1 6cvc-d 6j85-2 3nc6-1 5h1z-d 1gzs-1 3nc7-2 2ygx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 cypX

B: Cytochrome P450 cypX

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 cypX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450 cypX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.800, 105.400, 143.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	6 - 61
2	1	1	5	B	6 - 61
1	1	2	5	A	90 - 403
2	1	2	5	B	90 - 403
1	1	3	4	A	1 - 406
2	1	3	4	B	1 - 406

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Cytochrome P450 cypX 分子量: 49386.129 Da / 分子数: 2 / 変異: A356T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU35060, cyp134, cypB, cypX / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3 参照: UniProt: O34926, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M MgCl2, 12% (w/v) polyethylene glycol-3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月30日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→40.62 Å / Num. obs: 21929 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 68.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.9→2.975 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1901 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→40.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / SU B: 39.311 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.491 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30637	1091	5 %	RANDOM
R_work	0.23093	-	-	-
obs	0.23468	21929	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.319 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6003	0	101	32	6136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6233
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.254	2.012	8468
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.093	5	751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.634	24.075	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.186	15	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.525	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.276	1.5	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.536	2	6123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.878	3	2449
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.479	4.5	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	224	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
1	264	LOOSE POSITIONAL	0.38	5
1	224	MEDIUM THERMAL	0.26	2
1	264	LOOSE THERMAL	0.28	10
2	1240	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
2	1173	LOOSE POSITIONAL	0.59	5
2	1240	MEDIUM THERMAL	1.11	2
2	1173	LOOSE THERMAL	1.37	10
3	43	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
3	43	MEDIUM THERMAL	0.64	2

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.404	78	-
R_work	0.291	1497	-
obs	-	1497	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.1961	1.0953	-0.2745	8.0833	-6.5809	14.6244	-0.1037	0.494	0.3235	-0.2217	0.0877	0.8036	0.1879	-0.8559	0.016	0.2235	-0.0031	0.0097	0.8562	0.0149	0.774	7.1752	-3.3903	-11.1383
2	6.8692	0.5141	-1.1922	2.2704	1.0801	2.7887	-0.0196	0.5255	-0.3886	0.112	-0.1803	0.5515	0.5547	-0.354	0.1999	0.4131	-0.0101	0.0521	0.7068	0.0389	0.2193	21.863	-17.2719	-9.3896
3	5.4453	-1.6873	1.0851	13.0808	3.239	5.4602	0.1097	0.4357	0.4981	-0.859	0.1772	-0.3272	-0.3874	0.1428	-0.2869	0.3034	0.0707	0.0923	0.4958	0.1122	0.2471	45.2793	-9.8815	-21.9719
4	2.1509	-0.6223	-0.2802	2.1368	2.3008	4.666	0.0519	0.1288	-0.3489	0.0263	0.003	0.0604	0.4359	-0.0279	-0.0549	0.2861	0.0455	0.0548	0.5204	0.1151	0.1126	33.3419	-17.7076	-17.0733
5	5.2634	-0.1292	-0.8062	4.2474	1.245	4.9849	0.1654	-0.0282	0.0656	0.3524	-0.0966	0.1701	0.2217	-0.269	-0.0688	0.2287	0.072	0.0909	0.5102	0.0547	0.043	30.4956	-8.6009	-5.6263
6	20.3185	2.0822	-18.7562	9.7697	2.1866	26.2359	0.2413	-0.6789	0.066	0.0118	-0.6054	-0.4009	0.7227	0.6461	0.3641	0.4053	-0.0582	0.0208	1.164	-0.0419	0.9196	57.1249	19.9255	23.0175
7	6.6336	-1.3063	-3.1048	1.4109	0.744	3.3177	0.0186	-0.6061	0.0958	0.0472	0.2257	-0.4916	0.0551	0.783	-0.2443	0.3675	-0.0201	-0.0032	0.7835	-0.0746	0.2839	40.1292	7.8758	20.5786
8	5.344	1.5197	2.4961	1.6495	-1.2977	4.561	0.1049	-0.0944	0.2493	0.3712	-0.0277	0.1293	-0.4279	0.0978	-0.0772	0.3416	0.0414	-0.045	0.6437	-0.1519	0.1182	27.4269	10.8335	36.9149
9	3.7741	0.5342	-1.1543	1.3856	-0.1515	4.7194	0.1388	0.097	-0.1013	-0.3893	0.0463	-0.3416	-0.0057	0.4499	-0.1851	0.3124	0.0044	0.0246	0.5259	-0.1632	0.2271	33.3587	7.9204	19.9016
10	5.3431	-0.5033	-0.6334	4.178	2.0682	3.5034	0.3239	-0.3954	0.7049	-0.3627	0.1148	-0.1271	-0.7487	0.2369	-0.4387	0.4008	-0.0408	0.0486	0.5129	-0.0158	0.1683	27.174	17.0449	20.439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	110 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	155 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	291 - 403
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	11 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	117 - 186
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	187 - 336
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	337 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)